data_6YCS # _model_server_result.job_id 3-6X-dqoNSY_Y24a0YmC0w _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 08:40:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ycs # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":101}' # _entry.id 6YCS # _exptl.entry_id 6YCS _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6YCS _cell.length_a 102.143 _cell.length_b 102.143 _cell.length_c 83.813 _cell.Z_PDB 32 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6YCS _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 4nw 2abw' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id H _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 E O3' OKT 2 E OKT 2 1_555 E P RFJ 3 E RFJ 3 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale2 E O3' OKT 2 E OKT 2 1_555 E P RFJ 3 E RFJ 3 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale3 E O3' RFJ 3 E RFJ 3 1_555 E P1 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale4 E O3' RFJ 3 E RFJ 3 1_555 E P1 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale5 E O3' OKQ 4 E OKQ 4 1_555 E P OKT 5 E OKT 5 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale6 E O3' OKQ 4 E OKQ 4 1_555 E P OKT 5 E OKT 5 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale7 E O3' OKT 5 E OKT 5 1_555 E P2 PPS 6 E PPS 6 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale8 E O3' OKT 5 E OKT 5 1_555 E P2 PPS 6 E PPS 6 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale9 E O3' PPS 6 E PPS 6 1_555 E P GS 7 E GS 7 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale10 E O3' PPS 6 E PPS 6 1_555 E P GS 7 E GS 7 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.56 ? covale ? covale11 E O3' GS 7 E GS 7 1_555 E P OKN 8 E OKN 8 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale12 E O3' GS 7 E GS 7 1_555 E P OKN 8 E OKN 8 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale13 E O3' OKN 8 E OKN 8 1_555 E P OKN 9 E OKN 9 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale14 E O3' OKN 8 E OKN 8 1_555 E P OKN 9 E OKN 9 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale15 E O3' OKN 9 E OKN 9 1_555 E P PST 10 E PST 10 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale16 E O3' OKN 9 E OKN 9 1_555 E P PST 10 E PST 10 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale17 E O3' PST 10 E PST 10 1_555 E P OKN 11 E OKN 11 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale18 E O3' PST 10 E PST 10 1_555 E P OKN 11 E OKN 11 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale19 E O3' OKN 11 E OKN 11 1_555 E P PST 12 E PST 12 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale20 E O3' OKN 11 E OKN 11 1_555 E P PST 12 E PST 12 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale21 E O3' PST 12 E PST 12 1_555 E P GS 13 E GS 13 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale22 E O3' PST 12 E PST 12 1_555 E P GS 13 E GS 13 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale23 E O3' GS 13 E GS 13 1_555 E P GS 14 E GS 14 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.404 ? covale ? covale24 E O3' GS 13 E GS 13 1_555 E P GS 14 E GS 14 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale25 E O3' GS 14 E GS 14 1_555 E P2 PPS 15 E PPS 15 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale26 E O3' GS 14 E GS 14 1_555 E P2 PPS 15 E PPS 15 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale27 E O3' PPS 15 E PPS 15 1_555 E P OKT 16 E OKT 16 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale28 E O3' PPS 15 E PPS 15 1_555 E P OKT 16 E OKT 16 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale29 E O3' OKT 16 E OKT 16 1_555 E P OKT 17 E OKT 17 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale30 E O3' OKT 16 E OKT 16 1_555 E P OKT 17 E OKT 17 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale31 F O3' OKQ 1 F OKQ 1 1_555 F P OKT 2 F OKT 2 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale32 F O3' OKQ 1 F OKQ 1 1_555 F P OKT 2 F OKT 2 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale33 F O3' OKT 2 F OKT 2 1_555 F P RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale34 F O3' OKT 2 F OKT 2 1_555 F P RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale35 F O3' RFJ 3 F RFJ 3 1_555 F P1 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale36 F O3' RFJ 3 F RFJ 3 1_555 F P1 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale37 F O3' OKQ 4 F OKQ 4 1_555 F P OKT 5 F OKT 5 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale38 F O3' OKQ 4 F OKQ 4 1_555 F P OKT 5 F OKT 5 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale39 F O3' OKT 5 F OKT 5 1_555 F P2 PPS 6 F PPS 6 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.556 ? covale ? covale40 F O3' OKT 5 F OKT 5 1_555 F P2 PPS 6 F PPS 6 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.556 ? covale ? covale41 F O3' PPS 6 F PPS 6 1_555 F P GS 7 F GS 7 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale42 F O3' PPS 6 F PPS 6 1_555 F P GS 7 F GS 7 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.559 ? covale ? covale43 F O3' GS 7 F GS 7 1_555 F P OKN 9 F OKN 8 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale44 F O3' GS 7 F GS 7 1_555 F P OKN 9 F OKN 8 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale45 F O3' PST 10 F PST 10 1_555 F P OKN 11 F OKN 11 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale46 F O3' PST 10 F PST 10 1_555 F P OKN 11 F OKN 11 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale47 F O3' OKN 11 F OKN 11 1_555 F P PST 12 F PST 12 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale48 F O3' OKN 11 F OKN 11 1_555 F P PST 12 F PST 12 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale49 F O3' PST 12 F PST 12 1_555 F P GS 13 F GS 13 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? covale ? covale50 F O3' PST 12 F PST 12 1_555 F P GS 13 F GS 13 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.558 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N1 RFJ 3 E RFJ 3 1_555 F N3 OKN 9 F OKN 8 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N1 RFJ 3 E RFJ 3 1_555 F N3 OKN 9 F OKN 8 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E N2 RFJ 3 E RFJ 3 1_555 F O2 OKN 9 F OKN 8 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E N2 RFJ 3 E RFJ 3 1_555 F O2 OKN 9 F OKN 8 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E O6 RFJ 3 E RFJ 3 1_555 F N4 OKN 9 F OKN 8 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E O6 RFJ 3 E RFJ 3 1_555 F N4 OKN 9 F OKN 8 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E N3 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 F N1 GS 7 F GS 7 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N3 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 F N1 GS 7 F GS 7 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N4 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 F O6 GS 7 F GS 7 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E N4 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 F O6 GS 7 F GS 7 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E O2 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 F N2 GS 7 F GS 7 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E O2 OKQ 4 E OKQ 4 1_555 F N2 GS 7 F GS 7 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E N1 GS 7 E GS 7 1_555 F N3 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N1 GS 7 E GS 7 1_555 F N3 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N2 GS 7 E GS 7 1_555 F O2 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E N2 GS 7 E GS 7 1_555 F O2 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E O6 GS 7 E GS 7 1_555 F N4 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E O6 GS 7 E GS 7 1_555 F N4 OKQ 4 F OKQ 4 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N3 OKN 8 E OKN 8 1_555 F N1 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E N3 OKN 8 E OKN 8 1_555 F N1 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N4 OKN 8 E OKN 8 1_555 F O6 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E N4 OKN 8 E OKN 8 1_555 F O6 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E O2 OKN 8 E OKN 8 1_555 F N2 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E O2 OKN 8 E OKN 8 1_555 F N2 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'OKN-OKT MISPAIR' hydrog25 E N4 OKN 9 E OKN 9 1_555 F O4 OKT 2 F OKT 2 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'OKN-OKT MISPAIR' hydrog26 E N4 OKN 9 E OKN 9 1_555 F O4 OKT 2 F OKT 2 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'OKN-RFJ MISPAIR' hydrog27 E N3 OKN 9 E OKN 9 1_555 F N2 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'OKN-RFJ MISPAIR' hydrog28 E N3 OKN 9 E OKN 9 1_555 F N2 RFJ 3 F RFJ 3 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6YCS _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.00979 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00979 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011931 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 SO4 A 1 201 1 SO4 SO4 . H 5 NA E 1 101 1 NA NA . I 6 HOH A 1 301 4 HOH HOH . I 6 HOH A 2 302 3 HOH HOH . J 6 HOH B 1 201 8 HOH HOH . J 6 HOH B 2 202 5 HOH HOH . J 6 HOH B 3 203 1 HOH HOH . K 6 HOH C 1 201 2 HOH HOH . K 6 HOH C 2 202 6 HOH HOH . K 6 HOH C 3 203 10 HOH HOH . L 6 HOH D 1 201 7 HOH HOH . L 6 HOH D 2 202 11 HOH HOH . M 6 HOH E 1 201 12 HOH HOH . M 6 HOH E 2 202 13 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id H _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 11.16 _atom_site.Cartn_y -34.204 _atom_site.Cartn_z 28.639 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 57.46 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 101 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 276 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #