data_6YFK # _model_server_result.job_id cCanvb1XOmpgkuIekUyCSw _model_server_result.datetime_utc '2025-09-16 03:36:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6yfk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"VB","auth_seq_id":201}' # _entry.id 6YFK # _exptl.entry_id 6YFK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 20 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6YFK _cell.length_a 278.203 _cell.length_b 278.203 _cell.length_c 661.5 _cell.Z_PDB 540 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6YFK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 180-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 180 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -y,x-y,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 3_555 -x+y,-x,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 IB N N ? 2 JB N N ? 2 KB N N ? 2 LB N N ? 2 MB N N ? 2 NB N N ? 2 OB N N ? 2 PB N N ? 2 QB N N ? 2 RB N N ? 2 SB N N ? 2 TB N N ? 2 UB N N ? 2 VB N N ? 2 WB N N ? 2 XB N N ? 2 YB N N ? 2 ZB N N ? 2 AC N N ? 2 BC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O TYR 137 AA TYR 137 1_555 WB CA CA . BP CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc2 C O TYR 137 AC TYR 137 1_555 NB CA CA . AP CA 201 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc3 D O TYR 137 AD TYR 137 1_555 XB CA CA . BV CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc4 F O TYR 137 AF TYR 137 1_555 IB CA CA . AF CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.908 ? metalc ? metalc5 IB CA CA . AF CA 201 1_555 M O TYR 137 AM TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc6 G O TYR 137 AG TYR 137 1_555 JB CA CA . AG CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc7 JB CA CA . AG CA 201 3_555 I O TYR 137 AI TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? metalc ? metalc8 J O TYR 137 AJ TYR 137 1_555 KB CA CA . AJ CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc9 KB CA CA . AJ CA 201 1_555 SA O TYR 137 BS TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc10 L O TYR 137 AL TYR 137 1_555 LB CA CA . AL CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.931 ? metalc ? metalc11 LB CA CA . AL CA 201 1_555 KA O TYR 137 BK TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc12 O O TYR 137 AO TYR 137 1_555 MB CA CA . AO CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc13 MB CA CA . AO CA 201 1_555 TA O TYR 137 BT TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc14 P O TYR 137 AP TYR 137 1_555 NB CA CA . AP CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc15 R O TYR 137 AR TYR 137 1_555 VB CA CA . BN CA 201 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc16 S O TYR 137 AS TYR 137 1_555 QB CA CA . BA CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc17 U O TYR 137 AU TYR 137 1_555 OB CA CA . AU CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc18 OB CA CA . AU CA 201 1_555 FB O TYR 137 CF TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc19 V O TYR 137 AV TYR 137 1_555 YB CA CA . BY CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc20 X O TYR 137 AX TYR 137 1_555 PB CA CA . AX CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc21 PB CA CA . AX CA 201 1_555 HA O TYR 137 BH TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc22 Y O TYR 137 AY TYR 137 1_555 BC CA CA . CH CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc23 AA O TYR 137 BA TYR 137 1_555 QB CA CA . BA CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc24 BA O TYR 137 BB TYR 137 1_555 RB CA CA . BB CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc25 RB CA CA . BB CA 201 3_555 BB O TYR 137 CB TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc26 DA O TYR 137 BD TYR 137 1_555 SB CA CA . BD CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc27 SB CA CA . BD CA 201 1_555 EA O TYR 137 BE TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.545 ? metalc ? metalc28 GA O TYR 137 BG TYR 137 1_555 ZB CA CA . BZ CA 201 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc29 JA O TYR 137 BJ TYR 137 1_555 TB CA CA . BJ CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.997 ? metalc ? metalc30 TB CA CA . BJ CA 201 1_555 WA O TYR 137 BW TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc31 MA O TYR 137 BM TYR 137 1_555 UB CA CA . BM CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc32 UB CA CA . BM CA 201 1_555 QA O TYR 137 BQ TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc33 NA O TYR 137 BN TYR 137 1_555 VB CA CA . BN CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc34 PA O TYR 137 BP TYR 137 1_555 WB CA CA . BP CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc35 VA O TYR 137 BV TYR 137 1_555 XB CA CA . BV CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? metalc ? metalc36 YA O TYR 137 BY TYR 137 1_555 YB CA CA . BY CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc37 ZA O TYR 137 BZ TYR 137 1_555 ZB CA CA . BZ CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc38 CB O TYR 137 CC TYR 137 1_555 AC CA CA . CC CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc39 AC CA CA . CC CA 201 2_555 EB O TYR 137 CE TYR 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc40 HB O TYR 137 CH TYR 137 1_555 BC CA CA . CH CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6YFK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003594 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.002075 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004151 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.001512 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code IB 2 CA AF 1 201 201 CA CA . JB 2 CA AG 1 201 201 CA CA . KB 2 CA AJ 1 201 201 CA CA . LB 2 CA AL 1 201 201 CA CA . MB 2 CA AO 1 201 201 CA CA . NB 2 CA AP 1 201 201 CA CA . OB 2 CA AU 1 201 201 CA CA . PB 2 CA AX 1 201 201 CA CA . QB 2 CA BA 1 201 201 CA CA . RB 2 CA BB 1 201 201 CA CA . SB 2 CA BD 1 201 201 CA CA . TB 2 CA BJ 1 201 201 CA CA . UB 2 CA BM 1 201 201 CA CA . VB 2 CA BN 1 201 201 CA CA . WB 2 CA BP 1 201 201 CA CA . XB 2 CA BV 1 201 201 CA CA . YB 2 CA BY 1 201 201 CA CA . ZB 2 CA BZ 1 201 201 CA CA . AC 2 CA CC 1 201 201 CA CA . BC 2 CA CH 1 201 201 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id VB _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -102.124 _atom_site.Cartn_y -41.126 _atom_site.Cartn_z 69.023 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 51.49 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 201 _atom_site.auth_asym_id BN _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 87 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 49 _model_server_stats.query_time_ms 327 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #