data_6YGA
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-14 18:04:14' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          6yga 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":206}' 
#
_entry.id    6YGA 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
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_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    18 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
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_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            6YGA 
_cell.length_a            48.124 
_cell.length_b            140.421 
_cell.length_c            166.409 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
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_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 H N N 
? 6 I N N 
? 6 J N N 
? 6 K N N 
? 6 W N N 
? 6 X N N 
? 6 Y N N 
? 6 Z N N 
? 6 AA N N 
? 6 BA N N 
? 6 CA N N 
? 6 DA N N 
? 6 EA N N 
? 6 FA N N 
? 6 GA N N 
? 6 HA N N 
? 6 IA N N 
? 6 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C MSE 1 A MSE 1 1_555 A N GLU 2 A GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? 
covale ? covale2 A C LYS 68 A LYS 68 1_555 A N MSE 69 A MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale3 A C MSE 69 A MSE 69 1_555 A N ASP 70 A ASP 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale4 A C GLY 82 A GLY 82 1_555 A N MSE 83 A MSE 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale5 A C MSE 83 A MSE 83 1_555 A N LEU 84 A LEU 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale6 A C LYS 106 A LYS 106 1_555 A N MSE 107 A MSE 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale7 A C MSE 107 A MSE 107 1_555 A N GLN 108 A GLN 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale8 A C ILE 115 A ILE 115 1_555 A N MSE 116 A MSE 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale9 A C MSE 116 A MSE 116 1_555 A N LEU 117 A LEU 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale10 A C GLY 132 A GLY 132 1_555 A N MSE 133 A MSE 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale11 A C MSE 133 A MSE 133 1_555 A N GLY 134 A GLY 134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale12 A C ARG 137 A ARG 137 1_555 A N MSE 138 A MSE 138 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale13 A C MSE 138 A MSE 138 1_555 A N LYS 139 A LYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale14 A C ARG 140 A ARG 140 1_555 A N MSE 141 A MSE 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale15 A C MSE 141 A MSE 141 1_555 A N PHE 142 A PHE 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale16 B C PRO 2 B PRO 0 1_555 B N MSE 3 B MSE 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale17 B C MSE 3 B MSE 1 1_555 B N GLU 4 B GLU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale18 B C ASN 181 B ASN 179 1_555 B N MSE 182 B MSE 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale19 B C MSE 182 B MSE 180 1_555 B N GLY 183 B GLY 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale20 B C THR 218 B THR 216 1_555 B N MSE 219 B MSE 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale21 B C MSE 219 B MSE 217 1_555 B N LEU 220 B LEU 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale22 B C ASN 393 B ASN 391 1_555 B N MSE 394 B MSE 392 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale23 B C MSE 394 B MSE 392 1_555 B N LEU 395 B LEU 393 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale24 B C PHE 441 B PHE 439 1_555 B N MSE 442 B MSE 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale25 B C MSE 442 B MSE 440 1_555 B N LYS 443 B LYS 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale26 B C SER 446 B SER 444 1_555 B N MSE 447 B MSE 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale27 B C MSE 447 B MSE 445 1_555 B N ILE 448 B ILE 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale28 B C SER 467 B SER 465 1_555 B N MSE 468 B MSE 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale29 B C MSE 468 B MSE 466 1_555 B N PHE 469 B PHE 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale30 B C SER 499 B SER 497 1_555 B N MSE 500 B MSE 498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale31 B C MSE 500 B MSE 498 1_555 B N ASN 501 B ASN 499 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale32 B C ALA 523 B ALA 521 1_555 B N MSE 524 B MSE 522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale33 B C MSE 524 B MSE 522 1_555 B N ASP 525 B ASP 523 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale34 B C GLU 527 B GLU 525 1_555 B N MSE 528 B MSE 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale35 B C MSE 528 B MSE 526 1_555 B N GLU 529 B GLU 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale36 B C ILE 647 B ILE 645 1_555 B N MSE 648 B MSE 646 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale37 B C MSE 648 B MSE 646 1_555 B N GLN 649 B GLN 647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale38 C C GLN 34 C GLN 34 1_555 C N MSE 35 C MSE 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale39 C C MSE 35 C MSE 35 1_555 C N ASN 36 C ASN 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale40 C C ARG 45 C ARG 45 1_555 C N MSE 46 C MSE 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale41 C C MSE 46 C MSE 46 1_555 C N GLY 47 C GLY 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale42 C C ARG 51 C ARG 51 1_555 C N MSE 52 C MSE 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale43 C C MSE 52 C MSE 52 1_555 C N MSE 53 C MSE 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale44 C C MSE 53 C MSE 53 1_555 C N GLY 54 C GLY 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale45 C C ILE 66 C ILE 66 1_555 C N MSE 67 C MSE 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale46 C C MSE 67 C MSE 67 1_555 C N ILE 68 C ILE 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
_atom_sites.entry_id                     6YGA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.02078 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007121 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006009 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 IOD A 1 201 10 IOD IOD . 
E 4 IOD A 1 202 11 IOD IOD . 
F 5 PEG A 1 203 1 PEG PEG . 
G 5 PEG A 1 204 2 PEG PEG . 
H 6 EDO A 1 205 10 EDO EDO . 
I 6 EDO A 1 206 11 EDO EDO . 
J 6 EDO A 1 207 12 EDO EDO . 
K 6 EDO A 1 208 20 EDO EDO . 
L 4 IOD B 1 801 1 IOD IOD . 
M 4 IOD B 1 802 2 IOD IOD . 
N 4 IOD B 1 803 3 IOD IOD . 
O 4 IOD B 1 804 4 IOD IOD . 
P 4 IOD B 1 805 5 IOD IOD . 
Q 4 IOD B 1 806 6 IOD IOD . 
R 4 IOD B 1 807 7 IOD IOD . 
S 4 IOD B 1 808 8 IOD IOD . 
T 7 CL B 1 809 1 CL CL . 
U 7 CL B 1 810 2 CL CL . 
V 7 CL B 1 811 3 CL CL . 
W 6 EDO B 1 812 3 EDO EDO . 
X 6 EDO B 1 813 4 EDO EDO . 
Y 6 EDO B 1 814 5 EDO EDO . 
Z 6 EDO B 1 815 6 EDO EDO . 
AA 6 EDO B 1 816 7 EDO EDO . 
BA 6 EDO B 1 817 8 EDO EDO . 
CA 6 EDO B 1 818 9 EDO EDO . 
DA 6 EDO B 1 819 13 EDO EDO . 
EA 6 EDO B 1 820 14 EDO EDO . 
FA 6 EDO B 1 821 15 EDO EDO . 
GA 6 EDO B 1 822 16 EDO EDO . 
HA 6 EDO B 1 823 17 EDO EDO . 
IA 6 EDO B 1 824 18 EDO EDO . 
JA 6 EDO B 1 825 19 EDO EDO . 
KA 4 IOD C 1 101 9 IOD IOD . 
LA 8 HOH A 1 301 72 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 2 302 111 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 3 303 13 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 4 304 39 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 5 305 102 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 6 306 118 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 7 307 127 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 8 308 116 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 9 309 24 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 10 310 60 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 11 311 98 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 12 312 1 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 13 313 25 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 14 314 121 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 15 315 142 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 16 316 86 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 17 317 31 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 18 318 104 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 19 319 32 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 20 320 107 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 21 321 158 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 22 322 106 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 23 323 150 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 24 324 74 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 25 325 149 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 26 326 138 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 27 327 114 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 28 328 173 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 29 329 124 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 30 330 66 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 31 331 169 HOH HOH . 
LA 8 HOH A 32 332 172 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 1 901 97 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 2 902 30 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 3 903 65 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 4 904 69 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 5 905 56 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 6 906 37 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 7 907 105 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 8 908 153 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 9 909 22 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 10 910 40 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 11 911 51 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 12 912 89 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 13 913 27 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 14 914 17 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 15 915 170 HOH HOH . 
MA 8 HOH B 16 916 4 HOH HOH . 
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