data_6YNU # _model_server_result.job_id CMfs5yzWBQ8gUwpJP7HB2w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 06:33:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ynu # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":203}' # _entry.id 6YNU # _exptl.entry_id 6YNU _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6YNU _cell.length_a 73.341 _cell.length_b 174.344 _cell.length_c 97.843 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6YNU _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2c 2' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G,H,I 1 1 B 1 2 C,J,K,L,M 2 1 D 2 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_455 -x-1,y,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -73.341 0 48.9215 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 20 A ASP 20 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 22 A ASP 22 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 22 A ASP 22 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 24 A ASP 24 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc5 A O THR 26 A THR 26 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 31 A GLU 31 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 31 A GLU 31 1_555 H CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 54 A GLU 54 1_555 I CA CA . A CA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 56 A ASP 56 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 58 A ASP 58 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 58 A ASP 58 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASN 60 A ASN 60 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc13 A O THR 62 A THR 62 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 67 A GLU 67 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 67 A GLU 67 1_555 E CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 93 A ASP 93 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 95 A ASP 95 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 95 A ASP 95 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASN 97 A ASN 97 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc20 A O TYR 99 A TYR 99 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc21 A OE1 GLU 104 A GLU 104 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc22 A OE2 GLU 104 A GLU 104 1_555 G CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc ? metalc23 A OE1 GLU 120 A GLU 120 1_555 I CA CA . A CA 205 8_445 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.141 ? metalc ? metalc24 A OD1 ASP 129 A ASP 129 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc25 A OD1 ASP 131 A ASP 131 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc26 A OD2 ASP 131 A ASP 131 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc27 A OD1 ASP 133 A ASP 133 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc28 A O GLN 135 A GLN 135 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc29 A OE1 GLU 140 A GLU 140 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc30 A OE2 GLU 140 A GLU 140 1_555 F CA CA . A CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc31 C OD1 ASP 20 C ASP 20 1_555 M CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASP 22 C ASP 22 1_555 M CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASP 24 C ASP 24 1_555 M CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc34 C O THR 26 C THR 26 1_555 M CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc35 C OE1 GLU 31 C GLU 31 1_555 M CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc36 C OE2 GLU 31 C GLU 31 1_555 M CA CA . C CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc37 C OD1 ASP 56 C ASP 56 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc38 C OD1 ASP 58 C ASP 58 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc39 C OD2 ASP 58 C ASP 58 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc40 C OD1 ASN 60 C ASN 60 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc41 C O THR 62 C THR 62 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc42 C OE1 GLU 67 C GLU 67 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc43 C OE2 GLU 67 C GLU 67 1_555 K CA CA . C CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? metalc ? metalc44 C OD1 ASP 93 C ASP 93 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc45 C OD1 ASP 95 C ASP 95 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc46 C OD2 ASP 95 C ASP 95 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? metalc ? metalc47 C OD1 ASN 97 C ASN 97 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc48 C O TYR 99 C TYR 99 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc49 C OE1 GLU 104 C GLU 104 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? metalc ? metalc50 C OE2 GLU 104 C GLU 104 1_555 J CA CA . C CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc51 C OD1 ASP 129 C ASP 129 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc52 C OD1 ASP 131 C ASP 131 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc53 C OD2 ASP 131 C ASP 131 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.951 ? metalc ? metalc54 C OD1 ASP 133 C ASP 133 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc55 C O GLN 135 C GLN 135 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc56 C OE1 GLU 140 C GLU 140 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.05 ? metalc ? metalc57 C OE2 GLU 140 C GLU 140 1_555 L CA CA . C CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6YNU _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013635 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005736 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01022 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 201 1 CA CA . F 3 CA A 1 202 2 CA CA . G 3 CA A 1 203 3 CA CA . H 3 CA A 1 204 7 CA CA . I 3 CA A 1 205 8 CA CA . J 3 CA C 1 201 4 CA CA . K 3 CA C 1 202 5 CA CA . L 3 CA C 1 203 6 CA CA . M 3 CA C 1 204 9 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -28.726 _atom_site.Cartn_y -5.378 _atom_site.Cartn_z -0.911 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 174.76 _atom_site.pdbx_formal_charge 2 _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 203 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 68 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 257 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #