data_6YSO # _model_server_result.job_id cxvR-rRB7q_BRWBPkvGBHw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 10:24:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6yso # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1006}' # _entry.id 6YSO # _exptl.entry_id 6YSO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 39.098 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'POTASSIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.05 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6YSO _cell.length_a 131.14 _cell.length_b 94.39 _cell.length_c 135.11 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6YSO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,I,Q 1 1 B,J,K,L,M,N,O,P,R 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 I N N ? 7 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLN 244 A GLN 244 1_555 I K K . A K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.797 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 351 A ASP 351 1_555 E V VN4 . A VN4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 351 A ASP 351 1_555 F MG MG . A MG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc4 A O THR 353 A THR 353 1_555 F MG MG . A MG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASN 628 A ASN 628 1_555 G MG MG . A MG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.927 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 703 A ASP 703 1_555 F MG MG . A MG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc7 A O LEU 711 A LEU 711 1_555 I K K . A K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc8 A O LYS 712 A LYS 712 1_555 I K K . A K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.218 ? metalc ? metalc9 A O ALA 714 A ALA 714 1_555 I K K . A K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 732 A GLU 732 1_555 I K K . A K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 732 A GLU 732 1_555 I K K . A K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? metalc ? metalc12 C O3G 128 . A 128 1000 1_555 G MG MG . A MG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc13 C O1B 128 . A 128 1000 1_555 G MG MG . A MG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc14 E O3 VN4 . A VN4 1002 1_555 F MG MG . A MG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc15 E V VN4 . A VN4 1002 1_555 Q O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc16 F MG MG . A MG 1003 1_555 Q O HOH . A HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc17 F MG MG . A MG 1003 1_555 Q O HOH . A HOH 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? metalc ? metalc18 G MG MG . A MG 1004 1_555 Q O HOH . A HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLN 244 B GLN 244 1_555 P K K . B K 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 351 B ASP 351 1_555 L V VN4 . B VN4 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 351 B ASP 351 1_555 M MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc22 B O THR 353 B THR 353 1_555 M MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASN 628 B ASN 628 1_555 N MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.91 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 703 B ASP 703 1_555 M MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc25 B O LEU 711 B LEU 711 1_555 P K K . B K 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc26 B O LYS 712 B LYS 712 1_555 P K K . B K 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.29 ? metalc ? metalc27 B O ALA 714 B ALA 714 1_555 P K K . B K 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc28 B OE1 GLU 732 B GLU 732 1_555 P K K . B K 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc29 B OE2 GLU 732 B GLU 732 1_555 P K K . B K 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc30 J O3G 128 . B 128 2000 1_555 N MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc31 J O2B 128 . B 128 2000 1_555 N MG MG . B MG 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? metalc ? metalc32 L O3 VN4 . B VN4 2002 1_555 M MG MG . B MG 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc33 L V VN4 . B VN4 2002 1_555 R O HOH . B HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc34 M MG MG . B MG 2003 1_555 R O HOH . B HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? metalc ? metalc35 M MG MG . B MG 2003 1_555 R O HOH . B HOH 2104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc36 N MG MG . B MG 2004 1_555 R O HOH . B HOH 2103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? # _chem_comp.formula 'K 1' _chem_comp.formula_weight 39.098 _chem_comp.id K _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'POTASSIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6YSO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007625 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002339 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010594 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007742 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 128 A 1 1000 1000 128 128 . D 3 TG1 A 1 1001 1001 TG1 TG1 . E 4 VN4 A 1 1002 1002 VN4 VN4 . F 5 MG A 1 1003 1003 MG MG . G 5 MG A 1 1004 1004 MG MG . H 6 CL A 1 1005 1005 CL CL . I 7 K A 1 1006 1006 K K . J 2 128 B 1 2000 2000 128 128 . K 3 TG1 B 1 2001 2001 TG1 TG1 . L 4 VN4 B 1 2002 2002 VN4 VN4 . M 5 MG B 1 2003 2003 MG MG . N 5 MG B 1 2004 2004 MG MG . O 6 CL B 1 2005 2005 CL CL . P 7 K B 1 2006 2006 K K . Q 8 HOH A 1 1101 4 HOH HOH . Q 8 HOH A 2 1102 3 HOH HOH . Q 8 HOH A 3 1103 1 HOH HOH . Q 8 HOH A 4 1104 5 HOH HOH . R 8 HOH B 1 2101 7 HOH HOH . R 8 HOH B 2 2102 8 HOH HOH . R 8 HOH B 3 2103 6 HOH HOH . R 8 HOH B 4 2104 2 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol K _atom_site.label_atom_id K _atom_site.label_comp_id K _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 97.495 _atom_site.Cartn_y 27.788 _atom_site.Cartn_z 6.991 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 103.84 _atom_site.pdbx_formal_charge 1 _atom_site.auth_atom_id K _atom_site.auth_comp_id K _atom_site.auth_seq_id 1006 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 37 _model_server_stats.parse_time_ms 35 _model_server_stats.create_model_time_ms 17 _model_server_stats.query_time_ms 289 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #