data_6YY5 # _model_server_result.job_id dA4626HGYH50273p1dj2Pw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 20:24:34' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6yy5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":802}' # _entry.id 6YY5 # _exptl.entry_id 6YY5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 1200.145 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description ~{N}-[2-[[(2~{S})-3-[[(2~{S})-3-[[1-[2-[2-[2-[4-[4-[5-(acetamidomethyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]-2-fluoranyl-phenyl]piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylamino]-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6YY5 _cell.length_a 85.795 _cell.length_b 157.049 _cell.length_c 77.503 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6YY5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 487 AAA CYS 484 1_555 A SG CYS 494 AAA CYS 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc1 B FE FE . AAA FE 801 1_555 C O10 QDQ . AAA QDQ 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc2 B FE FE . AAA FE 801 1_555 C O13 QDQ . AAA QDQ 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc3 B FE FE . AAA FE 801 1_555 C O12 QDQ . AAA QDQ 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc4 B FE FE . AAA FE 801 1_555 C O16 QDQ . AAA QDQ 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.881 ? metalc ? metalc5 B FE FE . AAA FE 801 1_555 C O15 QDQ . AAA QDQ 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? # _chem_comp.formula 'C54 H62 F N13 O18' _chem_comp.formula_weight 1200.145 _chem_comp.id QDQ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name ~{N}-[2-[[(2~{S})-3-[[(2~{S})-3-[[1-[2-[2-[2-[4-[4-[5-(acetamidomethyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl]-2-fluoranyl-phenyl]piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylamino]-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C32 C31 QDQ doub 277 n y C32 C33 QDQ sing 278 n y C31 C30 QDQ sing 279 n y O8 C29 QDQ doub 280 n n C33 C34 QDQ doub 281 n y C30 C29 QDQ sing 282 n n C30 C35 QDQ doub 283 n y C29 N9 QDQ sing 284 n n O7 C27 QDQ doub 285 n n C34 C35 QDQ sing 286 n y C34 O9 QDQ sing 287 n n C35 O10 QDQ sing 288 n n C27 C28 QDQ sing 289 n n C27 N8 QDQ sing 290 n n N9 C28 QDQ sing 291 n n C26 N8 QDQ sing 292 n n C26 C25 QDQ sing 293 n n C25 N10 QDQ sing 294 n n C25 C24 QDQ sing 295 n n N10 C36 QDQ sing 296 n n O13 C42 QDQ sing 297 n n O12 C41 QDQ sing 298 n n C42 C41 QDQ doub 299 n y C42 C37 QDQ sing 300 n y C36 C37 QDQ sing 301 n n C36 O11 QDQ doub 302 n n C41 C40 QDQ sing 303 n y C37 C38 QDQ doub 304 n y C38 C39 QDQ sing 305 n y C40 C39 QDQ doub 306 n y C20 C19 QDQ sing 307 n n C20 N6 QDQ sing 308 n n C24 O6 QDQ doub 309 n n C24 N7 QDQ sing 310 n n O5 C21 QDQ doub 311 n n O15 C48 QDQ sing 312 n n O16 C49 QDQ sing 313 n n N6 C21 QDQ sing 314 n n N7 C23 QDQ sing 315 n n C21 C22 QDQ sing 316 n n C48 C49 QDQ doub 317 n y C48 C47 QDQ sing 318 n y C49 C44 QDQ sing 319 n y C47 C46 QDQ doub 320 n y C22 N11 QDQ sing 321 n n C22 C23 QDQ sing 322 n n N11 C43 QDQ sing 323 n n C44 C43 QDQ sing 324 n n C44 C45 QDQ doub 325 n y C43 O14 QDQ doub 326 n n C46 C45 QDQ sing 327 n y C20 H4 QDQ sing 328 n n C20 H5 QDQ sing 329 n n N6 H6 QDQ sing 330 n n C22 H7 QDQ sing 331 n n C23 H8 QDQ sing 332 n n C23 H9 QDQ sing 333 n n N7 H10 QDQ sing 334 n n C25 H11 QDQ sing 335 n n C26 H12 QDQ sing 336 n n C26 H13 QDQ sing 337 n n N8 H14 QDQ sing 338 n n C28 H15 QDQ sing 339 n n C28 H16 QDQ sing 340 n n N9 H17 QDQ sing 341 n n C31 H18 QDQ sing 342 n n C32 H19 QDQ sing 343 n n C33 H20 QDQ sing 344 n n O9 H21 QDQ sing 345 n n O10 H22 QDQ sing 346 n n N10 H23 QDQ sing 347 n n C38 H24 QDQ sing 348 n n C39 H25 QDQ sing 349 n n C40 H26 QDQ sing 350 n n O12 H27 QDQ sing 351 n n O13 H28 QDQ sing 352 n n N11 H29 QDQ sing 353 n n C45 H30 QDQ sing 354 n n C46 H31 QDQ sing 355 n n C47 H32 QDQ sing 356 n n O15 H33 QDQ sing 357 n n O16 H34 QDQ sing 358 n n C19 N1 QDQ sing 359 n y N1 N2 QDQ doub 360 n y N2 N3 QDQ sing 361 n y N3 C4 QDQ sing 362 n y C4 C19 QDQ doub 363 n y N3 C1 QDQ sing 364 n n C1 C2 QDQ sing 365 n n C2 O1 QDQ sing 366 n n O1 C5 QDQ sing 367 n n C5 C6 QDQ sing 368 n n C6 O2 QDQ sing 369 n n O2 C8 QDQ sing 370 n n C8 C9 QDQ sing 371 n n C9 N4 QDQ sing 372 n n C9 O3 QDQ doub 373 n n N4 C10 QDQ sing 374 n n C10 C3 QDQ sing 375 n n C3 N5 QDQ sing 376 n n N5 C12 QDQ sing 377 n n C12 C13 QDQ sing 378 n n C13 N4 QDQ sing 379 n n N5 C7 QDQ sing 380 n n C7 C11 QDQ sing 381 n y C11 C14 QDQ doub 382 n y C14 C15 QDQ sing 383 n y C15 C16 QDQ doub 384 n y C16 C17 QDQ sing 385 n y C17 C7 QDQ doub 386 n y C17 F1 QDQ sing 387 n n C15 N12 QDQ sing 388 n n N12 C50 QDQ sing 389 n n C50 O17 QDQ sing 390 n n O17 C52 QDQ sing 391 n n C52 C53 QDQ sing 392 n n C53 N12 QDQ sing 393 n n C50 O4 QDQ doub 394 n n C52 C18 QDQ sing 395 n n C18 N13 QDQ sing 396 n n N13 C54 QDQ sing 397 n n C54 C55 QDQ sing 398 n n C54 O18 QDQ doub 399 n n C4 H1 QDQ sing 400 n n C1 H2 QDQ sing 401 n n C1 H3 QDQ sing 402 n n C2 H35 QDQ sing 403 n n C2 H36 QDQ sing 404 n n C5 H37 QDQ sing 405 n n C5 H38 QDQ sing 406 n n C6 H39 QDQ sing 407 n n C6 H40 QDQ sing 408 n n C8 H41 QDQ sing 409 n n C8 H42 QDQ sing 410 n n C10 H43 QDQ sing 411 n n C10 H44 QDQ sing 412 n n C3 H45 QDQ sing 413 n n C3 H46 QDQ sing 414 n n C12 H47 QDQ sing 415 n n C12 H48 QDQ sing 416 n n C13 H49 QDQ sing 417 n n C13 H50 QDQ sing 418 n n C11 H51 QDQ sing 419 n n C14 H52 QDQ sing 420 n n C16 H53 QDQ sing 421 n n C52 H54 QDQ sing 422 n n C53 H55 QDQ sing 423 n n C53 H56 QDQ sing 424 n n C18 H57 QDQ sing 425 n n C18 H58 QDQ sing 426 n n N13 H59 QDQ sing 427 n n C55 H60 QDQ sing 428 n n C55 H61 QDQ sing 429 n n C55 H62 QDQ sing 430 n n # _atom_sites.entry_id 6YY5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011656 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006367 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012903 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 FE AAA 1 801 801 FE FE . C 3 QDQ AAA 1 802 901 QDQ DRG . D 4 HOH AAA 1 901 9 HOH HOH . D 4 HOH AAA 2 902 8 HOH HOH . D 4 HOH AAA 3 903 1 HOH HOH . D 4 HOH AAA 4 904 2 HOH HOH . D 4 HOH AAA 5 905 7 HOH HOH . D 4 HOH AAA 6 906 5 HOH HOH . D 4 HOH AAA 7 907 6 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C19 QDQ . . . C 3 -95.522 29.705 126.074 1 137.46 ? C19 QDQ 802 AAA 1 HETATM 2 C C20 QDQ . . . C 3 -94.065 29.822 125.758 1 141.44 ? C20 QDQ 802 AAA 1 HETATM 3 N N6 QDQ . . . C 3 -93.299 30.413 126.844 1 153.6 ? N6 QDQ 802 AAA 1 HETATM 4 C C21 QDQ . . . C 3 -91.957 30.371 126.878 1 150.16 ? C21 QDQ 802 AAA 1 HETATM 5 O O5 QDQ . . . C 3 -91.284 29.79 126.027 1 153.66 ? O5 QDQ 802 AAA 1 HETATM 6 C C22 QDQ . . . C 3 -91.282 31.026 128.084 1 153.78 ? C22 QDQ 802 AAA 1 HETATM 7 C C23 QDQ . . . C 3 -91.432 32.551 128.143 1 161.76 ? C23 QDQ 802 AAA 1 HETATM 8 N N7 QDQ . . . C 3 -91.142 33.197 126.87 1 151.15 ? N7 QDQ 802 AAA 1 HETATM 9 C C24 QDQ . . . C 3 -92.064 33.385 125.921 1 130.16 ? C24 QDQ 802 AAA 1 HETATM 10 O O6 QDQ . . . C 3 -93.246 33.076 126.055 1 120.49 ? O6 QDQ 802 AAA 1 HETATM 11 C C25 QDQ . . . C 3 -91.559 33.944 124.596 1 117.54 ? C25 QDQ 802 AAA 1 HETATM 12 C C26 QDQ . . . C 3 -92.008 33.064 123.42 1 123.68 ? C26 QDQ 802 AAA 1 HETATM 13 N N8 QDQ . . . C 3 -91.786 31.639 123.648 1 119.45 ? N8 QDQ 802 AAA 1 HETATM 14 C C27 QDQ . . . C 3 -92.187 30.711 122.786 1 108.27 ? C27 QDQ 802 AAA 1 HETATM 15 O O7 QDQ . . . C 3 -92.856 30.989 121.793 1 106.49 ? O7 QDQ 802 AAA 1 HETATM 16 C C28 QDQ . . . C 3 -91.758 29.283 123.074 1 106.77 ? C28 QDQ 802 AAA 1 HETATM 17 N N9 QDQ . . . C 3 -90.34 29.028 122.871 1 109.5 ? N9 QDQ 802 AAA 1 HETATM 18 C C29 QDQ . . . C 3 -89.834 28.707 121.672 1 94.42 ? C29 QDQ 802 AAA 1 HETATM 19 O O8 QDQ . . . C 3 -90.562 28.39 120.733 1 87.8 ? O8 QDQ 802 AAA 1 HETATM 20 C C30 QDQ . . . C 3 -88.358 28.761 121.462 1 98.34 ? C30 QDQ 802 AAA 1 HETATM 21 C C31 QDQ . . . C 3 -87.868 28.353 120.215 1 93.8 ? C31 QDQ 802 AAA 1 HETATM 22 C C32 QDQ . . . C 3 -86.539 28.422 119.913 1 91.44 ? C32 QDQ 802 AAA 1 HETATM 23 C C33 QDQ . . . C 3 -85.623 28.859 120.869 1 96.46 ? C33 QDQ 802 AAA 1 HETATM 24 C C34 QDQ . . . C 3 -86.064 29.28 122.107 1 99.92 ? C34 QDQ 802 AAA 1 HETATM 25 O O9 QDQ . . . C 3 -85.126 29.7 123.016 1 97.44 ? O9 QDQ 802 AAA 1 HETATM 26 C C35 QDQ . . . C 3 -87.435 29.244 122.408 1 105.1 ? C35 QDQ 802 AAA 1 HETATM 27 O O10 QDQ . . . C 3 -87.801 29.637 123.653 1 115.48 ? O10 QDQ 802 AAA 1 HETATM 28 N N10 QDQ . . . C 3 -90.094 34.093 124.702 1 112.02 ? N10 QDQ 802 AAA 1 HETATM 29 C C36 QDQ . . . C 3 -89.451 35.273 125.029 1 117.72 ? C36 QDQ 802 AAA 1 HETATM 30 O O11 QDQ . . . C 3 -90.072 36.323 125.194 1 100.37 ? O11 QDQ 802 AAA 1 HETATM 31 C C37 QDQ . . . C 3 -87.973 35.216 125.143 1 113.89 ? C37 QDQ 802 AAA 1 HETATM 32 C C38 QDQ . . . C 3 -87.233 36.39 125.341 1 105.05 ? C38 QDQ 802 AAA 1 HETATM 33 C C39 QDQ . . . C 3 -85.884 36.352 125.476 1 110.58 ? C39 QDQ 802 AAA 1 HETATM 34 C C40 QDQ . . . C 3 -85.204 35.133 125.369 1 111.2 ? C40 QDQ 802 AAA 1 HETATM 35 C C41 QDQ . . . C 3 -85.9 33.953 125.1 1 108.11 ? C41 QDQ 802 AAA 1 HETATM 36 O O12 QDQ . . . C 3 -85.259 32.747 124.994 1 108.85 ? O12 QDQ 802 AAA 1 HETATM 37 C C42 QDQ . . . C 3 -87.285 33.991 125.022 1 112.34 ? C42 QDQ 802 AAA 1 HETATM 38 O O13 QDQ . . . C 3 -87.899 32.81 124.756 1 113.15 ? O13 QDQ 802 AAA 1 HETATM 39 N N11 QDQ . . . C 3 -89.878 30.644 128.093 1 147.85 ? N11 QDQ 802 AAA 1 HETATM 40 C C43 QDQ . . . C 3 -89.482 29.45 128.543 1 137.25 ? C43 QDQ 802 AAA 1 HETATM 41 O O14 QDQ . . . C 3 -90.276 28.593 128.936 1 134.61 ? O14 QDQ 802 AAA 1 HETATM 42 C C44 QDQ . . . C 3 -88.039 29.121 128.407 1 129.8 ? C44 QDQ 802 AAA 1 HETATM 43 C C45 QDQ . . . C 3 -87.422 28.241 129.304 1 120.75 ? C45 QDQ 802 AAA 1 HETATM 44 C C46 QDQ . . . C 3 -86.125 27.862 129.14 1 120.08 ? C46 QDQ 802 AAA 1 HETATM 45 C C47 QDQ . . . C 3 -85.387 28.35 128.064 1 123.63 ? C47 QDQ 802 AAA 1 HETATM 46 C C48 QDQ . . . C 3 -85.972 29.213 127.149 1 123.07 ? C48 QDQ 802 AAA 1 HETATM 47 O O15 QDQ . . . C 3 -85.292 29.69 126.054 1 103.98 ? O15 QDQ 802 AAA 1 HETATM 48 C C49 QDQ . . . C 3 -87.299 29.607 127.318 1 124.57 ? C49 QDQ 802 AAA 1 HETATM 49 O O16 QDQ . . . C 3 -87.81 30.452 126.385 1 106.81 ? O16 QDQ 802 AAA 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 274 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 49 #