data_6Z33 # _model_server_result.job_id 4SXUCwvyvbHTeWpUXxEMdA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-25 20:29:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6z33 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":801}' # _entry.id 6Z33 # _exptl.entry_id 6Z33 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 455.461 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description ~{N}-[(5~{S})-5-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-6-oxidanylidene-6-(prop-2-ynylamino)hexyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6Z33 _cell.length_a 85.962 _cell.length_b 157.358 _cell.length_c 78.077 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6Z33 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 487 AAA CYS 484 1_555 A SG CYS 494 AAA CYS 491 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc1 B O3 Q62 . AAA Q62 801 1_555 D FE FE . AAA FE 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc2 B O4 Q62 . AAA Q62 801 1_555 D FE FE . AAA FE 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? metalc ? metalc3 B O6 Q62 . AAA Q62 801 1_555 D FE FE . AAA FE 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc4 B O7 Q62 . AAA Q62 801 1_555 D FE FE . AAA FE 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc5 C O1 EDO . AAA EDO 802 1_555 D FE FE . AAA FE 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc6 C O2 EDO . AAA EDO 802 1_555 D FE FE . AAA FE 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? # _chem_comp.formula 'C23 H25 N3 O7' _chem_comp.formula_weight 455.461 _chem_comp.id Q62 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name ~{N}-[(5~{S})-5-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-6-oxidanylidene-6-(prop-2-ynylamino)hexyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C13 C12 Q62 doub 284 n y C13 C14 Q62 sing 285 n y C12 C11 Q62 sing 286 n y O2 C10 Q62 doub 287 n n C14 C15 Q62 doub 288 n y C11 C10 Q62 sing 289 n n C11 C16 Q62 doub 290 n y C10 N2 Q62 sing 291 n n C9 N2 Q62 sing 292 n n C9 C8 Q62 sing 293 n n C15 C16 Q62 sing 294 n y C15 O3 Q62 sing 295 n n C16 O4 Q62 sing 296 n n C6 C7 Q62 sing 297 n n C6 C5 Q62 sing 298 n n C8 C7 Q62 sing 299 n n C5 N3 Q62 sing 300 n n C5 C4 Q62 sing 301 n n N3 C17 Q62 sing 302 n n O7 C23 Q62 sing 303 n n O6 C22 Q62 sing 304 n n C23 C22 Q62 doub 305 n y C23 C18 Q62 sing 306 n y C17 C18 Q62 sing 307 n n C17 O5 Q62 doub 308 n n C22 C21 Q62 sing 309 n y C18 C19 Q62 doub 310 n y C21 C20 Q62 doub 311 n y C19 C20 Q62 sing 312 n y C4 O1 Q62 doub 313 n n C4 N1 Q62 sing 314 n n N1 C3 Q62 sing 315 n n C1 C2 Q62 trip 316 n n C3 C2 Q62 sing 317 n n C14 H1 Q62 sing 318 n n C5 H2 Q62 sing 319 n n C6 H3 Q62 sing 320 n n C6 H4 Q62 sing 321 n n C7 H5 Q62 sing 322 n n C7 H6 Q62 sing 323 n n C8 H7 Q62 sing 324 n n C8 H8 Q62 sing 325 n n C9 H9 Q62 sing 326 n n C9 H10 Q62 sing 327 n n C12 H11 Q62 sing 328 n n C13 H12 Q62 sing 329 n n N1 H13 Q62 sing 330 n n N2 H14 Q62 sing 331 n n C3 H15 Q62 sing 332 n n C3 H16 Q62 sing 333 n n N3 H17 Q62 sing 334 n n C1 H18 Q62 sing 335 n n O3 H19 Q62 sing 336 n n O4 H20 Q62 sing 337 n n C19 H21 Q62 sing 338 n n C20 H22 Q62 sing 339 n n C21 H23 Q62 sing 340 n n O6 H24 Q62 sing 341 n n O7 H25 Q62 sing 342 n n # _atom_sites.entry_id 6Z33 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011633 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006355 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012808 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 Q62 AAA 1 801 801 Q62 DRG . C 3 EDO AAA 1 802 901 EDO EDO . D 4 FE AAA 1 803 1 FE FE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C4 Q62 . . . B 2 -91.933 34.112 126.155 1 122.47 ? C4 Q62 801 AAA 1 HETATM 2 C C14 Q62 . . . B 2 -85.353 29.253 121.908 1 106.41 ? C14 Q62 801 AAA 1 HETATM 3 C C5 Q62 . . . B 2 -91.314 34.207 124.764 1 114.19 ? C5 Q62 801 AAA 1 HETATM 4 C C6 Q62 . . . B 2 -91.807 33.091 123.837 1 116.3 ? C6 Q62 801 AAA 1 HETATM 5 C C11 Q62 . . . B 2 -88.139 29.022 122.004 1 106.63 ? C11 Q62 801 AAA 1 HETATM 6 C C7 Q62 . . . B 2 -91.223 31.722 124.171 1 118.45 ? C7 Q62 801 AAA 1 HETATM 7 C C8 Q62 . . . B 2 -92.188 30.576 123.991 1 116.54 ? C8 Q62 801 AAA 1 HETATM 8 C C9 Q62 . . . B 2 -91.721 29.488 123.037 1 110.68 ? C9 Q62 801 AAA 1 HETATM 9 C C10 Q62 . . . B 2 -89.616 28.839 122.047 1 97.54 ? C10 Q62 801 AAA 1 HETATM 10 C C12 Q62 . . . B 2 -87.42 28.686 120.853 1 100.27 ? C12 Q62 801 AAA 1 HETATM 11 C C13 Q62 . . . B 2 -86.062 28.807 120.798 1 97.64 ? C13 Q62 801 AAA 1 HETATM 12 N N1 Q62 . . . B 2 -91.095 34.046 127.191 1 141.99 ? N1 Q62 801 AAA 1 HETATM 13 N N2 Q62 . . . B 2 -90.293 29.224 123.122 1 100.68 ? N2 Q62 801 AAA 1 HETATM 14 C C3 Q62 . . . B 2 -91.194 33.038 128.243 1 140.66 ? C3 Q62 801 AAA 1 HETATM 15 N N3 Q62 . . . B 2 -89.872 34.17 124.92 1 108.1 ? N3 Q62 801 AAA 1 HETATM 16 C C1 Q62 . . . B 2 -93.571 31.865 128.237 1 139.6 ? C1 Q62 801 AAA 1 HETATM 17 C C2 Q62 . . . B 2 -92.51 32.385 128.27 1 139.51 ? C2 Q62 801 AAA 1 HETATM 18 O O1 Q62 . . . B 2 -93.151 34.078 126.281 1 131.67 ? O1 Q62 801 AAA 1 HETATM 19 O O2 Q62 . . . B 2 -90.201 28.403 121.065 1 91.58 ? O2 Q62 801 AAA 1 HETATM 20 C C15 Q62 . . . B 2 -86.031 29.606 123.061 1 113.03 ? C15 Q62 801 AAA 1 HETATM 21 O O3 Q62 . . . B 2 -85.359 30.111 124.142 1 109.43 ? O3 Q62 801 AAA 1 HETATM 22 C C16 Q62 . . . B 2 -87.425 29.494 123.111 1 112.85 ? C16 Q62 801 AAA 1 HETATM 23 O O4 Q62 . . . B 2 -88.034 29.889 124.251 1 130.64 ? O4 Q62 801 AAA 1 HETATM 24 C C17 Q62 . . . B 2 -89.192 35.217 125.394 1 102.67 ? C17 Q62 801 AAA 1 HETATM 25 O O5 Q62 . . . B 2 -89.732 36.302 125.617 1 91.85 ? O5 Q62 801 AAA 1 HETATM 26 C C18 Q62 . . . B 2 -87.719 35.048 125.556 1 99.76 ? C18 Q62 801 AAA 1 HETATM 27 C C19 Q62 . . . B 2 -86.868 36.118 125.869 1 101.27 ? C19 Q62 801 AAA 1 HETATM 28 C C20 Q62 . . . B 2 -85.517 35.934 125.995 1 109.15 ? C20 Q62 801 AAA 1 HETATM 29 C C21 Q62 . . . B 2 -84.962 34.664 125.797 1 106.24 ? C21 Q62 801 AAA 1 HETATM 30 C C22 Q62 . . . B 2 -85.776 33.591 125.479 1 90.67 ? C22 Q62 801 AAA 1 HETATM 31 O O6 Q62 . . . B 2 -85.261 32.34 125.301 1 94.12 ? O6 Q62 801 AAA 1 HETATM 32 C C23 Q62 . . . B 2 -87.151 33.783 125.344 1 88.68 ? C23 Q62 801 AAA 1 HETATM 33 O O7 Q62 . . . B 2 -87.894 32.69 125.082 1 88.45 ? O7 Q62 801 AAA 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 324 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 33 #