data_6Z80
#
_model_server_result.job_id            REPxJ1i3QGnwi64Mmp-ZvQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:20:12' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6z80 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    6Z80 
#
_exptl.entry_id    6Z80 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              539.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "8-OXO-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    10 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6Z80 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6Z80 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    eicosameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      20 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 W N N 
? 5 Y N N 
? 5 AA N N 
? 5 DA N N 
? 5 FA N N 
? 5 HA N N 
? 5 JA N N 
? 5 KA N N 
? 5 MA N N 
? 5 NA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 115 A CYS 141 1_555 U ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 186 A CYS 212 1_555 U ZN ZN . A ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc3 U ZN ZN . A ZN 301 1_555 W O8 8GT . B 8GT 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc4 C SG CYS 115 B CYS 141 1_555 X ZN ZN . B ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc5 C SG CYS 186 B CYS 212 1_555 X ZN ZN . B ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc6 X ZN ZN . B ZN 302 1_555 Y O8 8GT . C 8GT 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc7 D SG CYS 115 C CYS 141 1_555 Z ZN ZN . C ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc8 D SG CYS 186 C CYS 212 1_555 Z ZN ZN . C ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc9 Z ZN ZN . C ZN 302 1_555 NA O8 8GT . D 8GT 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc10 E SG CYS 115 E CYS 141 1_555 BA ZN ZN . E ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc11 E SG CYS 186 E CYS 212 1_555 BA ZN ZN . E ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc12 AA O8 8GT . E 8GT 301 1_555 BA ZN ZN . E ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc13 F SG CYS 115 G CYS 141 1_555 CA ZN ZN . G ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc14 F SG CYS 186 G CYS 212 1_555 CA ZN ZN . G ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc15 CA ZN ZN . G ZN 301 1_555 DA O8 8GT . H 8GT 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc16 G SG CYS 115 H CYS 141 1_555 EA ZN ZN . H ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc17 G SG CYS 186 H CYS 212 1_555 EA ZN ZN . H ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc18 EA ZN ZN . H ZN 302 1_555 FA O8 8GT . I 8GT 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc19 H SG CYS 115 I CYS 141 1_555 GA ZN ZN . I ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc20 H SG CYS 186 I CYS 212 1_555 GA ZN ZN . I ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc21 GA ZN ZN . I ZN 302 1_555 HA O8 8GT . J 8GT 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc22 I SG CYS 115 J CYS 141 1_555 IA ZN ZN . J ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc23 I SG CYS 186 J CYS 212 1_555 IA ZN ZN . J ZN 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc24 IA ZN ZN . J ZN 302 1_555 KA O8 8GT . F 8GT 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? 
metalc ? metalc25 J SG CYS 115 F CYS 141 1_555 LA ZN ZN . F ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc26 J SG CYS 186 F CYS 212 1_555 LA ZN ZN . F ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc27 JA O8 8GT . F 8GT 301 1_555 LA ZN ZN . F ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc28 K SG CYS 115 D CYS 141 1_555 OA ZN ZN . D ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? 
metalc ? metalc29 K SG CYS 186 D CYS 212 1_555 OA ZN ZN . D ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc30 MA O8 8GT . D 8GT 301 1_555 OA ZN ZN . D ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O15 P3' 
_chem_comp.formula_weight    539.18 
_chem_comp.id                8GT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "8-OXO-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G 8GT doub 1 n n 
PG O2G 8GT sing 2 n n 
PG O3G 8GT sing 3 n n 
PG O3B 8GT sing 4 n n 
O2G HOG2 8GT sing 5 n n 
O3G H3G 8GT sing 6 n n 
O3B PB 8GT sing 7 n n 
PB O1B 8GT doub 8 n n 
PB O2B 8GT sing 9 n n 
PB O3A 8GT sing 10 n n 
O2B HOB2 8GT sing 11 n n 
O3A PA 8GT sing 12 n n 
PA O1A 8GT doub 13 n n 
PA O2A 8GT sing 14 n n 
PA O5' 8GT sing 15 n n 
O2A HOA2 8GT sing 16 n n 
O5' C5' 8GT sing 17 n n 
C5' C4' 8GT sing 18 n n 
C5' "H5'1" 8GT sing 19 n n 
C5' "H5'2" 8GT sing 20 n n 
C4' O4' 8GT sing 21 n n 
C4' C3' 8GT sing 22 n n 
C4' H4' 8GT sing 23 n n 
O4' C1' 8GT sing 24 n n 
C3' O3' 8GT sing 25 n n 
C3' C2' 8GT sing 26 n n 
C3' H3' 8GT sing 27 n n 
O3' H2 8GT sing 28 n n 
C2' O2' 8GT sing 29 n n 
C2' C1' 8GT sing 30 n n 
C2' H1 8GT sing 31 n n 
O2' H2' 8GT sing 32 n n 
C1' N9 8GT sing 33 n n 
C1' H1' 8GT sing 34 n n 
N9 C8 8GT sing 35 n n 
N9 C4 8GT sing 36 n n 
C8 N7 8GT sing 37 n n 
C8 O8 8GT doub 38 n n 
N7 C5 8GT sing 39 n n 
N7 HN7 8GT sing 40 n n 
C5 C6 8GT sing 41 n n 
C5 C4 8GT doub 42 n n 
C6 O6 8GT doub 43 n n 
C6 N1 8GT sing 44 n n 
N1 C2 8GT sing 45 n n 
N1 HN1 8GT sing 46 n n 
C2 N2 8GT sing 47 n n 
C2 N3 8GT doub 48 n n 
N2 HN21 8GT sing 49 n n 
N2 HN22 8GT sing 50 n n 
N3 C4 8GT sing 51 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6Z80 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
U 3 ZN A 1 301 251 ZN ZN . 
V 4 PHE L 1 101 101 PHE PHE . 
W 5 8GT B 1 301 250 8GT 8GT . 
X 3 ZN B 1 302 251 ZN ZN . 
Y 5 8GT C 1 301 250 8GT 8GT . 
Z 3 ZN C 1 302 251 ZN ZN . 
AA 5 8GT E 1 301 250 8GT 8GT . 
BA 3 ZN E 1 302 251 ZN ZN . 
CA 3 ZN G 1 301 251 ZN ZN . 
DA 5 8GT H 1 301 250 8GT 8GT . 
EA 3 ZN H 1 302 251 ZN ZN . 
FA 5 8GT I 1 301 250 8GT 8GT . 
GA 3 ZN I 1 302 251 ZN ZN . 
HA 5 8GT J 1 301 250 8GT 8GT . 
IA 3 ZN J 1 302 251 ZN ZN . 
JA 5 8GT F 1 301 250 8GT 8GT . 
KA 5 8GT F 1 302 250 8GT 8GT . 
LA 3 ZN F 1 303 251 ZN ZN . 
MA 5 8GT D 1 301 250 8GT 8GT . 
NA 5 8GT D 1 302 250 8GT 8GT . 
OA 3 ZN D 1 303 251 ZN ZN . 
PA 4 PHE K 1 101 101 PHE PHE . 
QA 4 PHE N 1 101 101 PHE PHE . 
RA 4 PHE M 1 101 101 PHE PHE . 
SA 4 PHE O 1 101 101 PHE PHE . 
TA 4 PHE P 1 101 101 PHE PHE . 
UA 4 PHE Q 1 101 101 PHE PHE . 
VA 4 PHE R 1 101 101 PHE PHE . 
WA 4 PHE S 1 101 101 PHE PHE . 
XA 4 PHE T 1 101 101 PHE PHE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG 8GT . . . DA 5 95.97 121.461 137.95 1 0 ? PG 8GT 301 H 1 
HETATM 2 O O1G 8GT . . . DA 5 96.566 120.554 136.999 1 0 ? O1G 8GT 301 H 1 
HETATM 3 O O2G 8GT . . . DA 5 96.989 122.195 138.76 1 0 ? O2G 8GT 301 H 1 
HETATM 4 O O3G 8GT . . . DA 5 95.075 122.489 137.29 1 0 ? O3G 8GT 301 H 1 
HETATM 5 O O3B 8GT . . . DA 5 95.083 120.639 138.984 1 0 ? O3B 8GT 301 H 1 
HETATM 6 P PB 8GT . . . DA 5 94.271 119.282 138.806 1 0 ? PB 8GT 301 H 1 
HETATM 7 O O1B 8GT . . . DA 5 95.146 118.282 138.175 1 0 ? O1B 8GT 301 H 1 
HETATM 8 O O2B 8GT . . . DA 5 93.117 119.559 137.881 1 0 ? O2B 8GT 301 H 1 
HETATM 9 O O3A 8GT . . . DA 5 93.68 118.678 140.155 1 0 ? O3A 8GT 301 H 1 
HETATM 10 P PA 8GT . . . DA 5 94.203 118.627 141.656 1 0 ? PA 8GT 301 H 1 
HETATM 11 O O1A 8GT . . . DA 5 93.609 117.484 142.381 1 0 ? O1A 8GT 301 H 1 
HETATM 12 O O2A 8GT . . . DA 5 93.735 119.909 142.297 1 0 ? O2A 8GT 301 H 1 
HETATM 13 O O5' 8GT . . . DA 5 95.795 118.642 141.607 1 0 ? O5' 8GT 301 H 1 
HETATM 14 C C5' 8GT . . . DA 5 96.691 117.529 141.799 1 0 ? C5' 8GT 301 H 1 
HETATM 15 C C4' 8GT . . . DA 5 98.003 118.085 142.289 1 0 ? C4' 8GT 301 H 1 
HETATM 16 O O4' 8GT . . . DA 5 99.026 117.076 142.237 1 0 ? O4' 8GT 301 H 1 
HETATM 17 C C3' 8GT . . . DA 5 98.554 119.258 141.477 1 0 ? C3' 8GT 301 H 1 
HETATM 18 O O3' 8GT . . . DA 5 98.277 120.484 142.134 1 0 ? O3' 8GT 301 H 1 
HETATM 19 C C2' 8GT . . . DA 5 100.063 118.977 141.388 1 0 ? C2' 8GT 301 H 1 
HETATM 20 O O2' 8GT . . . DA 5 100.793 120.041 141.968 1 0 ? O2' 8GT 301 H 1 
HETATM 21 C C1' 8GT . . . DA 5 100.236 117.787 142.316 1 0 ? C1' 8GT 301 H 1 
HETATM 22 N N9 8GT . . . DA 5 101.348 116.886 142.044 1 0 ? N9 8GT 301 H 1 
HETATM 23 C C8 8GT . . . DA 5 101.529 116.095 140.921 1 0 ? C8 8GT 301 H 1 
HETATM 24 N N7 8GT . . . DA 5 102.674 115.373 141.126 1 0 ? N7 8GT 301 H 1 
HETATM 25 C C5 8GT . . . DA 5 103.209 115.704 142.338 1 0 ? C5 8GT 301 H 1 
HETATM 26 C C6 8GT . . . DA 5 104.364 115.281 143 1 0 ? C6 8GT 301 H 1 
HETATM 27 O O6 8GT . . . DA 5 105.166 114.426 142.636 1 0 ? O6 8GT 301 H 1 
HETATM 28 N N1 8GT . . . DA 5 104.535 115.931 144.201 1 0 ? N1 8GT 301 H 1 
HETATM 29 C C2 8GT . . . DA 5 103.681 116.861 144.711 1 0 ? C2 8GT 301 H 1 
HETATM 30 N N2 8GT . . . DA 5 103.992 117.386 145.893 1 0 ? N2 8GT 301 H 1 
HETATM 31 N N3 8GT . . . DA 5 102.578 117.253 144.088 1 0 ? N3 8GT 301 H 1 
HETATM 32 C C4 8GT . . . DA 5 102.401 116.64 142.907 1 0 ? C4 8GT 301 H 1 
HETATM 33 O O8 8GT . . . DA 5 100.805 116.063 139.939 1 0 ? O8 8GT 301 H 1 
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