data_6ZDP # _model_server_result.job_id gdrDU7h7xTtNPgTVmB4yIQ _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 16:57:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zdp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1401}' # _entry.id 6ZDP # _exptl.entry_id 6ZDP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 39.098 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'POTASSIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZDP _cell.length_a 95.095 _cell.length_b 201.729 _cell.length_c 138.84 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZDP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2c 2' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C THR 90 A THR 247 1_555 A N MSE 91 A MSE 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale2 A C MSE 91 A MSE 248 1_555 A N ILE 92 A ILE 249 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale3 A C ILE 108 A ILE 265 1_555 A N MSE 109 A MSE 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale4 A C MSE 109 A MSE 266 1_555 A N GLY 110 A GLY 267 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale5 A C ASN 206 A ASN 363 1_555 A N MSE 207 A MSE 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale6 A C MSE 207 A MSE 364 1_555 A N ASP 208 A ASP 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale7 A C ASP 318 A ASP 475 1_555 A N MSE 319 A MSE 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 A C MSE 319 A MSE 476 1_555 A N GLY 320 A GLY 477 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale9 A C TYR 353 A TYR 510 1_555 A N MSE 354 A MSE 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale10 A C MSE 354 A MSE 511 1_555 A N ILE 355 A ILE 512 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale11 A C ASP 358 A ASP 515 1_555 A N MSE 359 A MSE 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale12 A C MSE 359 A MSE 516 1_555 A N LYS 360 A LYS 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale13 A C THR 498 A THR 655 1_555 A N MSE 499 A MSE 656 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale14 A C MSE 499 A MSE 656 1_555 A N VAL 500 A VAL 657 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale15 A C LYS 569 A LYS 726 1_555 A N MSE 570 A MSE 727 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale16 A C MSE 570 A MSE 727 1_555 A N THR 571 A THR 728 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale17 A C PHE 664 A PHE 821 1_555 A N MSE 665 A MSE 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale18 A C MSE 665 A MSE 822 1_555 A N LYS 666 A LYS 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale19 A C SER 685 A SER 842 1_555 A N MSE 686 A MSE 843 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale20 A C MSE 686 A MSE 843 1_555 A N GLU 687 A GLU 844 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale21 A C PHE 706 A PHE 863 1_555 A N MSE 707 A MSE 864 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale22 A C MSE 707 A MSE 864 1_555 A N ALA 708 A ALA 865 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 328 1_555 C K K . A K 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.315 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 G 1 B G 1282 1_555 B N3 C 71 B C 1356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 G 1 B G 1282 1_555 B O2 C 71 B C 1356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 G 1 B G 1282 1_555 B N4 C 71 B C 1356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 G 2 B G 1283 1_555 B N3 C 70 B C 1355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N2 G 2 B G 1283 1_555 B O2 C 70 B C 1355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O6 G 2 B G 1283 1_555 B N4 C 70 B C 1355 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 U 3 B U 1284 1_555 B N1 A 69 B A 1354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O4 U 3 B U 1284 1_555 B N6 A 69 B A 1354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N3 U 4 B U 1285 1_555 B N1 A 68 B A 1353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B O4 U 4 B U 1285 1_555 B N6 A 68 B A 1353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog11 B N3 U 5 B U 1286 1_555 B O6 G 67 B G 1352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog12 B O2 U 5 B U 1286 1_555 B N1 G 67 B G 1352 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N1 A 6 B A 1288 1_555 B N3 U 66 B U 1350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N6 A 6 B A 1288 1_555 B O4 U 66 B U 1350 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N1 G 7 B G 1289 1_555 B N3 C 65 B C 1349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N2 G 7 B G 1289 1_555 B O2 C 65 B C 1349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O6 G 7 B G 1289 1_555 B N4 C 65 B C 1349 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N1 A 8 B A 1290 1_555 B N3 U 64 B U 1348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N6 A 8 B A 1290 1_555 B O4 U 64 B U 1348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N3 U 9 B U 1291 1_555 B N1 A 62 B A 1346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B O4 U 9 B U 1291 1_555 B N6 A 62 B A 1346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N3 C 10 B C 1292 1_555 B N1 G 61 B G 1345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N4 C 10 B C 1292 1_555 B O6 G 61 B G 1345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B O2 C 10 B C 1292 1_555 B N2 G 61 B G 1345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B N3 U 11 B U 1293 1_555 B N1 A 60 B A 1344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B O4 U 11 B U 1293 1_555 B N6 A 60 B A 1344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N1 A 12 B A 1294 1_555 B N3 U 59 B U 1343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B N6 A 12 B A 1294 1_555 B O4 U 59 B U 1343 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog29 B N2 G 14 B G 1296 1_555 B O2 C 38 B C 1322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog30 B N2 G 15 B G 1297 1_555 B O2 C 37 B C 1321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N1 A 16 B A 1298 1_555 B N3 U 36 B U 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N6 A 16 B A 1298 1_555 B O4 U 36 B U 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_18_PAIR hydrog33 B N3 C 17 B C 1299 1_555 B N3 U 36 B U 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_18_PAIR hydrog34 B N4 C 17 B C 1299 1_555 B O4 U 36 B U 1318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-U MISPAIR' hydrog35 B N3 U 18 B U 1300 1_555 B O4 U 33 B U 1315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-U MISPAIR' hydrog36 B O4 U 19 B U 1301 1_555 B N3 U 32 B U 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B N3 C 20 B C 1302 1_555 B N1 G 31 B G 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N4 C 20 B C 1302 1_555 B O6 G 31 B G 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B O2 C 20 B C 1302 1_555 B N2 G 31 B G 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N3 C 21 B C 1303 1_555 B N1 G 31 B G 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N4 C 21 B C 1303 1_555 B O6 G 31 B G 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B O2 C 21 B C 1303 1_555 B N2 G 31 B G 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog43 B N3 U 22 B U 1304 1_555 B O4 U 29 B U 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog44 B O2 U 22 B U 1304 1_555 B N3 U 29 B U 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 B N1 A 40 B A 1324 1_555 B N3 U 56 B U 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 B N6 A 40 B A 1324 1_555 B O4 U 56 B U 1340 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 B N3 U 41 B U 1325 1_555 B N1 A 55 B A 1339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B O4 U 41 B U 1325 1_555 B N6 A 55 B A 1339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 B N1 G 42 B G 1326 1_555 B N3 C 54 B C 1338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 B N2 G 42 B G 1326 1_555 B O2 C 54 B C 1338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B O6 G 42 B G 1326 1_555 B N4 C 54 B C 1338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog52 B N3 U 43 B U 1327 1_555 B O6 G 53 B G 1337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog53 B O2 U 43 B U 1327 1_555 B N1 G 53 B G 1337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog54 B N3 U 44 B U 1328 1_555 B O6 G 52 B G 1336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog55 B O2 U 44 B U 1328 1_555 B N1 G 52 B G 1336 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'K 1' _chem_comp.formula_weight 39.098 _chem_comp.id K _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'POTASSIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6ZDP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010516 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004957 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007203 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 K A 1 901 3 K K . D 3 K B 1 1401 1 K K . E 3 K B 1 1402 2 K K . F 3 K B 1 1403 4 K K . G 4 HOH A 1 1001 3 HOH HOH . G 4 HOH A 2 1002 2 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol K _atom_site.label_atom_id K _atom_site.label_comp_id K _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -43.878 _atom_site.Cartn_y 69.368 _atom_site.Cartn_z 75.578 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.95 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id K _atom_site.auth_comp_id K _atom_site.auth_seq_id 1401 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 345 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #