data_6ZHH # _model_server_result.job_id eH3F80cdmze2mMnh7RE9Dg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 18:53:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zhh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":1001}' # _entry.id 6ZHH # _exptl.entry_id 6ZHH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 66.007 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 91.94 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZHH _cell.length_a 74.062 _cell.length_b 188.499 _cell.length_c 350.007 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZHH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 ? monomeric 1 author_defined_assembly 5 ? monomeric 1 author_defined_assembly 6 ? monomeric 1 author_defined_assembly 7 ? monomeric 1 author_defined_assembly 8 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,I,J,K,L,UA 1 1 B,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,VA 2 1 C,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,WA 3 1 D,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,XA 4 1 E,MA,NA,YA 5 1 F,OA,PA,ZA 6 1 G,QA,RA,AB 7 1 H,SA,TA,BB 8 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 I N N ? 2 M N N ? 2 V N N ? 2 DA N N ? 2 MA N N ? 2 OA N N ? 2 QA N N ? 2 SA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 D O ALA 852 D ALA 847 1_555 FA C8 PCW . D PCW 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.379 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 339 A ASP 334 1_555 I BE BEF . A BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.476 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 339 A ASP 334 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc3 A O THR 341 A THR 336 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 628 A ASP 623 1_555 J MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc5 J MG MG . A MG 1002 1_555 UA O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc6 J MG MG . A MG 1002 1_555 UA O HOH . A HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 339 B ASP 334 1_555 M BE BEF . B BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 339 B ASP 334 1_555 N MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.973 ? metalc ? metalc9 B O THR 341 B THR 336 1_555 N MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 628 B ASP 623 1_555 N MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc11 N MG MG . B MG 1002 1_555 VA O HOH . B HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc12 N MG MG . B MG 1002 1_555 VA O HOH . B HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASP 339 C ASP 334 1_555 V BE BEF . C BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? metalc ? metalc14 C OD2 ASP 339 C ASP 334 1_555 W MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.877 ? metalc ? metalc15 C O THR 341 C THR 336 1_555 W MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc16 C OD1 ASP 628 C ASP 623 1_555 W MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc17 W MG MG . C MG 1002 1_555 WA O HOH . C HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc18 W MG MG . C MG 1002 1_555 WA O HOH . C HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc19 D OD1 ASP 339 D ASP 334 1_555 DA BE BEF . D BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? metalc ? metalc20 D OD2 ASP 339 D ASP 334 1_555 EA MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc21 D O THR 341 D THR 336 1_555 EA MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc22 D OD1 ASP 628 D ASP 623 1_555 EA MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc23 EA MG MG . D MG 1002 1_555 XA O HOH . D HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc24 EA MG MG . D MG 1002 1_555 XA O HOH . D HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc25 E OD1 ASP 339 E ASP 334 1_555 MA BE BEF . E BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? metalc ? metalc26 E OD2 ASP 339 E ASP 334 1_555 NA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.773 ? metalc ? metalc27 E O THR 341 E THR 336 1_555 NA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc28 E OD1 ASP 628 E ASP 623 1_555 NA MG MG . E MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc29 NA MG MG . E MG 1002 1_555 YA O HOH . E HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc30 NA MG MG . E MG 1002 1_555 YA O HOH . E HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? metalc ? metalc31 F OD1 ASP 339 F ASP 334 1_555 OA BE BEF . F BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? metalc ? metalc32 F OD2 ASP 339 F ASP 334 1_555 PA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.855 ? metalc ? metalc33 F O THR 341 F THR 336 1_555 PA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc34 F OD1 ASP 628 F ASP 623 1_555 PA MG MG . F MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc35 PA MG MG . F MG 1002 1_555 ZA O HOH . F HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc36 PA MG MG . F MG 1002 1_555 ZA O HOH . F HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc37 G OD1 ASP 339 G ASP 334 1_555 QA BE BEF . G BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? metalc ? metalc38 G OD2 ASP 339 G ASP 334 1_555 RA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc39 G O THR 341 G THR 336 1_555 RA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? metalc ? metalc40 G OD1 ASP 628 G ASP 623 1_555 RA MG MG . G MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? metalc ? metalc41 RA MG MG . G MG 1002 1_555 AB O HOH . G HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.444 ? metalc ? metalc42 RA MG MG . G MG 1002 1_555 AB O HOH . G HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc43 H OD1 ASP 339 H ASP 334 1_555 SA BE BEF . H BEF 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? metalc ? metalc44 H OD2 ASP 339 H ASP 334 1_555 TA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.782 ? metalc ? metalc45 H O THR 341 H THR 336 1_555 TA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc46 H OD1 ASP 628 H ASP 623 1_555 TA MG MG . H MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc47 TA MG MG . H MG 1002 1_555 BB O HOH . H HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc48 TA MG MG . H MG 1002 1_555 BB O HOH . H HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? # _chem_comp.formula 'Be F3 -1' _chem_comp.formula_weight 66.007 _chem_comp.id BEF _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag BE F1 BEF sing 70 n n BE F2 BEF sing 71 n n BE F3 BEF sing 72 n n # _atom_sites.entry_id 6ZHH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013502 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000457 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005305 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002859 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 BEF A 1 1001 1 BEF BEF . J 3 MG A 1 1002 2 MG MG . K 4 PCW A 1 1003 1 PCW PCW . L 4 PCW A 1 1004 2 PCW PCW . M 2 BEF B 1 1001 5 BEF BEF . N 3 MG B 1 1002 6 MG MG . O 4 PCW B 1 1003 100 PCW PCW . P 4 PCW B 1 1004 101 PCW PCW . Q 4 PCW B 1 1005 102 PCW PCW . R 4 PCW B 1 1006 103 PCW PCW . S 4 PCW B 1 1007 104 PCW PCW . T 4 PCW B 1 1008 105 PCW PCW . U 4 PCW B 1 1009 201 PCW PCW . V 2 BEF C 1 1001 9 BEF BEF . W 3 MG C 1 1002 10 MG MG . X 4 PCW C 1 1003 200 PCW PCW . Y 4 PCW C 1 1004 202 PCW PCW . Z 4 PCW C 1 1005 203 PCW PCW . AA 4 PCW C 1 1006 204 PCW PCW . BA 5 CE1 C 1 1007 205 CE1 CE1 . CA 4 PCW C 1 1008 301 PCW PCW . DA 2 BEF D 1 1001 13 BEF BEF . EA 3 MG D 1 1002 14 MG MG . FA 4 PCW D 1 1003 300 PCW PCW . GA 5 CE1 D 1 1004 302 CE1 CE1 . HA 5 CE1 D 1 1005 303 CE1 CE1 . IA 5 CE1 D 1 1006 304 CE1 CE1 . JA 5 CE1 D 1 1007 305 CE1 CE1 . KA 5 CE1 D 1 1008 306 CE1 CE1 . LA 5 CE1 D 1 1009 307 CE1 CE1 . MA 2 BEF E 1 1001 17 BEF BEF . NA 3 MG E 1 1002 18 MG MG . OA 2 BEF F 1 1001 21 BEF BEF . PA 3 MG F 1 1002 22 MG MG . QA 2 BEF G 1 1001 25 BEF BEF . RA 3 MG G 1 1002 26 MG MG . SA 2 BEF H 1 1001 29 BEF BEF . TA 3 MG H 1 1002 30 MG MG . UA 6 HOH A 1 1101 3 HOH HOH . UA 6 HOH A 2 1102 4 HOH HOH . VA 6 HOH B 1 1101 8 HOH HOH . VA 6 HOH B 2 1102 7 HOH HOH . WA 6 HOH C 1 1101 11 HOH HOH . WA 6 HOH C 2 1102 12 HOH HOH . XA 6 HOH D 1 1101 15 HOH HOH . XA 6 HOH D 2 1102 16 HOH HOH . YA 6 HOH E 1 1101 19 HOH HOH . YA 6 HOH E 2 1102 20 HOH HOH . ZA 6 HOH F 1 1101 23 HOH HOH . ZA 6 HOH F 2 1102 24 HOH HOH . AB 6 HOH G 1 1101 28 HOH HOH . AB 6 HOH G 2 1102 27 HOH HOH . BB 6 HOH H 1 1101 32 HOH HOH . BB 6 HOH H 2 1102 31 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 BE BE BEF . . . V 2 30.706 31.768 48.699 1 84.23 ? BE BEF 1001 C 1 HETATM 2 F F1 BEF . . . V 2 29.229 31.366 48.741 1 86.77 ? F1 BEF 1001 C 1 HETATM 3 F F2 BEF . . . V 2 30.983 32.636 49.96 1 84.3 ? F2 BEF 1001 C 1 HETATM 4 F F3 BEF . . . V 2 31.636 30.518 48.775 1 86.69 ? F3 BEF 1001 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 102 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 244 _model_server_stats.query_time_ms 360 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 4 #