data_6ZIX # _model_server_result.job_id 3Do4Dr_ZCwR4SF6KDd1phQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 19:01:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zix # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":302}' # _entry.id 6ZIX # _exptl.entry_id 6ZIX _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 66.007 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6ZIX _cell.length_a 183.22 _cell.length_b 183.22 _cell.length_c 84.143 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZIX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 F N N ? 5 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 11 B ASP 11 1_555 E MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 56 B ASP 56 1_555 E MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc3 A O SER 58 B SER 58 1_555 E MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc4 B OD1 ASP 11 A ASP 11 1_555 G MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 11 A ASP 11 1_555 G MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 56 A ASP 56 1_555 G MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 2 E DG 2 1_555 D N3 DC 22 F DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 2 E DG 2 1_555 D O2 DC 22 F DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 2 E DG 2 1_555 D N4 DC 22 F DC 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N1 DA 3 E DA 3 1_555 D N3 DT 21 F DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N6 DA 3 E DA 3 1_555 D O4 DT 21 F DT 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N1 DA 4 E DA 4 1_555 D N3 DT 20 F DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N6 DA 4 E DA 4 1_555 D O4 DT 20 F DT 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N3 DT 5 E DT 5 1_555 D N1 DA 19 F DA 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C O4 DT 5 E DT 5 1_555 D N6 DA 19 F DA 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N3 DT 6 E DT 6 1_555 D N1 DA 18 F DA 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C O4 DT 6 E DT 6 1_555 D N6 DA 18 F DA 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N1 DA 7 E DA 7 1_555 D N3 DT 17 F DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N6 DA 7 E DA 7 1_555 D O4 DT 17 F DT 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N1 DG 8 E DG 8 1_555 D N3 DC 16 F DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N2 DG 8 E DG 8 1_555 D O2 DC 16 F DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O6 DG 8 E DG 8 1_555 D N4 DC 16 F DC 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N1 DG 9 E DG 9 1_555 D N3 DC 15 F DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N2 DG 9 E DG 9 1_555 D O2 DC 15 F DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O6 DG 9 E DG 9 1_555 D N4 DC 15 F DC 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N1 DA 10 E DA 10 1_555 D N3 DT 14 F DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N6 DA 10 E DA 10 1_555 D O4 DT 14 F DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N1 DA 11 E DA 11 1_555 D N3 DT 13 F DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N6 DA 11 E DA 11 1_555 D O4 DT 13 F DT 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N1 DA 12 E DA 12 1_555 D N3 DT 12 F DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N6 DA 12 E DA 12 1_555 D O4 DT 12 F DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C N1 DA 13 E DA 13 1_555 D N3 DT 11 F DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N6 DA 13 E DA 13 1_555 D O4 DT 11 F DT 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N1 DA 14 E DA 14 1_555 D N3 DT 10 F DT 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C N6 DA 14 E DA 14 1_555 D O4 DT 10 F DT 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N3 DT 15 E DT 15 1_555 D N1 DA 9 F DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C O4 DT 15 E DT 15 1_555 D N6 DA 9 F DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C N3 DC 16 E DC 16 1_555 D N1 DG 8 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N4 DC 16 E DC 16 1_555 D O6 DG 8 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C O2 DC 16 E DC 16 1_555 D N2 DG 8 F DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C N3 DT 17 E DT 17 1_555 D N1 DA 7 F DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C O4 DT 17 E DT 17 1_555 D N6 DA 7 F DA 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N3 DT 18 E DT 18 1_555 D N1 DA 6 F DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O4 DT 18 E DT 18 1_555 D N6 DA 6 F DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N1 DA 19 E DA 19 1_555 D N3 DT 5 F DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N6 DA 19 E DA 19 1_555 D O4 DT 5 F DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog41 C O6 DG 20 E DG 20 1_555 D N4 DC 3 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog42 C O6 DG 20 E DG 20 1_555 D N4 DC 4 F DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DG MISPAIR' hydrog43 C N1 DG 21 E DG 21 1_555 D O6 DG 2 F DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog44 C N2 DG 21 E DG 21 1_555 D O2 DC 3 F DC 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Be F3 -1' _chem_comp.formula_weight 66.007 _chem_comp.id BEF _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag BE F1 BEF sing 70 n n BE F2 BEF sing 71 n n BE F3 BEF sing 72 n n # _atom_sites.entry_id 6ZIX _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005458 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003151 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006302 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011885 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 4 MG B 1 301 1 MG MG . F 5 BEF B 1 302 2 BEF BFD . G 4 MG A 1 301 2 MG MG . H 5 BEF A 1 302 1 BEF BFD . I 6 HOH B 1 401 2 HOH HOH . J 6 HOH A 1 401 1 HOH HOH . J 6 HOH A 2 402 3 HOH HOH . J 6 HOH A 3 403 5 HOH HOH . J 6 HOH A 4 404 4 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 BE BE BEF . . . F 5 289.623 132.155 -10.604 1 176 ? BE BEF 302 B 1 HETATM 2 F F1 BEF . . . F 5 289.387 132.644 -12.007 1 177.59 ? F1 BEF 302 B 1 HETATM 3 F F2 BEF . . . F 5 290.991 131.515 -10.504 1 168.8 ? F2 BEF 302 B 1 HETATM 4 F F3 BEF . . . F 5 289.388 133.095 -9.453 1 172.22 ? F3 BEF 302 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 289 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 4 #