data_6ZKJ
#
_model_server_result.job_id            eEQQYIijHB0J7KFoH39LmA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 10:22:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6zkj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"TA","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6ZKJ 
#
_exptl.entry_id    6ZKJ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          45 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6ZKJ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6ZKJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    45-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      45 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 45 TA N N 
? 45 XA N N 
? 45 YA N N 
? 45 CB N N 
? 45 HB N N 
? 45 IB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 O SG CYS 95 V CYS 94 1_555 O SG CYS 115 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf2 S SG CYS 112 Z CYS 112 1_555 S SG CYS 124 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf3 EA SG CYS 33 l CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf4 EA SG CYS 43 l CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf5 LA SG CYS 69 s CYS 68 1_555 LA SG CYS 80 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
covale ? covale1 D C HIS 117 4 HIS 84 1_555 D N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale2 D C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 D N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale3 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale4 L C FME 1 L FME 1 1_555 L N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale5 M C FME 1 M FME 1 1_555 M N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale6 O C AYA 2 V AYA 1 1_555 O N LYS 3 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale7 Q OG SER 113 X SER 44 1_555 ZB P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? 
covale ? covale8 AA C AYA 3 h AYA 1 1_555 AA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 DA C LYS 70 k LYS 35 1_555 DA N SEP 71 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale10 DA C SEP 71 k SEP 36 1_555 DA N LYS 72 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale11 LA CA GLY 2 s GLY 1 1_555 KC C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 132 2 CYS 103 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 137 2 CYS 108 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 173 2 CYS 144 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 177 2 CYS 148 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc6 C SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc7 C SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc8 C SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc10 C NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 XA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.858 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 XA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc13 C OE1 GLN 133 3 GLN 110 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 XA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 YA FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 YA FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 YA FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc18 C O ILE 223 3 ILE 200 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 YA FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc20 C O CYS 226 3 CYS 203 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? 
metalc ? metalc21 C O VAL 228 3 VAL 205 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? 
metalc ? metalc22 C O LEU 231 3 LEU 208 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? 
metalc ? metalc23 F SG CYS 98 6 CYS 54 1_555 CB FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 IB FE3 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc25 G SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 IB FE4 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc26 G SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 IB FE2 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc27 G SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 HB FE4 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc28 G SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 HB FE2 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc29 G SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 HB FE3 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc30 G SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 IB FE1 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc31 U SG CYS 87 b CYS 59 1_555 BC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc32 U NE2 HIS 96 b HIS 68 1_555 BC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc33 U SG CYS 112 b CYS 84 1_555 BC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc34 U SG CYS 115 b CYS 87 1_555 BC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6ZKJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
TA 45 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . 
UA 46 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . 
VA 47 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . 
WA 48 FES 2 1 300 300 FES FES . 
XA 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . 
YA 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . 
ZA 48 FES 3 1 803 803 FES FES . 
AB 49 K 3 1 804 901 K K . 
BB 50 3PE 4 1 501 903 3PE 3PE . 
CB 45 SF4 6 1 201 300 SF4 SF4 . 
DB 51 PC1 6 1 202 401 PC1 PC1 . 
EB 52 DCQ 6 1 203 501 DCQ DCQ . 
FB 50 3PE 6 1 204 501 3PE 3PE . 
GB 51 PC1 9 1 401 401 PC1 PC1 . 
HB 45 SF4 9 1 402 502 SF4 SF4 . 
IB 45 SF4 9 1 403 503 SF4 SF4 . 
JB 51 PC1 A 1 201 201 PC1 PC1 . 
KB 50 3PE A 1 202 101 3PE 3PE . 
LB 50 3PE J 1 201 505 3PE 3PE . 
MB 50 3PE K 1 101 101 3PE 3PE . 
NB 50 3PE L 1 1001 1001 3PE 3PE . 
OB 51 PC1 L 1 1002 701 PC1 PC1 . 
PB 53 CDL L 1 1003 501 CDL CDL . 
QB 50 3PE L 1 1004 202 3PE 3PE . 
RB 50 3PE M 1 501 702 3PE 3PE . 
SB 51 PC1 M 1 502 603 PC1 PC1 . 
TB 50 3PE N 1 401 401 3PE 3PE . 
UB 50 3PE V 1 201 102 3PE 3PE . 
VB 50 3PE V 1 202 400 3PE 3PE . 
WB 53 CDL V 1 203 501 CDL CDL . 
XB 53 CDL V 1 204 502 CDL CDL . 
YB 53 CDL W 1 201 502 CDL CDL . 
ZB 54 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . 
AC 53 CDL Y 1 201 201 CDL CDL . 
BC 55 ZN b 1 300 300 ZN ZN . 
CC 56 NDP d 1 401 401 NDP NDP . 
DC 54 ZMP g 1 201 101 ZMP ZMP . 
EC 50 3PE i 1 201 502 3PE 3PE . 
FC 57 AMP k 1 501 501 AMP AMP . 
GC 50 3PE o 1 501 501 3PE 3PE . 
HC 53 CDL o 1 502 502 CDL CDL . 
IC 53 CDL o 1 503 503 CDL CDL . 
JC 50 3PE p 1 201 201 3PE 3PE . 
KC 58 MYR s 1 201 201 MYR MYR . 
LC 51 PC1 w 1 801 801 PC1 PC1 . 
MC 53 CDL z 1 101 503 CDL CDL . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . TA 45 102.548 51.354 238.733 1 21.43 ? FE1 SF4 501 1 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . TA 45 104.177 51.56 236.566 1 36.99 ? FE2 SF4 501 1 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . TA 45 105.257 50.966 238.703 1 26.75 ? FE3 SF4 501 1 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . TA 45 103.998 49.247 237.567 1 31.53 ? FE4 SF4 501 1 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . TA 45 105.966 50.092 236.655 1 57.33 ? S1 SF4 501 1 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . TA 45 103.629 49.66 239.8 1 19.27 ? S2 SF4 501 1 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . TA 45 102.18 50.44 236.679 1 31.75 ? S3 SF4 501 1 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . TA 45 104.142 52.965 238.456 1 62.58 ? S4 SF4 501 1 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              30 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    98 
_model_server_stats.query_time_ms           301 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           8 
#