data_6ZKL # _model_server_result.job_id KqrZX7tRC0jJu1NVvy_GTQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 13:53:33' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zkl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KB","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6ZKL # _exptl.entry_id 6ZKL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 394.417 _entity.id 50 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "(2R,6aS,12aS)-8,9-dimethoxy-2-(prop-1-en-2-yl)-1,2,12,12a-tetrahydrofuro[2',3':7,8][1]benzopyrano[2,3-c][1]benzopyran-6(6aH)-one" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZKL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZKL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 50 BB N N ? 50 KB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 O SG CYS 95 V CYS 94 1_555 O SG CYS 115 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf2 S SG CYS 112 Z CYS 112 1_555 S SG CYS 124 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 EA SG CYS 33 l CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 EA SG CYS 43 l CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf5 LA SG CYS 69 s CYS 68 1_555 LA SG CYS 80 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? covale ? covale1 D C HIS 117 4 HIS 84 1_555 D N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale2 D C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 D N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale3 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale4 L C FME 1 L FME 1 1_555 L N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale5 M C FME 1 M FME 1 1_555 M N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale6 O C AYA 2 V AYA 1 1_555 O N LYS 3 V LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale7 Q OG SER 113 X SER 44 1_555 AC P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? covale ? covale8 AA C AYA 3 h AYA 1 1_555 AA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale9 DA C LYS 70 k LYS 35 1_555 DA N SEP 71 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale10 DA C SEP 71 k SEP 36 1_555 DA N LYS 72 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale11 LA CA GLY 2 s GLY 1 1_555 MC C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 132 2 CYS 103 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 137 2 CYS 108 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 173 2 CYS 144 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 177 2 CYS 148 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc10 C NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 XA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 XA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc13 C OE1 GLN 133 3 GLN 110 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 XA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 YA FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 YA FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 YA FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc18 C O ILE 223 3 ILE 200 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 YA FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc20 C O CYS 226 3 CYS 203 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? metalc ? metalc21 C O VAL 228 3 VAL 205 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? metalc ? metalc22 C O LEU 231 3 LEU 208 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 98 6 CYS 54 1_555 CB FE4 SF4 . 6 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 GB FE3 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 GB FE4 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 GB FE2 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 FB FE4 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 FB FE2 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 160 9 CYS 119 1_555 FB FE1 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 FB FE3 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 GB FE1 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc32 U SG CYS 87 b CYS 59 1_555 CC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc33 U NE2 HIS 96 b HIS 68 1_555 CC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc34 U SG CYS 112 b CYS 84 1_555 CC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc35 U SG CYS 115 b CYS 87 1_555 CC ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? # _chem_comp.formula 'C23 H22 O6' _chem_comp.formula_weight 394.417 _chem_comp.id 970 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "(2R,6aS,12aS)-8,9-dimethoxy-2-(prop-1-en-2-yl)-1,2,12,12a-tetrahydrofuro[2',3':7,8][1]benzopyrano[2,3-c][1]benzopyran-6(6aH)-one" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6ZKL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . UA 46 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . VA 47 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . WA 48 FES 2 1 300 300 FES FES . XA 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . YA 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . ZA 48 FES 3 1 803 803 FES FES . AB 49 K 3 1 804 901 K K . BB 50 970 6 1 501 501 970 ROT . CB 45 SF4 6 1 502 300 SF4 SF4 . DB 51 3PE 6 1 503 501 3PE 3PE . EB 52 PC1 9 1 401 401 PC1 PC1 . FB 45 SF4 9 1 402 502 SF4 SF4 . GB 45 SF4 9 1 403 503 SF4 SF4 . HB 52 PC1 A 1 401 401 PC1 PC1 . IB 52 PC1 A 1 402 201 PC1 PC1 . JB 51 3PE A 1 403 101 3PE 3PE . KB 50 970 H 1 501 501 970 ROT . LB 51 3PE J 1 201 505 3PE 3PE . MB 51 3PE K 1 101 101 3PE 3PE . NB 51 3PE L 1 701 903 3PE 3PE . OB 51 3PE L 1 702 1001 3PE 3PE . PB 52 PC1 L 1 703 701 PC1 PC1 . QB 53 CDL L 1 704 501 CDL CDL . RB 51 3PE L 1 705 202 3PE 3PE . SB 51 3PE M 1 501 702 3PE 3PE . TB 52 PC1 M 1 502 603 PC1 PC1 . UB 51 3PE N 1 401 401 3PE 3PE . VB 51 3PE V 1 201 102 3PE 3PE . WB 51 3PE V 1 202 400 3PE 3PE . XB 53 CDL V 1 203 501 CDL CDL . YB 53 CDL V 1 204 502 CDL CDL . ZB 53 CDL W 1 201 502 CDL CDL . AC 54 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . BC 53 CDL Y 1 201 201 CDL CDL . CC 55 ZN b 1 300 300 ZN ZN . DC 56 NDP d 1 401 401 NDP NDP . EC 54 ZMP g 1 201 101 ZMP ZMP . FC 51 3PE i 1 201 502 3PE 3PE . GC 53 CDL i 1 202 503 CDL CDL . HC 57 AMP k 1 501 501 AMP AMP . IC 51 3PE l 1 501 501 3PE 3PE . JC 53 CDL o 1 201 502 CDL CDL . KC 53 CDL o 1 202 503 CDL CDL . LC 51 3PE p 1 201 201 3PE 3PE . MC 58 MYR s 1 201 201 MYR MYR . NC 52 PC1 w 1 801 801 PC1 PC1 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C10 970 . . . KB 50 68.605 118.641 193.665 1 56.32 ? C10 970 501 H 1 HETATM 2 C C15 970 . . . KB 50 67.307 115.814 197.226 1 60.32 ? C15 970 501 H 1 HETATM 3 C C17 970 . . . KB 50 66.992 113.654 196.185 1 79.32 ? C17 970 501 H 1 HETATM 4 C C20 970 . . . KB 50 66.416 112.062 193.998 1 100.03 ? C20 970 501 H 1 HETATM 5 C C21 970 . . . KB 50 66.3 113.433 193.898 1 88.98 ? C21 970 501 H 1 HETATM 6 C C22 970 . . . KB 50 66.584 114.255 194.992 1 77.27 ? C22 970 501 H 1 HETATM 7 C C24 970 . . . KB 50 67.517 116.45 194.096 1 70.75 ? C24 970 501 H 1 HETATM 8 C C01 970 . . . KB 50 65.929 124.348 196.794 1 87.17 ? C01 970 501 H 1 HETATM 9 C C02 970 . . . KB 50 66.047 123.145 195.939 1 78.7 ? C02 970 501 H 1 HETATM 10 C C03 970 . . . KB 50 65.293 122.984 194.859 1 83.08 ? C03 970 501 H 1 HETATM 11 C C04 970 . . . KB 50 67.068 122.125 196.335 1 69.67 ? C04 970 501 H 1 HETATM 12 C C05 970 . . . KB 50 66.501 120.743 196.729 1 68.56 ? C05 970 501 H 1 HETATM 13 C C06 970 . . . KB 50 67.168 119.827 195.733 1 62.08 ? C06 970 501 H 1 HETATM 14 C C07 970 . . . KB 50 67.998 120.569 194.927 1 61.2 ? C07 970 501 H 1 HETATM 15 O O08 970 . . . KB 50 68 121.9 195.219 1 58.72 ? O08 970 501 H 1 HETATM 16 C C09 970 . . . KB 50 68.732 120.003 193.893 1 63.49 ? C09 970 501 H 1 HETATM 17 C C11 970 . . . KB 50 67.761 117.856 194.451 1 57.29 ? C11 970 501 H 1 HETATM 18 C C12 970 . . . KB 50 67.061 118.462 195.498 1 56.13 ? C12 970 501 H 1 HETATM 19 O O13 970 . . . KB 50 66.239 117.76 196.349 1 56.59 ? O13 970 501 H 1 HETATM 20 C C14 970 . . . KB 50 66.224 116.318 196.301 1 57.51 ? C14 970 501 H 1 HETATM 21 O O16 970 . . . KB 50 67.286 114.377 197.314 1 75.59 ? O16 970 501 H 1 HETATM 22 C C18 970 . . . KB 50 67.099 112.288 196.301 1 90.76 ? C18 970 501 H 1 HETATM 23 C C19 970 . . . KB 50 66.809 111.48 195.214 1 99.82 ? C19 970 501 H 1 HETATM 24 C C23 970 . . . KB 50 66.417 115.763 194.894 1 66.13 ? C23 970 501 H 1 HETATM 25 O O25 970 . . . KB 50 68.148 115.889 193.212 1 77.5 ? O25 970 501 H 1 HETATM 26 O O26 970 . . . KB 50 66.178 111.184 192.981 1 105.28 ? O26 970 501 H 1 HETATM 27 C C27 970 . . . KB 50 65.791 111.721 191.716 1 107.87 ? C27 970 501 H 1 HETATM 28 O O28 970 . . . KB 50 66.86 110.111 195.219 1 104.57 ? O28 970 501 H 1 HETATM 29 C C29 970 . . . KB 50 67.208 109.465 196.438 1 103.12 ? C29 970 501 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 75 _model_server_stats.query_time_ms 224 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 29 #