data_6ZKM # _model_server_result.job_id JOH4uME3tv4M5kNr94RMlw _model_server_result.datetime_utc '2025-09-01 02:13:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zkm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"FC","auth_seq_id":201}' # _entry.id 6ZKM # _exptl.entry_id 6ZKM _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 228.371 _entity.id 58 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MYRISTIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZKM _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZKM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 58 _struct_asym.id FC _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 S SG CYS 112 Z CYS 112 1_555 S SG CYS 124 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf2 EA SG CYS 33 l CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf3 EA SG CYS 43 l CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf4 LA SG CYS 69 s CYS 68 1_555 LA SG CYS 80 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? covale ? covale1 D C HIS 117 4 HIS 84 1_555 D N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale2 D C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 D N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale4 L C FME 1 L FME 1 1_555 L N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale5 M C FME 1 M FME 1 1_555 M N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale6 Q OG SER 113 X SER 44 1_555 VB P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? covale ? covale7 AA C AYA 3 h AYA 1 1_555 AA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale8 DA C LYS 70 k LYS 35 1_555 DA N SEP 71 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale9 DA C SEP 71 k SEP 36 1_555 DA N LYS 72 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale10 LA CA GLY 2 s GLY 1 1_555 FC C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . 1 SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 132 2 CYS 103 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 137 2 CYS 108 1_555 WA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 173 2 CYS 144 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 177 2 CYS 148 1_555 WA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 ZA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 ZA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc10 C NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 XA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 XA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 XA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc13 C OE1 GLN 133 3 GLN 110 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 XA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 YA FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 YA FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 YA FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc18 C O ILE 223 3 ILE 200 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 YA FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc20 C O CYS 226 3 CYS 203 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc21 C O VAL 228 3 VAL 205 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? metalc ? metalc22 C O LEU 231 3 LEU 208 1_555 AB K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 98 6 CYS 54 1_555 CB FE4 SF4 . 6 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 GB FE3 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 GB FE4 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 GB FE2 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 FB FE4 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 FB FE2 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 FB FE3 SF4 . 9 SF4 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 GB FE1 SF4 . 9 SF4 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc31 U SG CYS 87 b CYS 59 1_555 WB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc32 U NE2 HIS 96 b HIS 68 1_555 WB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc33 U SG CYS 112 b CYS 84 1_555 WB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc34 U SG CYS 115 b CYS 87 1_555 WB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? # _chem_comp.formula 'C14 H28 O2' _chem_comp.formula_weight 228.371 _chem_comp.id MYR _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MYRISTIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 MYR doub 843 n n C1 O2 MYR sing 844 n n C1 C2 MYR sing 845 n n O2 HO2 MYR sing 846 n n C2 C3 MYR sing 847 n n C2 H21 MYR sing 848 n n C2 H22 MYR sing 849 n n C3 C4 MYR sing 850 n n C3 H31 MYR sing 851 n n C3 H32 MYR sing 852 n n C4 C5 MYR sing 853 n n C4 H41 MYR sing 854 n n C4 H42 MYR sing 855 n n C5 C6 MYR sing 856 n n C5 H51 MYR sing 857 n n C5 H52 MYR sing 858 n n C6 C7 MYR sing 859 n n C6 H61 MYR sing 860 n n C6 H62 MYR sing 861 n n C7 C8 MYR sing 862 n n C7 H71 MYR sing 863 n n C7 H72 MYR sing 864 n n C8 C9 MYR sing 865 n n C8 H81 MYR sing 866 n n C8 H82 MYR sing 867 n n C9 C10 MYR sing 868 n n C9 H91 MYR sing 869 n n C9 H92 MYR sing 870 n n C10 C11 MYR sing 871 n n C10 H101 MYR sing 872 n n C10 H102 MYR sing 873 n n C11 C12 MYR sing 874 n n C11 H111 MYR sing 875 n n C11 H112 MYR sing 876 n n C12 C13 MYR sing 877 n n C12 H121 MYR sing 878 n n C12 H122 MYR sing 879 n n C13 C14 MYR sing 880 n n C13 H131 MYR sing 881 n n C13 H132 MYR sing 882 n n C14 H141 MYR sing 883 n n C14 H142 MYR sing 884 n n C14 H143 MYR sing 885 n n # _atom_sites.entry_id 6ZKM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 1 1 501 500 SF4 SF4 . UA 46 FMN 1 1 502 501 FMN FMN . VA 47 NAI 1 1 503 701 NAI NAI . WA 48 FES 2 1 300 300 FES FES . XA 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . YA 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . ZA 48 FES 3 1 803 803 FES FES . AB 49 K 3 1 804 901 K K . BB 50 970 6 1 501 501 970 ROT . CB 45 SF4 6 1 502 300 SF4 SF4 . DB 51 3PE 6 1 503 501 3PE 3PE . EB 52 PC1 9 1 401 401 PC1 PC1 . FB 45 SF4 9 1 402 502 SF4 SF4 . GB 45 SF4 9 1 403 503 SF4 SF4 . HB 52 PC1 A 1 401 401 PC1 PC1 . IB 52 PC1 A 1 402 201 PC1 PC1 . JB 51 3PE A 1 403 101 3PE 3PE . KB 50 970 H 1 501 501 970 ROT . LB 51 3PE H 1 502 505 3PE 3PE . MB 51 3PE L 1 1001 1001 3PE 3PE . NB 52 PC1 L 1 1002 701 PC1 PC1 . OB 53 CDL L 1 1003 501 CDL CDL . PB 51 3PE L 1 1004 202 3PE 3PE . QB 50 970 M 1 601 601 970 ROT . RB 51 3PE M 1 602 702 3PE 3PE . SB 52 PC1 M 1 603 603 PC1 PC1 . TB 51 3PE N 1 401 401 3PE 3PE . UB 53 CDL W 1 201 502 CDL CDL . VB 54 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . WB 55 ZN b 1 300 300 ZN ZN . XB 56 NDP d 1 401 401 NDP NDP . YB 54 ZMP g 1 201 101 ZMP ZMP . ZB 53 CDL h 1 201 503 CDL CDL . AC 51 3PE i 1 201 502 3PE 3PE . BC 57 AMP k 1 501 501 AMP AMP . CC 51 3PE o 1 501 501 3PE 3PE . DC 53 CDL o 1 502 502 CDL CDL . EC 53 CDL o 1 503 503 CDL CDL . FC 58 MYR s 1 201 201 MYR MYR . GC 52 PC1 w 1 801 801 PC1 PC1 . HC 53 CDL y 1 201 201 CDL CDL . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 MYR . . . FC 58 112.547 148.901 44.329 1 93.6 ? C1 MYR 201 s 1 HETATM 2 O O1 MYR . . . FC 58 113.555 148.281 44.588 1 88.09 ? O1 MYR 201 s 1 HETATM 3 C C2 MYR . . . FC 58 111.253 148.26 43.918 1 93.46 ? C2 MYR 201 s 1 HETATM 4 C C3 MYR . . . FC 58 111.192 146.75 44.117 1 97.85 ? C3 MYR 201 s 1 HETATM 5 C C4 MYR . . . FC 58 110.476 146.321 45.394 1 89.1 ? C4 MYR 201 s 1 HETATM 6 C C5 MYR . . . FC 58 111.209 146.641 46.689 1 90.07 ? C5 MYR 201 s 1 HETATM 7 C C6 MYR . . . FC 58 112.605 146.043 46.793 1 96.58 ? C6 MYR 201 s 1 HETATM 8 C C7 MYR . . . FC 58 112.657 144.522 46.763 1 106.87 ? C7 MYR 201 s 1 HETATM 9 C C8 MYR . . . FC 58 114.075 143.96 46.803 1 106.31 ? C8 MYR 201 s 1 HETATM 10 C C9 MYR . . . FC 58 114.135 142.441 46.782 1 103.31 ? C9 MYR 201 s 1 HETATM 11 C C10 MYR . . . FC 58 113.554 141.821 45.52 1 99.59 ? C10 MYR 201 s 1 HETATM 12 C C11 MYR . . . FC 58 114.534 141.726 44.362 1 102.54 ? C11 MYR 201 s 1 HETATM 13 C C12 MYR . . . FC 58 115.679 140.758 44.617 1 100.26 ? C12 MYR 201 s 1 HETATM 14 C C13 MYR . . . FC 58 116.513 140.445 43.387 1 100.05 ? C13 MYR 201 s 1 HETATM 15 C C14 MYR . . . FC 58 117.582 139.405 43.641 1 101.11 ? C14 MYR 201 s 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 175 _model_server_stats.query_time_ms 319 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 15 #