data_6ZKT # _model_server_result.job_id Ky3m5XOoFLp60hAB1cBU7A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:38:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zkt # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"MB","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6ZKT # _exptl.entry_id 6ZKT _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 790.145 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZKT _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZKT _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 45-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 45 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 49 BB N N ? 49 FB N N ? 49 GB N N ? 49 JB N N ? 49 MB N N ? 49 CC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 O SG CYS 95 V CYS 94 1_555 O SG CYS 115 V CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? disulf ? disulf2 S SG CYS 112 Z CYS 112 1_555 S SG CYS 124 Z CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 EA SG CYS 33 l CYS 32 1_555 EA SG CYS 66 l CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 EA SG CYS 43 l CYS 42 1_555 EA SG CYS 56 l CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf5 LA SG CYS 69 s CYS 68 1_555 LA SG CYS 80 s CYS 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? covale ? covale1 D C HIS 117 4 HIS 84 1_555 D N 2MR 118 4 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale2 D C 2MR 118 4 2MR 85 1_555 D N GLY 119 4 GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale3 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N SER 2 K SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale4 L C FME 1 L FME 1 1_555 L N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale5 M C FME 1 M FME 1 1_555 M N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale6 Q OG SER 113 X SER 44 1_555 SB P1 ZMP . X ZMP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? covale ? covale7 AA C AYA 3 h AYA 1 1_555 AA N SER 4 h SER 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale8 DA C LYS 70 k LYS 35 1_555 DA N SEP 71 k SEP 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale9 DA C SEP 71 k SEP 36 1_555 DA N LYS 72 k LYS 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale10 LA CA GLY 2 s GLY 1 1_555 BC C1 MYR . s MYR 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 385 1 CYS 365 1_555 TA FE1 SF4 . 1 SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 132 2 CYS 103 1_555 VA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 137 2 CYS 108 1_555 VA FE1 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 173 2 CYS 144 1_555 VA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc5 B SG CYS 177 2 CYS 148 1_555 VA FE2 FES . 2 FES 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 64 3 CYS 41 1_555 YA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 75 3 CYS 52 1_555 YA FE1 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 78 3 CYS 55 1_555 YA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 92 3 CYS 69 1_555 YA FE2 FES . 3 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc10 C NE2 HIS 124 3 HIS 101 1_555 WA FE3 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.854 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 128 3 CYS 105 1_555 WA FE2 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 131 3 CYS 108 1_555 WA FE4 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc13 C OE1 GLN 133 3 GLN 110 1_555 ZA K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 137 3 CYS 114 1_555 WA FE1 SF4 . 3 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 176 3 CYS 153 1_555 XA FE2 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 179 3 CYS 156 1_555 XA FE1 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 182 3 CYS 159 1_555 XA FE3 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc18 C O ILE 223 3 ILE 200 1_555 ZA K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? metalc ? metalc19 C SG CYS 226 3 CYS 203 1_555 XA FE4 SF4 . 3 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc20 C O CYS 226 3 CYS 203 1_555 ZA K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.014 ? metalc ? metalc21 C O VAL 228 3 VAL 205 1_555 ZA K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? metalc ? metalc22 C O LEU 231 3 LEU 208 1_555 ZA K K . 3 K 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 98 6 CYS 54 1_555 AB FE4 SF4 . 6 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 118 9 CYS 77 1_555 EB FE3 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 121 9 CYS 80 1_555 EB FE4 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 124 9 CYS 83 1_555 EB FE2 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 128 9 CYS 87 1_555 DB FE4 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 157 9 CYS 116 1_555 DB FE2 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 163 9 CYS 122 1_555 DB FE3 SF4 . 9 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 167 9 CYS 126 1_555 EB FE1 SF4 . 9 SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc31 U SG CYS 87 b CYS 59 1_555 TB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc32 U NE2 HIS 96 b HIS 68 1_555 TB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? metalc ? metalc33 U SG CYS 112 b CYS 84 1_555 TB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc34 U SG CYS 115 b CYS 87 1_555 TB ZN ZN . b ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? # _chem_comp.formula 'C44 H88 N O8 P' _chem_comp.formula_weight 790.145 _chem_comp.id PC1 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE # _atom_sites.entry_id 6ZKT _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code TA 45 SF4 1 1 500 500 SF4 SF4 . UA 46 FMN 1 1 501 501 FMN FMN . VA 47 FES 2 1 300 300 FES FES . WA 45 SF4 3 1 801 801 SF4 SF4 . XA 45 SF4 3 1 802 802 SF4 SF4 . YA 47 FES 3 1 803 803 FES FES . ZA 48 K 3 1 804 901 K K . AB 45 SF4 6 1 201 300 SF4 SF4 . BB 49 PC1 6 1 202 401 PC1 PC1 . CB 50 3PE 6 1 203 501 3PE 3PE . DB 45 SF4 9 1 201 502 SF4 SF4 . EB 45 SF4 9 1 202 503 SF4 SF4 . FB 49 PC1 A 1 201 201 PC1 PC1 . GB 49 PC1 H 1 401 401 PC1 PC1 . HB 50 3PE H 1 402 505 3PE 3PE . IB 50 3PE L 1 1001 1001 3PE 3PE . JB 49 PC1 L 1 1002 701 PC1 PC1 . KB 51 CDL L 1 1003 501 CDL CDL . LB 50 3PE L 1 1004 202 3PE 3PE . MB 49 PC1 M 1 501 603 PC1 PC1 . NB 51 CDL M 1 502 201 CDL CDL . OB 51 CDL M 1 503 503 CDL CDL . PB 50 3PE N 1 401 401 3PE 3PE . QB 50 3PE N 1 402 501 3PE 3PE . RB 51 CDL W 1 201 502 CDL CDL . SB 52 ZMP X 1 101 101 ZMP ZMP . TB 53 ZN b 1 300 300 ZN ZN . UB 54 NDP d 1 401 401 NDP NDP . VB 52 ZMP g 1 201 101 ZMP ZMP . WB 51 CDL h 1 201 503 CDL CDL . XB 50 3PE i 1 201 502 3PE 3PE . YB 55 AMP k 1 501 501 AMP AMP . ZB 50 3PE m 1 101 101 3PE 3PE . AC 51 CDL o 1 201 502 CDL CDL . BC 56 MYR s 1 201 201 MYR MYR . CC 49 PC1 w 1 801 801 PC1 PC1 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O12 PC1 . . . MB 49 63.203 143.556 103.022 1 125.37 ? O12 PC1 501 M 1 HETATM 2 P P PC1 . . . MB 49 63.724 143.622 104.404 1 127.02 ? P PC1 501 M 1 HETATM 3 O O14 PC1 . . . MB 49 62.828 143.289 105.533 1 122.92 ? O14 PC1 501 M 1 HETATM 4 O O13 PC1 . . . MB 49 64.37 145.063 104.619 1 120.58 ? O13 PC1 501 M 1 HETATM 5 C C11 PC1 . . . MB 49 63.821 146.039 105.536 1 114.68 ? C11 PC1 501 M 1 HETATM 6 C C12 PC1 . . . MB 49 62.576 146.553 104.848 1 112.75 ? C12 PC1 501 M 1 HETATM 7 N N PC1 . . . MB 49 62.775 147.516 103.673 1 112.43 ? N PC1 501 M 1 HETATM 8 C C13 PC1 . . . MB 49 62.66 146.773 102.378 1 104.57 ? C13 PC1 501 M 1 HETATM 9 C C14 PC1 . . . MB 49 61.683 148.538 103.738 1 115.2 ? C14 PC1 501 M 1 HETATM 10 C C15 PC1 . . . MB 49 64.096 148.224 103.708 1 101.01 ? C15 PC1 501 M 1 HETATM 11 O O11 PC1 . . . MB 49 65.037 142.723 104.44 1 100.23 ? O11 PC1 501 M 1 HETATM 12 C C1 PC1 . . . MB 49 65.736 142.493 103.201 1 80.48 ? C1 PC1 501 M 1 HETATM 13 C C2 PC1 . . . MB 49 66.563 141.25 103.341 1 91.67 ? C2 PC1 501 M 1 HETATM 14 O O21 PC1 . . . MB 49 67.943 141.648 103.615 1 78.22 ? O21 PC1 501 M 1 HETATM 15 C C21 PC1 . . . MB 49 68.373 141.572 104.88 1 72.89 ? C21 PC1 501 M 1 HETATM 16 O O22 PC1 . . . MB 49 67.657 141.346 105.815 1 71.81 ? O22 PC1 501 M 1 HETATM 17 C C22 PC1 . . . MB 49 69.855 141.793 104.964 1 77.19 ? C22 PC1 501 M 1 HETATM 18 C C23 PC1 . . . MB 49 70.533 140.951 106.034 1 67.33 ? C23 PC1 501 M 1 HETATM 19 C C24 PC1 . . . MB 49 70.526 139.472 105.708 1 75.17 ? C24 PC1 501 M 1 HETATM 20 C C25 PC1 . . . MB 49 70.75 138.553 106.895 1 73.49 ? C25 PC1 501 M 1 HETATM 21 C C26 PC1 . . . MB 49 72.147 138.577 107.489 1 75.15 ? C26 PC1 501 M 1 HETATM 22 C C27 PC1 . . . MB 49 73.159 137.733 106.736 1 92.78 ? C27 PC1 501 M 1 HETATM 23 C C28 PC1 . . . MB 49 74.401 137.412 107.551 1 104.2 ? C28 PC1 501 M 1 HETATM 24 C C29 PC1 . . . MB 49 75.336 136.402 106.908 1 109.03 ? C29 PC1 501 M 1 HETATM 25 C C2A PC1 . . . MB 49 74.713 135.032 106.685 1 106.3 ? C2A PC1 501 M 1 HETATM 26 C C3 PC1 . . . MB 49 66.607 140.463 102.062 1 85.97 ? C3 PC1 501 M 1 HETATM 27 O O31 PC1 . . . MB 49 67.393 139.274 102.303 1 84.93 ? O31 PC1 501 M 1 HETATM 28 C C31 PC1 . . . MB 49 66.746 138.11 102.265 1 84.96 ? C31 PC1 501 M 1 HETATM 29 O O32 PC1 . . . MB 49 65.581 138.005 101.993 1 84.91 ? O32 PC1 501 M 1 HETATM 30 C C32 PC1 . . . MB 49 67.651 136.965 102.612 1 76.37 ? C32 PC1 501 M 1 HETATM 31 C C33 PC1 . . . MB 49 69.038 137.397 103.064 1 58.53 ? C33 PC1 501 M 1 HETATM 32 C C34 PC1 . . . MB 49 70.007 136.239 103.245 1 56.13 ? C34 PC1 501 M 1 HETATM 33 C C35 PC1 . . . MB 49 71.442 136.68 103.48 1 66.81 ? C35 PC1 501 M 1 HETATM 34 C C36 PC1 . . . MB 49 72.468 135.56 103.513 1 74.69 ? C36 PC1 501 M 1 HETATM 35 C C37 PC1 . . . MB 49 72.984 135.128 102.15 1 76.55 ? C37 PC1 501 M 1 HETATM 36 C C38 PC1 . . . MB 49 73.842 136.167 101.456 1 78.48 ? C38 PC1 501 M 1 # _model_server_stats.io_time_ms 38 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 272 _model_server_stats.query_time_ms 365 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 36 #