data_6ZQM # _model_server_result.job_id jrAUkYDqtNMdYnvY5RUdmQ _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 15:04:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zqm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"JA","auth_seq_id":600}' # _entry.id 6ZQM # _exptl.entry_id 6ZQM _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 21 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZQM _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZQM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 29-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 29 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 21 JA N N ? 21 LA N N ? 21 MA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 K C LEU 42 K LEU 42 1_555 K N M3L 43 K M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale2 K C M3L 43 K M3L 43 1_555 K N GLN 44 K GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale3 L C LEU 42 L LEU 42 1_555 L N M3L 43 L M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale4 L C M3L 43 L M3L 43 1_555 L N GLN 44 L GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale5 M C LEU 42 M LEU 42 1_555 M N M3L 43 M M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale6 M C M3L 43 M M3L 43 1_555 M N GLN 44 M GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale7 N C LEU 42 N LEU 42 1_555 N N M3L 43 N M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale8 N C M3L 43 N M3L 43 1_555 N N GLN 44 N GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale9 O C LEU 42 O LEU 42 1_555 O N M3L 43 O M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale10 O C M3L 43 O M3L 43 1_555 O N GLN 44 O GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale11 P C LEU 42 P LEU 42 1_555 P N M3L 43 P M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale12 P C M3L 43 P M3L 43 1_555 P N GLN 44 P GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale13 Q C LEU 42 Q LEU 42 1_555 Q N M3L 43 Q M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale14 Q C M3L 43 Q M3L 43 1_555 Q N GLN 44 Q GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale15 R C LEU 42 R LEU 42 1_555 R N M3L 43 R M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale16 R C M3L 43 R M3L 43 1_555 R N GLN 44 R GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? metalc ? metalc1 A OG1 THR 176 A THR 176 1_555 EA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc2 DA O2G ATP . A ATP 600 1_555 EA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc3 DA O2B ATP . A ATP 600 1_555 EA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc4 EA MG MG . A MG 601 1_555 TA O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc5 EA MG MG . A MG 601 1_555 TA O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc6 EA MG MG . A MG 601 1_555 TA O HOH . A HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc7 B OG1 THR 176 B THR 176 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc8 FA O2G ATP . B ATP 600 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc9 FA O3G ATP . B ATP 600 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? metalc ? metalc10 FA O2B ATP . B ATP 600 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc11 GA MG MG . B MG 601 1_555 UA O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc12 GA MG MG . B MG 601 1_555 UA O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc13 GA MG MG . B MG 601 1_555 UA O HOH . B HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc14 C OG1 THR 176 C THR 176 1_555 IA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc15 HA O2G ATP . C ATP 600 1_555 IA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc16 HA O2B ATP . C ATP 600 1_555 IA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc17 IA MG MG . C MG 601 1_555 VA O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc18 IA MG MG . C MG 601 1_555 VA O HOH . C HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc19 IA MG MG . C MG 601 1_555 VA O HOH . C HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc20 D OG1 THR 167 D THR 163 1_555 KA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc21 JA O2B ADP . D ADP 600 1_555 KA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc22 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc23 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc24 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc25 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc26 F OG1 THR 167 F THR 163 1_555 NA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 192 F GLU 188 1_555 NA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc28 MA O2B ADP . F ADP 600 1_555 NA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc29 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc30 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc31 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc32 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6ZQM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code DA 19 ATP A 1 600 600 ATP ATP . EA 20 MG A 1 601 601 MG MG . FA 19 ATP B 1 600 600 ATP ATP . GA 20 MG B 1 601 601 MG MG . HA 19 ATP C 1 600 600 ATP ATP . IA 20 MG C 1 601 601 MG MG . JA 21 ADP D 1 600 600 ADP ADP . KA 20 MG D 1 601 601 MG MG . LA 21 ADP E 1 600 600 ADP ADP . MA 21 ADP F 1 600 600 ADP ADP . NA 20 MG F 1 601 601 MG MG . OA 22 CDL f 1 101 1 CDL CDL . PA 22 CDL f 1 102 3 CDL CDL . QA 23 LHG f 1 103 5 LHG LHG . RA 22 CDL b 1 301 2 CDL CDL . SA 23 LHG b 1 302 4 LHG LHG . TA 24 HOH A 1 701 702 HOH HOH . TA 24 HOH A 2 702 703 HOH HOH . TA 24 HOH A 3 703 701 HOH HOH . UA 24 HOH B 1 701 703 HOH HOH . UA 24 HOH B 2 702 702 HOH HOH . UA 24 HOH B 3 703 701 HOH HOH . VA 24 HOH C 1 701 701 HOH HOH . VA 24 HOH C 2 702 703 HOH HOH . VA 24 HOH C 3 703 702 HOH HOH . WA 24 HOH D 1 701 702 HOH HOH . WA 24 HOH D 2 702 701 HOH HOH . WA 24 HOH D 3 703 704 HOH HOH . WA 24 HOH D 4 704 703 HOH HOH . XA 24 HOH F 1 701 702 HOH HOH . XA 24 HOH F 2 702 701 HOH HOH . XA 24 HOH F 3 703 704 HOH HOH . XA 24 HOH F 4 704 703 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . JA 21 307.107 263.415 382.502 1 21.81 ? PB ADP 600 D 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . JA 21 307.006 264.334 381.331 1 21.81 ? O1B ADP 600 D 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . JA 21 307.32 264.096 383.821 1 21.81 ? O2B ADP 600 D 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . JA 21 306.037 262.372 382.518 1 21.81 ? O3B ADP 600 D 1 HETATM 5 P PA ADP . . . JA 21 309.44 262.819 381.014 1 21.81 ? PA ADP 600 D 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . JA 21 309.133 264.109 380.334 1 21.81 ? O1A ADP 600 D 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . JA 21 310.842 262.586 381.481 1 21.81 ? O2A ADP 600 D 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . JA 21 308.472 262.612 382.273 1 21.81 ? O3A ADP 600 D 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . JA 21 309.162 261.617 380.009 1 21.81 ? O5' ADP 600 D 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . JA 21 308.416 261.813 378.823 1 21.81 ? C5' ADP 600 D 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . JA 21 308.97 260.949 377.708 1 21.81 ? C4' ADP 600 D 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . JA 21 308.76 261.594 376.459 1 21.81 ? O4' ADP 600 D 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . JA 21 310.455 260.728 377.83 1 21.81 ? C3' ADP 600 D 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . JA 21 310.745 259.485 378.456 1 21.81 ? O3' ADP 600 D 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . JA 21 310.938 260.712 376.411 1 21.81 ? C2' ADP 600 D 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . JA 21 310.967 259.37 375.933 1 21.81 ? O2' ADP 600 D 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . JA 21 309.921 261.517 375.649 1 21.81 ? C1' ADP 600 D 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . JA 21 310.463 262.871 375.467 1 21.81 ? N9 ADP 600 D 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . JA 21 310.239 263.907 376.28 1 21.81 ? C8 ADP 600 D 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . JA 21 310.884 265.01 375.845 1 21.81 ? N7 ADP 600 D 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . JA 21 311.532 264.674 374.732 1 21.81 ? C5 ADP 600 D 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . JA 21 312.4 265.367 373.78 1 21.81 ? C6 ADP 600 D 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . JA 21 312.696 266.671 373.949 1 21.81 ? N6 ADP 600 D 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . JA 21 312.878 264.654 372.745 1 21.81 ? N1 ADP 600 D 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . JA 21 312.585 263.357 372.57 1 21.81 ? C2 ADP 600 D 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . JA 21 311.801 262.672 373.409 1 21.81 ? N3 ADP 600 D 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . JA 21 311.256 263.264 374.486 1 21.81 ? C4 ADP 600 D 1 HETATM 28 H "H5'1" ADP . . . JA 21 308.427 262.861 378.53 1 21.81 ? "H5'1" ADP 600 D 1 HETATM 29 H "H5'2" ADP . . . JA 21 307.382 261.528 378.997 1 21.81 ? "H5'2" ADP 600 D 1 HETATM 30 H H4' ADP . . . JA 21 308.46 259.975 377.724 1 21.81 ? H4' ADP 600 D 1 HETATM 31 H H3' ADP . . . JA 21 310.919 261.565 378.369 1 21.81 ? H3' ADP 600 D 1 HETATM 32 H HO3' ADP . . . JA 21 311.702 259.388 378.555 1 21.81 ? HO3' ADP 600 D 1 HETATM 33 H H2' ADP . . . JA 21 311.927 261.185 376.341 1 21.81 ? H2' ADP 600 D 1 HETATM 34 H HO2' ADP . . . JA 21 311.703 258.894 376.341 1 21.81 ? HO2' ADP 600 D 1 HETATM 35 H H1' ADP . . . JA 21 309.705 261.038 374.684 1 21.81 ? H1' ADP 600 D 1 HETATM 36 H H8 ADP . . . JA 21 309.626 263.874 377.169 1 21.81 ? H8 ADP 600 D 1 HETATM 37 H HN61 ADP . . . JA 21 312.319 267.177 374.738 1 21.81 ? HN61 ADP 600 D 1 HETATM 38 H HN62 ADP . . . JA 21 313.294 267.144 373.287 1 21.81 ? HN62 ADP 600 D 1 HETATM 39 H H2 ADP . . . JA 21 313.002 262.838 371.717 1 21.81 ? H2 ADP 600 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 522 _model_server_stats.parse_time_ms 522 _model_server_stats.create_model_time_ms 274 _model_server_stats.query_time_ms 963 _model_server_stats.encode_time_ms 24 _model_server_stats.element_count 39 #