data_6ZQN # _model_server_result.job_id B9w-JXOxeYoQNjwhgVIBfw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:35:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6zqn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"KA","auth_seq_id":601}' # _entry.id 6ZQN # _exptl.entry_id 6ZQN _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 20 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6ZQN _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6ZQN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 29-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 29 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 20 EA N N ? 20 GA N N ? 20 IA N N ? 20 KA N N ? 20 NA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 K C LEU 42 K LEU 42 1_555 K N M3L 43 K M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 K C M3L 43 K M3L 43 1_555 K N GLN 44 K GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 L C LEU 42 L LEU 42 1_555 L N M3L 43 L M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale4 L C M3L 43 L M3L 43 1_555 L N GLN 44 L GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 M C LEU 42 M LEU 42 1_555 M N M3L 43 M M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 M C M3L 43 M M3L 43 1_555 M N GLN 44 M GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale7 N C LEU 42 N LEU 42 1_555 N N M3L 43 N M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale8 N C M3L 43 N M3L 43 1_555 N N GLN 44 N GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale9 O C LEU 42 P LEU 42 1_555 O N M3L 43 P M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale10 O C M3L 43 P M3L 43 1_555 O N GLN 44 P GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale11 P C LEU 42 R LEU 42 1_555 P N M3L 43 R M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale12 P C M3L 43 R M3L 43 1_555 P N GLN 44 R GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale13 R C LEU 42 O LEU 42 1_555 R N M3L 43 O M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale14 R C M3L 43 O M3L 43 1_555 R N GLN 44 O GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale15 CA C LEU 42 Q LEU 42 1_555 CA N M3L 43 Q M3L 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale16 CA C M3L 43 Q M3L 43 1_555 CA N GLN 44 Q GLN 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? metalc ? metalc1 A OG1 THR 176 A THR 176 1_555 EA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc2 DA O2G ATP . A ATP 600 1_555 EA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc3 DA O2B ATP . A ATP 600 1_555 EA MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc4 EA MG MG . A MG 601 1_555 TA O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc5 EA MG MG . A MG 601 1_555 TA O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc6 EA MG MG . A MG 601 1_555 TA O HOH . A HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc7 B OG1 THR 176 B THR 176 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc8 FA O2G ATP . B ATP 600 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc9 FA O2B ATP . B ATP 600 1_555 GA MG MG . B MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc10 GA MG MG . B MG 601 1_555 UA O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc11 GA MG MG . B MG 601 1_555 UA O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc12 GA MG MG . B MG 601 1_555 UA O HOH . B HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc13 C OG1 THR 176 C THR 176 1_555 IA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc14 HA O2G ATP . C ATP 600 1_555 IA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc15 HA O2B ATP . C ATP 600 1_555 IA MG MG . C MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc16 IA MG MG . C MG 601 1_555 VA O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc17 IA MG MG . C MG 601 1_555 VA O HOH . C HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc18 IA MG MG . C MG 601 1_555 VA O HOH . C HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc19 D OG1 THR 167 D THR 163 1_555 KA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc20 D OE2 GLU 192 D GLU 188 1_555 KA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc21 JA O2B ADP . D ADP 600 1_555 KA MG MG . D MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc22 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc23 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc24 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc25 KA MG MG . D MG 601 1_555 WA O HOH . D HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc26 F OG1 THR 167 F THR 163 1_555 NA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc27 F OE2 GLU 192 F GLU 188 1_555 NA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc28 MA O2B ADP . F ADP 600 1_555 NA MG MG . F MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc29 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc30 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc31 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.178 ? metalc ? metalc32 NA MG MG . F MG 601 1_555 XA O HOH . F HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6ZQN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code DA 19 ATP A 1 600 600 ATP ATP . EA 20 MG A 1 601 601 MG MG . FA 19 ATP B 1 600 600 ATP ATP . GA 20 MG B 1 601 601 MG MG . HA 19 ATP C 1 600 600 ATP ATP . IA 20 MG C 1 601 601 MG MG . JA 21 ADP D 1 600 600 ADP ADP . KA 20 MG D 1 601 601 MG MG . LA 21 ADP E 1 600 600 ADP ADP . MA 21 ADP F 1 600 600 ADP ADP . NA 20 MG F 1 601 601 MG MG . OA 22 CDL f 1 101 1 CDL CDL . PA 23 LHG f 1 102 5 LHG LHG . QA 23 LHG f 1 103 4 LHG LHG . RA 22 CDL b 1 301 3 CDL CDL . SA 22 CDL b 1 302 2 CDL CDL . TA 24 HOH A 1 701 702 HOH HOH . TA 24 HOH A 2 702 701 HOH HOH . TA 24 HOH A 3 703 703 HOH HOH . UA 24 HOH B 1 701 701 HOH HOH . UA 24 HOH B 2 702 702 HOH HOH . UA 24 HOH B 3 703 703 HOH HOH . VA 24 HOH C 1 701 702 HOH HOH . VA 24 HOH C 2 702 701 HOH HOH . VA 24 HOH C 3 703 703 HOH HOH . WA 24 HOH D 1 701 702 HOH HOH . WA 24 HOH D 2 702 704 HOH HOH . WA 24 HOH D 3 703 701 HOH HOH . WA 24 HOH D 4 704 703 HOH HOH . XA 24 HOH F 1 701 704 HOH HOH . XA 24 HOH F 2 702 701 HOH HOH . XA 24 HOH F 3 703 702 HOH HOH . XA 24 HOH F 4 704 703 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id KA _atom_site.label_entity_id 20 _atom_site.Cartn_x 263.021 _atom_site.Cartn_y 288.288 _atom_site.Cartn_z 387.36 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 24.78 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 34 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 107 _model_server_stats.query_time_ms 322 _model_server_stats.encode_time_ms 10 _model_server_stats.element_count 1 #