data_7AD8 # _model_server_result.job_id AxGwkwSMHnQ5Qy8N7M8bCA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 21:24:36' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ad8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":402}' # _entry.id 7AD8 # _exptl.entry_id 7AD8 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 12 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7AD8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7AD8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 12 L N N ? 12 M N N ? 12 N N N ? 12 O N N ? 12 P N N ? 12 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 F SG CYS 255 E CYS 255 1_555 M ZN ZN . E ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc2 F ND1 HIS 258 E HIS 258 1_555 M ZN ZN . E ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc3 F SG CYS 268 E CYS 268 1_555 L ZN ZN . E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc4 F SG CYS 276 E CYS 276 1_555 M ZN ZN . E ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? metalc ? metalc5 F SG CYS 282 E CYS 282 1_555 L ZN ZN . E ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc6 G SG CYS 291 D CYS 291 1_555 N ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc7 G SG CYS 294 D CYS 294 1_555 N ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc8 G SG CYS 305 D CYS 305 1_555 N ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc9 G SG CYS 308 D CYS 308 1_555 N ZN ZN . D ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc10 G SG CYS 345 D CYS 345 1_555 O ZN ZN . D ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc11 G SG CYS 348 D CYS 348 1_555 O ZN ZN . D ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc12 G SG CYS 360 D CYS 360 1_555 P ZN ZN . D ZN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 363 D CYS 363 1_555 P ZN ZN . D ZN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 368 D CYS 368 1_555 O ZN ZN . D ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 371 D CYS 371 1_555 O ZN ZN . D ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 382 D CYS 382 1_555 P ZN ZN . D ZN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc17 G SG CYS 385 D CYS 385 1_555 P ZN ZN . D ZN 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc18 I SG CYS 105 G CYS 105 1_555 Q ZN ZN . G ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? metalc ? metalc19 I OE1 GLU 107 G GLU 107 1_555 Q ZN ZN . G ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc20 I SG CYS 108 G CYS 108 1_555 Q ZN ZN . G ZN 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? hydrog 'DC-DA MISPAIR' hydrog1 A N4 DC 20 J DC 20 1_555 B N3 DA 30 K DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N3 DT 21 J DT 21 1_555 B N1 DA 29 K DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O4 DT 21 J DT 21 1_555 B N6 DA 29 K DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DG 22 J DG 22 1_555 B N3 DC 28 K DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 DG 22 J DG 22 1_555 B O2 DC 28 K DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 DG 22 J DG 22 1_555 B N4 DC 28 K DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 DC 23 J DC 23 1_555 B N1 DG 27 K DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N4 DC 23 J DC 23 1_555 B O6 DG 27 K DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O2 DC 23 J DC 23 1_555 B N2 DG 27 K DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N1 DG 24 J DG 24 1_555 B N3 DC 26 K DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N2 DG 24 J DG 24 1_555 B O2 DC 26 K DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O6 DG 24 J DG 24 1_555 B N4 DC 26 K DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog13 A N1 DA 25 J DA 25 1_555 B N3 DT 25 K DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N1 DG 26 J DG 26 1_555 B N3 DC 24 K DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N2 DG 26 J DG 26 1_555 B O2 DC 24 K DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A O6 DG 26 J DG 26 1_555 B N4 DC 24 K DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog17 A N3 DC 27 J DC 27 1_555 B N2 DG 23 K DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N3 DT 28 J DT 28 1_555 B N1 DA 22 K DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O4 DT 28 J DT 28 1_555 B N6 DA 22 K DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog20 A O2 DC 29 J DC 29 1_555 B N2 DG 21 K DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog21 A N2 DG 30 J DG 30 1_555 B N3 DC 20 K DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N1 DA 31 J DA 31 1_555 B N3 DT 19 K DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N6 DA 31 J DA 31 1_555 B O4 DT 19 K DT 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N1 DA 32 J DA 32 1_555 B N3 DT 18 K DT 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N6 DA 32 J DA 32 1_555 B O4 DT 18 K DT 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog26 A N3 DT 33 J DT 33 1_555 B N1 DA 17 K DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog27 A N3 DT 34 J DT 34 1_555 B N1 DA 16 K DA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7AD8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 11 SF4 B 1 1000 1000 SF4 SF4 . L 12 ZN E 1 401 401 ZN ZN . M 12 ZN E 1 402 402 ZN ZN . N 12 ZN D 1 401 401 ZN ZN . O 12 ZN D 1 402 402 ZN ZN . P 12 ZN D 1 403 403 ZN ZN . Q 12 ZN G 1 301 301 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id O _atom_site.label_entity_id 12 _atom_site.Cartn_x 193.892 _atom_site.Cartn_y 179.274 _atom_site.Cartn_z 205.287 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 196.86 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 402 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 46 _model_server_stats.query_time_ms 377 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 1 #