data_7AR8 # _model_server_result.job_id PG4tgON1QrNbOvYHI23NHA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 09:21:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ar8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"VA","auth_seq_id":500}' # _entry.id 7AR8 # _exptl.entry_id 7AR8 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 48 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7AR8 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7AR8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 47-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 47 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 48 VA N N ? 48 YA N N ? 48 AB N N ? 48 BB N N ? 48 EB N N ? 48 FB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 E SG CYS 174 E CYS 174 1_555 F SG CYS 148 F CYS 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 N SG CYS 336 N CYS 336 1_555 N SG CYS 420 N CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 X SG CYS 29 X CYS 29 1_555 X SG CYS 59 X CYS 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 H CD1 LEU 18 H LEU 18 1_555 CB C25 UQ9 . H UQ9 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? covale ? covale2 H CZ PHE 225 H PHE 225 1_555 CB O2 UQ9 . H UQ9 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? covale ? covale3 M CD2 TYR 473 M TYR 473 1_555 HB O10 PTY . M PTY 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale4 P SG CYS 185 P CYS 185 1_555 LB C6N NDP . P NDP 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale5 P NZ LYS 200 P LYS 200 1_555 LB O2D NDP . P NDP 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? covale ? covale6 P CE MET 222 P MET 222 1_555 LB N7N NDP . P NDP 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale7 P NH2 ARG 228 P ARG 228 1_555 LB O2N NDP . P NDP 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.297 ? covale ? covale8 LA NE1 TRP 78 n TRP 78 1_555 PB C16 8Q1 . n 8Q1 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale9 UA NH1 ARG 24 z ARG 24 1_555 SB OT2 PSF . z PSF 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.297 ? covale ? covale10 UA NH2 ARG 28 z ARG 28 1_555 SB OT1 PSF . z PSF 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 93 B CYS 93 1_555 VA FE4 SF4 . B SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 94 B CYS 94 1_555 VA FE2 SF4 . B SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 158 B CYS 158 1_555 VA FE1 SF4 . B SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 188 B CYS 188 1_555 VA FE3 SF4 . B SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 135 E CYS 135 1_555 WA FE1 FES . E FES 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 171 E CYS 171 1_555 WA FE2 FES . E FES 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc7 F SG CYS 402 F CYS 402 1_555 YA FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc8 F SG CYS 405 F CYS 405 1_555 YA FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 408 F CYS 408 1_555 YA FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 448 F CYS 448 1_555 YA FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc11 G SG CYS 106 G CYS 106 1_555 ZA FE1 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc12 G O ASN 116 G ASN 116 1_555 ZA FE1 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 117 G CYS 117 1_555 ZA FE1 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 120 G CYS 120 1_555 ZA FE2 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 134 G CYS 134 1_555 ZA FE2 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc16 G NE2 HIS 166 G HIS 166 1_555 AB FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc17 G SG CYS 170 G CYS 170 1_555 AB FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 173 G CYS 173 1_555 AB FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 179 G CYS 179 1_555 AB FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 218 G CYS 218 1_555 BB FE2 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 221 G CYS 221 1_555 BB FE3 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 224 G CYS 224 1_555 BB FE1 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 268 G CYS 268 1_555 BB FE4 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc24 I SG CYS 123 I CYS 123 1_555 FB FE2 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 126 I CYS 126 1_555 FB FE4 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 129 I CYS 129 1_555 FB FE3 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 133 I CYS 133 1_555 EB FE4 SF4 . I SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 162 I CYS 162 1_555 EB FE2 SF4 . I SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 165 I CYS 165 1_555 EB FE3 SF4 . I SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 168 I CYS 168 1_555 EB FE1 SF4 . I SF4 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 172 I CYS 172 1_555 FB FE1 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc32 O NE2 HIS 83 O HIS 83 1_555 KB FE FE . O FE 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc33 O SG CYS 91 O CYS 91 1_555 KB FE FE . O FE 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc34 O SG CYS 95 O CYS 95 1_555 KB FE FE . O FE 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc35 R SG CYS 72 R CYS 72 1_555 MB ZN ZN . R ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc36 R NE2 HIS 82 R HIS 82 1_555 MB ZN ZN . R ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc37 R SG CYS 97 R CYS 97 1_555 MB ZN ZN . R ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc38 R SG CYS 100 R CYS 100 1_555 MB ZN ZN . R ZN 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc39 TA ND1 HIS 107 y HIS 107 1_555 RB ZN ZN . y ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc40 TA NE2 HIS 135 y HIS 135 1_555 RB ZN ZN . y ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc41 RB ZN ZN . y ZN 300 1_555 UA NE2 HIS 130 z HIS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc42 RB ZN ZN . y ZN 300 1_555 UA OH TYR 207 z TYR 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7AR8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code VA 48 SF4 B 1 500 500 SF4 SF4 . WA 49 FES E 1 500 500 FES FES . XA 50 FMN F 1 500 500 FMN FMN . YA 48 SF4 F 1 501 501 SF4 SF4 . ZA 49 FES G 1 801 750 FES FES . AB 48 SF4 G 1 802 751 SF4 SF4 . BB 48 SF4 G 1 803 752 SF4 SF4 . CB 51 UQ9 H 1 401 500 UQ9 UQ9 . DB 52 PTY H 1 402 1 PTY PTY . EB 48 SF4 I 1 500 500 SF4 SF4 . FB 48 SF4 I 1 501 501 SF4 SF4 . GB 53 PC7 M 1 501 3 PC7 PC7 . HB 52 PTY M 1 502 6 PTY PTY . IB 54 PGT N 1 501 4 PGT PGT . JB 52 PTY N 1 502 9 PTY PTY . KB 55 FE O 1 200 200 FE FE . LB 56 NDP P 1 500 500 NDP NDP . MB 57 ZN R 1 200 200 ZN ZN . NB 58 8Q1 W 1 200 200 8Q1 8Q1 . OB 59 LMN d 1 101 7 LMN LMN . PB 58 8Q1 n 1 200 200 8Q1 8Q1 . QB 53 PC7 v 1 201 2 PC7 PC7 . RB 57 ZN y 1 300 300 ZN ZN . SB 60 PSF z 1 301 5 PSF PSF . TB 61 T7X z 1 302 8 T7X T7X . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . VA 48 207.156 207.075 244.744 1 47.51 ? FE1 SF4 500 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . VA 48 207.966 206.397 242.222 1 47.51 ? FE2 SF4 500 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . VA 48 207.009 204.476 243.913 1 47.51 ? FE3 SF4 500 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . VA 48 209.441 205.63 244.388 1 47.51 ? FE4 SF4 500 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . VA 48 208.862 204.34 242.602 1 47.51 ? S1 SF4 500 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . VA 48 207.798 205.227 245.911 1 47.51 ? S2 SF4 500 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . VA 48 209.051 207.76 243.69 1 47.51 ? S3 SF4 500 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . VA 48 205.858 206.248 243.064 1 47.51 ? S4 SF4 500 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 92 _model_server_stats.query_time_ms 319 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 8 #