data_7B0F
#
_model_server_result.job_id            iifeoPeej8ntHZIL6pz5Dg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 04:33:17' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7b0f 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":801}' 
#
_entry.id    7B0F 
#
_exptl.entry_id    7B0F 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          110.39 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7B0F 
_cell.length_a            164.49 
_cell.length_b            111.92 
_cell.length_c            74.1 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7B0F 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 428 A CYS 428 1_555 A SG CYS 442 A CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog1 B O2 DC 1 B DC 7 1_555 C N1 DG 13 C DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N1 DG 2 B DG 8 1_555 C N3 DC 12 C DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B N2 DG 2 B DG 8 1_555 C O2 DC 12 C DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B O6 DG 2 B DG 8 1_555 C N4 DC 12 C DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N3 DC 3 B DC 9 1_555 C N1 DG 11 C DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N4 DC 3 B DC 9 1_555 C O6 DG 11 C DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B O2 DC 3 B DC 9 1_555 C N2 DG 11 C DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N1 DA 4 B DA 10 1_555 C N3 DT 10 C DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N6 DA 4 B DA 10 1_555 C O4 DT 10 C DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N3 DT 5 B DT 11 1_555 C N1 DA 9 C DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O4 DT 5 B DT 11 1_555 C N6 DA 9 C DA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N3 DT 6 B DT 12 1_555 C N1 DA 8 C DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B O4 DT 6 B DT 12 1_555 C N6 DA 8 C DA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 483 n n 
PA O2A TTP sing 484 n n 
PA O3A TTP sing 485 n n 
PA O5' TTP sing 486 n n 
O2A HOA2 TTP sing 487 n n 
O3A PB TTP sing 488 n n 
PB O1B TTP doub 489 n n 
PB O2B TTP sing 490 n n 
PB O3B TTP sing 491 n n 
O2B HOB2 TTP sing 492 n n 
O3B PG TTP sing 493 n n 
PG O1G TTP doub 494 n n 
PG O2G TTP sing 495 n n 
PG O3G TTP sing 496 n n 
O2G HOG2 TTP sing 497 n n 
O3G HOG3 TTP sing 498 n n 
O5' C5' TTP sing 499 n n 
C5' C4' TTP sing 500 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 501 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 502 n n 
C4' O4' TTP sing 503 n n 
C4' C3' TTP sing 504 n n 
C4' H4' TTP sing 505 n n 
O4' C1' TTP sing 506 n n 
C3' O3' TTP sing 507 n n 
C3' C2' TTP sing 508 n n 
C3' H3' TTP sing 509 n n 
O3' HO3' TTP sing 510 n n 
C2' C1' TTP sing 511 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 512 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 513 n n 
C1' N1 TTP sing 514 n n 
C1' H1' TTP sing 515 n n 
N1 C2 TTP sing 516 n n 
N1 C6 TTP sing 517 n n 
C2 O2 TTP doub 518 n n 
C2 N3 TTP sing 519 n n 
N3 C4 TTP sing 520 n n 
N3 HN3 TTP sing 521 n n 
C4 O4 TTP doub 522 n n 
C4 C5 TTP sing 523 n n 
C5 C5M TTP sing 524 n n 
C5 C6 TTP doub 525 n n 
C5M HM51 TTP sing 526 n n 
C5M HM52 TTP sing 527 n n 
C5M HM53 TTP sing 528 n n 
C6 H6 TTP sing 529 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7B0F 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006079 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00226 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008935 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014397 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 TTP A 1 801 801 TTP TTP . 
E 5 HOH A 1 901 1047 HOH HOH . 
E 5 HOH A 2 902 1053 HOH HOH . 
E 5 HOH A 3 903 1048 HOH HOH . 
E 5 HOH A 4 904 1060 HOH HOH . 
E 5 HOH A 5 905 1011 HOH HOH . 
E 5 HOH A 6 906 1014 HOH HOH . 
E 5 HOH A 7 907 1051 HOH HOH . 
E 5 HOH A 8 908 1045 HOH HOH . 
E 5 HOH A 9 909 1049 HOH HOH . 
E 5 HOH A 10 910 1054 HOH HOH . 
E 5 HOH A 11 911 1025 HOH HOH . 
E 5 HOH A 12 912 1015 HOH HOH . 
E 5 HOH A 13 913 1055 HOH HOH . 
E 5 HOH A 14 914 1069 HOH HOH . 
E 5 HOH A 15 915 1050 HOH HOH . 
E 5 HOH A 16 916 1034 HOH HOH . 
E 5 HOH A 17 917 1036 HOH HOH . 
E 5 HOH A 18 918 1009 HOH HOH . 
E 5 HOH A 19 919 1020 HOH HOH . 
E 5 HOH A 20 920 1075 HOH HOH . 
E 5 HOH A 21 921 1042 HOH HOH . 
E 5 HOH A 22 922 1000 HOH HOH . 
E 5 HOH A 23 923 1068 HOH HOH . 
E 5 HOH A 24 924 1008 HOH HOH . 
E 5 HOH A 25 925 1018 HOH HOH . 
E 5 HOH A 26 926 1035 HOH HOH . 
E 5 HOH A 27 927 1064 HOH HOH . 
E 5 HOH A 28 928 1070 HOH HOH . 
E 5 HOH A 29 929 1029 HOH HOH . 
E 5 HOH A 30 930 1001 HOH HOH . 
E 5 HOH A 31 931 1052 HOH HOH . 
E 5 HOH A 32 932 1019 HOH HOH . 
E 5 HOH A 33 933 1013 HOH HOH . 
E 5 HOH A 34 934 1030 HOH HOH . 
E 5 HOH A 35 935 1006 HOH HOH . 
E 5 HOH A 36 936 1041 HOH HOH . 
E 5 HOH A 37 937 1077 HOH HOH . 
E 5 HOH A 38 938 1032 HOH HOH . 
E 5 HOH A 39 939 1037 HOH HOH . 
E 5 HOH A 40 940 1012 HOH HOH . 
E 5 HOH A 41 941 1058 HOH HOH . 
E 5 HOH A 42 942 1074 HOH HOH . 
E 5 HOH A 43 943 1040 HOH HOH . 
E 5 HOH A 44 944 1067 HOH HOH . 
E 5 HOH A 45 945 1024 HOH HOH . 
E 5 HOH A 46 946 1003 HOH HOH . 
E 5 HOH A 47 947 1078 HOH HOH . 
E 5 HOH A 48 948 1017 HOH HOH . 
E 5 HOH A 49 949 1016 HOH HOH . 
E 5 HOH A 50 950 1005 HOH HOH . 
E 5 HOH A 51 951 1021 HOH HOH . 
E 5 HOH A 52 952 1007 HOH HOH . 
E 5 HOH A 53 953 1044 HOH HOH . 
E 5 HOH A 54 954 1076 HOH HOH . 
E 5 HOH A 55 955 1059 HOH HOH . 
E 5 HOH A 56 956 1031 HOH HOH . 
E 5 HOH A 57 957 1023 HOH HOH . 
E 5 HOH A 58 958 1038 HOH HOH . 
E 5 HOH A 59 959 1002 HOH HOH . 
E 5 HOH A 60 960 1061 HOH HOH . 
E 5 HOH A 61 961 1004 HOH HOH . 
E 5 HOH A 62 962 1063 HOH HOH . 
E 5 HOH A 63 963 1071 HOH HOH . 
E 5 HOH A 64 964 1056 HOH HOH . 
E 5 HOH A 65 965 1033 HOH HOH . 
E 5 HOH A 66 966 1028 HOH HOH . 
E 5 HOH A 67 967 1043 HOH HOH . 
E 5 HOH A 68 968 1027 HOH HOH . 
E 5 HOH A 69 969 1046 HOH HOH . 
E 5 HOH A 70 970 1062 HOH HOH . 
E 5 HOH A 71 971 1079 HOH HOH . 
E 5 HOH A 72 972 1072 HOH HOH . 
E 5 HOH A 73 973 1073 HOH HOH . 
E 5 HOH A 74 974 1057 HOH HOH . 
E 5 HOH A 75 975 1066 HOH HOH . 
F 5 HOH C 1 101 1022 HOH HOH . 
F 5 HOH C 2 102 1010 HOH HOH . 
F 5 HOH C 3 103 1039 HOH HOH . 
F 5 HOH C 4 104 1065 HOH HOH . 
F 5 HOH C 5 105 1026 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . D 4 -39.749 17.467 12.23 1 152.02 ? PA TTP 801 A 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . D 4 -39.446 16.2 11.316 1 152.02 ? O1A TTP 801 A 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . D 4 -41.149 17.286 12.833 1 151.99 ? O2A TTP 801 A 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . D 4 -39.768 18.762 11.301 1 151.98 ? O3A TTP 801 A 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . D 4 -38.653 19.535 10.463 1 151.99 ? PB TTP 801 A 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . D 4 -37.448 18.608 10.274 1 152 ? O1B TTP 801 A 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . D 4 -38.238 20.771 11.164 1 151.92 ? O2B TTP 801 A 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . D 4 -39.244 19.891 9.028 1 152.17 ? O3B TTP 801 A 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . D 4 -39.218 19.101 7.645 1 152.38 ? PG TTP 801 A 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . D 4 -38.756 20.111 6.585 1 152.44 ? O1G TTP 801 A 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . D 4 -40.672 18.729 7.338 1 152.41 ? O2G TTP 801 A 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . D 4 -38.318 17.9 7.747 1 152.36 ? O3G TTP 801 A 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . D 4 -38.77 17.661 13.324 1 152 ? O5' TTP 801 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              58 
_model_server_stats.parse_time_ms           20 
_model_server_stats.create_model_time_ms    21 
_model_server_stats.query_time_ms           306 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           13 
#