data_7B0N
#
_model_server_result.job_id            m7cO0O0miyld4gSrIXCCMg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-05 08:38:23' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7b0n 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"VA","auth_seq_id":802}' 
#
_entry.id    7B0N 
#
_exptl.entry_id    7B0N 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          46 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7B0N 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7B0N 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    42-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      42 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 46 TA N N 
? 46 UA N N 
? 46 VA N N 
? 46 BB N N 
? 46 CB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 E SG CYS 168 E CYS 168 1_555 E SG CYS 172 E CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? 
disulf ? disulf2 F SG CYS 127 F CYS 127 1_555 F SG CYS 279 F CYS 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
disulf ? disulf3 X SG CYS 46 X CYS 46 1_555 X SG CYS 78 X CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf4 EA SG CYS 15 e CYS 15 1_555 EA SG CYS 47 e CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf5 OA SG CYS 36 o CYS 36 1_555 OA SG CYS 47 o CYS 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf6 PA SG CYS 51 p CYS 51 1_555 PA SG CYS 63 p CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
covale ? covale1 A C FME 1 A FME 1 1_555 A N ASN 2 A ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale2 H C FME 1 H FME 1 1_555 H N ILE 2 H ILE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale3 J C FME 1 J FME 1 1_555 J N MET 2 J MET 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale4 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N PHE 2 K PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale5 L C FME 1 L FME 706 1_555 L N TYR 2 L TYR 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale6 M C FME 1 M FME 503 1_555 M N PHE 2 M PHE 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale7 N C FME 1 N FME 2403 1_555 N N LEU 2 N LEU 2404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale8 T CB SER 38 T SER 66 1_555 PB O7 EHZ . T EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? 
covale ? covale9 T OG SER 38 T SER 66 1_555 PB P1 EHZ . T EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.531 ? 
covale ? covale10 U CB SER 45 U SER 89 1_555 QB O7 EHZ . U EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? 
covale ? covale11 U OG SER 45 U SER 89 1_555 QB P1 EHZ . U EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.628 ? 
metalc ? metalc1 E SG CYS 127 E CYS 127 1_555 RA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc2 E SG CYS 132 E CYS 132 1_555 RA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc3 E SG CYS 168 E CYS 168 1_555 RA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc4 E SG CYS 172 E CYS 172 1_555 RA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? 
metalc ? metalc5 F SG CYS 381 F CYS 381 1_555 TA FE1 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc6 F SG CYS 384 F CYS 384 1_555 TA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc7 F SG CYS 387 F CYS 387 1_555 TA FE4 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc8 F SG CYS 427 F CYS 427 1_555 TA FE3 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc9 G SG CYS 69 G CYS 69 1_555 WA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc10 G SG CYS 80 G CYS 80 1_555 WA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc11 G SG CYS 83 G CYS 83 1_555 WA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? 
metalc ? metalc12 G SG CYS 97 G CYS 97 1_555 WA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc13 G NE2 HIS 129 G HIS 129 1_555 UA FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc14 G SG CYS 133 G CYS 133 1_555 UA FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc15 G SG CYS 136 G CYS 136 1_555 UA FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc16 G SG CYS 142 G CYS 142 1_555 UA FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc17 G SG CYS 183 G CYS 183 1_555 VA FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc18 G SG CYS 186 G CYS 186 1_555 VA FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc19 G SG CYS 189 G CYS 189 1_555 VA FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc20 G SG CYS 233 G CYS 233 1_555 VA FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc21 I SG CYS 94 I CYS 327 1_555 BB FE3 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? 
metalc ? metalc22 I SG CYS 97 I CYS 330 1_555 BB FE1 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc23 I SG CYS 100 I CYS 333 1_555 BB FE2 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc24 I SG CYS 104 I CYS 337 1_555 CB FE3 SF4 . I SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc25 I SG CYS 133 I CYS 366 1_555 CB FE4 SF4 . I SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc26 I SG CYS 136 I CYS 369 1_555 CB FE2 SF4 . I SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc27 I SG CYS 139 I CYS 372 1_555 CB FE1 SF4 . I SF4 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc28 I SG CYS 143 I CYS 376 1_555 BB FE4 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc29 R SG CYS 79 R CYS 97 1_555 OB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc30 R NE2 HIS 92 R HIS 110 1_555 OB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc31 R SG CYS 107 R CYS 125 1_555 OB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? 
metalc ? metalc32 R SG CYS 110 R CYS 128 1_555 OB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 1110 n n 
FE1 S3 SF4 sing 1111 n n 
FE1 S4 SF4 sing 1112 n n 
FE2 S1 SF4 sing 1113 n n 
FE2 S3 SF4 sing 1114 n n 
FE2 S4 SF4 sing 1115 n n 
FE3 S1 SF4 sing 1116 n n 
FE3 S2 SF4 sing 1117 n n 
FE3 S4 SF4 sing 1118 n n 
FE4 S1 SF4 sing 1119 n n 
FE4 S2 SF4 sing 1120 n n 
FE4 S3 SF4 sing 1121 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7B0N 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
QA 43 PLC D 1 501 994 PLC PLC . 
RA 44 FES E 1 301 302 FES FES . 
SA 45 FMN F 1 501 501 FMN FMN . 
TA 46 SF4 F 1 502 502 SF4 SF4 . 
UA 46 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . 
VA 46 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . 
WA 44 FES G 1 803 803 FES FES . 
XA 47 3PE H 1 6401 2501 3PE 3PE . 
YA 43 PLC H 1 6402 601 PLC PLC . 
ZA 47 3PE H 1 6403 6301 3PE 3PE . 
AB 47 3PE I 1 501 301 3PE 3PE . 
BB 46 SF4 I 1 502 233 SF4 SF4 . 
CB 46 SF4 I 1 503 232 SF4 SF4 . 
DB 43 PLC L 1 701 894 PLC PLC . 
EB 43 PLC L 1 702 1001 PLC PLC . 
FB 47 3PE L 1 703 3701 3PE 3PE . 
GB 47 3PE L 1 704 3801 3PE 3PE . 
HB 47 3PE L 1 705 3901 3PE 3PE . 
IB 48 CDL M 1 501 794 CDL CDL . 
JB 47 3PE M 1 502 1194 3PE 3PE . 
KB 43 PLC N 1 2401 2401 PLC PLC . 
LB 47 3PE N 1 2402 2501 3PE 3PE . 
MB 48 CDL O 1 601 401 CDL CDL . 
NB 49 NDP P 1 401 521 NDP NDP . 
OB 50 ZN R 1 201 201 ZN ZN . 
PB 51 EHZ T 1 201 201 EHZ EHZ . 
QB 51 EHZ U 1 201 201 EHZ EHZ . 
RB 52 LMT Y 1 1401 1201 LMT LMT . 
SB 52 LMT Y 1 1402 4201 LMT LMT . 
TB 47 3PE Y 1 1403 4001 3PE 3PE . 
UB 48 CDL Z 1 201 201 CDL CDL . 
VB 47 3PE Z 1 202 701 3PE 3PE . 
WB 48 CDL a 1 101 101 CDL CDL . 
XB 48 CDL b 1 401 401 CDL CDL . 
YB 47 3PE b 1 402 501 3PE 3PE . 
ZB 43 PLC d 1 501 501 PLC PLC . 
AC 47 3PE d 1 502 4601 3PE 3PE . 
BC 47 3PE g 1 301 101 3PE 3PE . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . VA 46 268.647 200.793 325.764 1 35.02 ? FE1 SF4 802 G 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . VA 46 267.672 198.855 327.398 1 35.02 ? FE2 SF4 802 G 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . VA 46 270.319 198.964 326.88 1 35.02 ? FE3 SF4 802 G 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . VA 46 268.596 198.235 324.927 1 35.02 ? FE4 SF4 802 G 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . VA 46 269.018 197.116 326.86 1 35.02 ? S1 SF4 802 G 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . VA 46 270.318 199.676 324.723 1 35.02 ? S2 SF4 802 G 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . VA 46 266.804 199.517 325.409 1 35.02 ? S3 SF4 802 G 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . VA 46 269.095 200.517 327.983 1 35.02 ? S4 SF4 802 G 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              39 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    408 
_model_server_stats.query_time_ms           282 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           8 
#