data_7B1L # _model_server_result.job_id oTINV7nRRWy5HJtDWVlnnA _model_server_result.datetime_utc '2025-02-01 20:43:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7b1l # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":309}' # _entry.id 7B1L # _exptl.entry_id 7B1L _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7B1L _cell.length_a 61.63 _cell.length_b 79.48 _cell.length_c 95.42 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7B1L _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2 2ab (z,x,y)' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 2 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 I N N ? 6 Z N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C MSE 23 A MSE 1 1_555 A N PHE 24 A PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale2 A C THR 37 A THR 15 1_555 A N MSE 38 A MSE 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale3 A C MSE 38 A MSE 16 1_555 A N LEU 39 A LEU 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale4 A C LEU 170 A LEU 148 1_555 A N MSE 171 A MSE 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale5 A C MSE 171 A MSE 149 1_555 A N ILE 172 A ILE 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale6 A C LEU 205 A LEU 183 1_555 A N MSE 206 A MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale7 A C MSE 206 A MSE 184 1_555 A N LEU 207 A LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale8 B C MSE 23 B MSE 1 1_555 B N PHE 24 B PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale9 B C THR 37 B THR 15 1_555 B N MSE 38 B MSE 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale10 B C MSE 38 B MSE 16 1_555 B N LEU 39 B LEU 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale11 B C LEU 170 B LEU 148 1_555 B N MSE 171 B MSE 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale12 B C MSE 171 B MSE 149 1_555 B N ILE 172 B ILE 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale13 B C LEU 205 B LEU 183 1_555 B N MSE 206 B MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale14 B C MSE 206 B MSE 184 1_555 B N LEU 207 B LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? metalc ? metalc1 A OG1 THR 31 A THR 9 1_555 I NA NA . A NA 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc2 A O ASP 63 A ASP 41 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 63 A ASP 41 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 63 A ASP 41 1_555 J MG MG . A MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 66 A ASP 44 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc6 A O THR 75 A THR 53 1_555 I NA NA . A NA 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc7 A OG SER 77 A SER 55 1_555 I NA NA . A NA 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 84 A ASP 62 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 84 A ASP 62 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc10 A O ASP 84 A ASP 62 1_555 J MG MG . A MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 84 A ASP 62 1_555 J MG MG . A MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 88 A ASP 66 1_555 J MG MG . A MG 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc13 C OAT 58A . A 58A 301 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc14 C OAW 58A . A 58A 301 1_555 D CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc15 J MG MG . A MG 308 1_555 CA O HOH . A HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc16 J MG MG . A MG 308 1_555 CA O HOH . A HOH 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc17 B OG1 THR 31 B THR 9 1_555 Z NA NA . B NA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc18 B OG SER 33 B SER 11 1_555 Z NA NA . B NA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 63 B ASP 41 1_555 R MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc20 B O ASP 63 B ASP 41 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 63 B ASP 41 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 66 B ASP 44 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc23 B O THR 75 B THR 53 1_555 Z NA NA . B NA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc24 B OG SER 77 B SER 55 1_555 Z NA NA . B NA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc25 B O ASP 84 B ASP 62 1_555 R MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 84 B ASP 62 1_555 R MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 84 B ASP 62 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc28 B OD2 ASP 84 B ASP 62 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 88 B ASP 66 1_555 R MG MG . B MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc30 R MG MG . B MG 301 1_555 DA O HOH . B HOH 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc31 R MG MG . B MG 301 1_555 DA O HOH . B HOH 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc32 T OAT 58A . B 58A 303 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc33 T OAW 58A . B 58A 303 1_555 U CA CA . B CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc34 T OAA 58A . B 58A 303 1_555 Z NA NA . B NA 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7B1L _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016226 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012582 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01048 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 58A A 1 301 210 58A 58A . D 3 CA A 1 302 211 CA CA . E 4 CL A 1 303 230 CL CL . F 4 CL A 1 304 231 CL CL . G 5 SER A 1 305 240 SER SER . H 5 SER A 1 306 241 SER SER . I 6 NA A 1 307 260 NA NA . J 7 MG A 1 308 212 MG MG . K 4 CL A 1 309 232 CL CL . L 8 OLC A 1 310 2 OLC OLC . M 8 OLC A 1 311 4 OLC OLC . N 8 OLC A 1 312 5 OLC OLC . O 8 OLC A 1 313 6 OLC OLC . P 8 OLC A 1 314 8 OLC OLC . Q 8 OLC A 1 315 9 OLC OLC . R 7 MG B 1 301 212 MG MG . S 4 CL B 1 302 232 CL CL . T 2 58A B 1 303 210 58A 58A . U 3 CA B 1 304 211 CA CA . V 4 CL B 1 305 230 CL CL . W 4 CL B 1 306 231 CL CL . X 5 SER B 1 307 240 SER SER . Y 5 SER B 1 308 241 SER SER . Z 6 NA B 1 309 260 NA NA . AA 8 OLC B 1 310 1 OLC OLC . BA 8 OLC B 1 311 3 OLC OLC . CA 9 HOH A 1 401 79 HOH HOH . CA 9 HOH A 2 402 61 HOH HOH . CA 9 HOH A 3 403 67 HOH HOH . CA 9 HOH A 4 404 48 HOH HOH . CA 9 HOH A 5 405 68 HOH HOH . CA 9 HOH A 6 406 77 HOH HOH . CA 9 HOH A 7 407 2 HOH HOH . CA 9 HOH A 8 408 81 HOH HOH . CA 9 HOH A 9 409 31 HOH HOH . CA 9 HOH A 10 410 221 HOH HOH . CA 9 HOH A 11 411 1 HOH HOH . CA 9 HOH A 12 412 49 HOH HOH . CA 9 HOH A 13 413 21 HOH HOH . CA 9 HOH A 14 414 220 HOH HOH . CA 9 HOH A 15 415 226 HOH HOH . CA 9 HOH A 16 416 52 HOH HOH . CA 9 HOH A 17 417 9 HOH HOH . CA 9 HOH A 18 418 57 HOH HOH . CA 9 HOH A 19 419 76 HOH HOH . CA 9 HOH A 20 420 71 HOH HOH . CA 9 HOH A 21 421 17 HOH HOH . CA 9 HOH A 22 422 15 HOH HOH . CA 9 HOH A 23 423 62 HOH HOH . CA 9 HOH A 24 424 46 HOH HOH . CA 9 HOH A 25 425 74 HOH HOH . CA 9 HOH A 26 426 23 HOH HOH . CA 9 HOH A 27 427 82 HOH HOH . CA 9 HOH A 28 428 51 HOH HOH . CA 9 HOH A 29 429 20 HOH HOH . CA 9 HOH A 30 430 50 HOH HOH . CA 9 HOH A 31 431 19 HOH HOH . CA 9 HOH A 32 432 70 HOH HOH . CA 9 HOH A 33 433 59 HOH HOH . CA 9 HOH A 34 434 47 HOH HOH . CA 9 HOH A 35 435 16 HOH HOH . CA 9 HOH A 36 436 22 HOH HOH . CA 9 HOH A 37 437 65 HOH HOH . CA 9 HOH A 38 438 24 HOH HOH . CA 9 HOH A 39 439 26 HOH HOH . CA 9 HOH A 40 440 30 HOH HOH . CA 9 HOH A 41 441 224 HOH HOH . CA 9 HOH A 42 442 18 HOH HOH . CA 9 HOH A 43 443 32 HOH HOH . CA 9 HOH A 44 444 14 HOH HOH . CA 9 HOH A 45 445 92 HOH HOH . CA 9 HOH A 46 446 80 HOH HOH . CA 9 HOH A 47 447 75 HOH HOH . CA 9 HOH A 48 448 64 HOH HOH . CA 9 HOH A 49 449 58 HOH HOH . CA 9 HOH A 50 450 83 HOH HOH . CA 9 HOH A 51 451 69 HOH HOH . CA 9 HOH A 52 452 72 HOH HOH . DA 9 HOH B 1 401 43 HOH HOH . DA 9 HOH B 2 402 53 HOH HOH . DA 9 HOH B 3 403 7 HOH HOH . DA 9 HOH B 4 404 86 HOH HOH . DA 9 HOH B 5 405 220 HOH HOH . DA 9 HOH B 6 406 8 HOH HOH . DA 9 HOH B 7 407 84 HOH HOH . DA 9 HOH B 8 408 25 HOH HOH . DA 9 HOH B 9 409 44 HOH HOH . DA 9 HOH B 10 410 221 HOH HOH . DA 9 HOH B 11 411 226 HOH HOH . DA 9 HOH B 12 412 225 HOH HOH . DA 9 HOH B 13 413 29 HOH HOH . DA 9 HOH B 14 414 38 HOH HOH . DA 9 HOH B 15 415 36 HOH HOH . DA 9 HOH B 16 416 90 HOH HOH . DA 9 HOH B 17 417 37 HOH HOH . DA 9 HOH B 18 418 4 HOH HOH . DA 9 HOH B 19 419 63 HOH HOH . DA 9 HOH B 20 420 87 HOH HOH . DA 9 HOH B 21 421 66 HOH HOH . DA 9 HOH B 22 422 39 HOH HOH . DA 9 HOH B 23 423 10 HOH HOH . DA 9 HOH B 24 424 88 HOH HOH . DA 9 HOH B 25 425 28 HOH HOH . DA 9 HOH B 26 426 33 HOH HOH . DA 9 HOH B 27 427 34 HOH HOH . DA 9 HOH B 28 428 91 HOH HOH . DA 9 HOH B 29 429 6 HOH HOH . DA 9 HOH B 30 430 13 HOH HOH . DA 9 HOH B 31 431 27 HOH HOH . DA 9 HOH B 32 432 40 HOH HOH . DA 9 HOH B 33 433 3 HOH HOH . DA 9 HOH B 34 434 42 HOH HOH . DA 9 HOH B 35 435 35 HOH HOH . DA 9 HOH B 36 436 55 HOH HOH . DA 9 HOH B 37 437 12 HOH HOH . DA 9 HOH B 38 438 45 HOH HOH . DA 9 HOH B 39 439 11 HOH HOH . DA 9 HOH B 40 440 54 HOH HOH . DA 9 HOH B 41 441 56 HOH HOH . DA 9 HOH B 42 442 60 HOH HOH . DA 9 HOH B 43 443 224 HOH HOH . DA 9 HOH B 44 444 73 HOH HOH . DA 9 HOH B 45 445 89 HOH HOH . DA 9 HOH B 46 446 5 HOH HOH . DA 9 HOH B 47 447 93 HOH HOH . DA 9 HOH B 48 448 85 HOH HOH . DA 9 HOH B 49 449 41 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Z _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 28.453 _atom_site.Cartn_y 91.693 _atom_site.Cartn_z 6.318 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 39.2 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 309 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 282 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #