data_7B5N
#
_model_server_result.job_id            qdxtUloHghZeT0TICpTJug 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 20:24:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7b5n 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":101}' 
#
_entry.id    7B5N 
#
_exptl.entry_id    7B5N 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              101.147 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            5-azanylpentan-2-one 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7B5N 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7B5N 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      8 
_struct_asym.id                             M 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B SG CYS 357 H CYS 357 1_555 M C3 SY8 . U SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.702 ? 
covale ? covale2 C C GLY 75 U GLY 75 1_555 M N SY8 . U SY8 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? 
covale ? covale3 M C SY8 . U SY8 101 1_555 F SG CYS 86 D CYS 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.713 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 186 H CYS 186 1_555 K ZN ZN . H ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 189 H CYS 189 1_555 K ZN ZN . H ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 203 H CYS 203 1_555 L ZN ZN . H ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc4 B ND1 HIS 205 H HIS 205 1_555 L ZN ZN . H ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 208 H CYS 208 1_555 K ZN ZN . H ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 211 H CYS 211 1_555 K ZN ZN . H ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 231 H CYS 231 1_555 L ZN ZN . H ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 236 H CYS 236 1_555 L ZN ZN . H ZN 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc9 B SG CYS 276 H CYS 276 1_555 I ZN ZN . H ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc10 B SG CYS 281 H CYS 281 1_555 I ZN ZN . H ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 297 H CYS 297 1_555 I ZN ZN . H ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 299 H CYS 299 1_555 I ZN ZN . H ZN 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 304 H CYS 304 1_555 J ZN ZN . H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 307 H CYS 307 1_555 J ZN ZN . H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc15 B NE2 HIS 312 H HIS 312 1_555 J ZN ZN . H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 317 H CYS 317 1_555 J ZN ZN . H ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 344 H CYS 344 1_555 G ZN ZN . H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc18 B SG CYS 347 H CYS 347 1_555 G ZN ZN . H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 362 H CYS 362 1_555 G ZN ZN . H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 367 H CYS 367 1_555 G ZN ZN . H ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 372 H CYS 372 1_555 H ZN ZN . H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 375 H CYS 375 1_555 H ZN ZN . H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? 
metalc ? metalc23 B NE2 HIS 382 H HIS 382 1_555 H ZN ZN . H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc24 B SG CYS 389 H CYS 389 1_555 H ZN ZN . H ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc25 E SG CYS 42 R CYS 42 1_555 N ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc26 E SG CYS 45 R CYS 45 1_555 N ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc27 E SG CYS 53 R CYS 53 1_555 P ZN ZN . R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc28 E SG CYS 56 R CYS 56 1_555 P ZN ZN . R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc29 E SG CYS 68 R CYS 68 1_555 P ZN ZN . R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc30 E SG CYS 75 R CYS 75 1_555 O ZN ZN . R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc31 E ND1 HIS 77 R HIS 77 1_555 O ZN ZN . R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc32 E ND1 HIS 80 R HIS 80 1_555 N ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
metalc ? metalc33 E ND1 HIS 82 R HIS 82 1_555 P ZN ZN . R ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc34 E SG CYS 83 R CYS 83 1_555 N ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc35 E SG CYS 94 R CYS 94 1_555 O ZN ZN . R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc36 E OD1 ASP 97 R ASP 97 1_555 O ZN ZN . R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? 
metalc ? metalc37 E OD2 ASP 97 R ASP 97 1_555 O ZN ZN . R ZN 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H11 N O' 
_chem_comp.formula_weight    101.147 
_chem_comp.id                SY8 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              5-azanylpentan-2-one 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C3 C4 SY8 sing 288 n n 
C3 C2 SY8 sing 289 n n 
C4 N SY8 sing 290 n n 
C2 C1 SY8 sing 291 n n 
C C1 SY8 sing 292 n n 
C1 O SY8 doub 293 n n 
N H1 SY8 sing 294 n n 
N H2 SY8 sing 295 n n 
C H4 SY8 sing 296 n n 
C H5 SY8 sing 297 n n 
C H6 SY8 sing 298 n n 
C2 H7 SY8 sing 299 n n 
C2 H8 SY8 sing 300 n n 
C3 H9 SY8 sing 301 n n 
C3 H10 SY8 sing 302 n n 
C4 H11 SY8 sing 303 n n 
C4 H12 SY8 sing 304 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7B5N 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 7 ZN H 1 601 601 ZN ZN . 
H 7 ZN H 1 602 602 ZN ZN . 
I 7 ZN H 1 603 603 ZN ZN . 
J 7 ZN H 1 604 604 ZN ZN . 
K 7 ZN H 1 605 605 ZN ZN . 
L 7 ZN H 1 606 606 ZN ZN . 
M 8 SY8 U 1 101 101 SY8 sdf . 
N 7 ZN R 1 201 201 ZN ZN . 
O 7 ZN R 1 202 202 ZN ZN . 
P 7 ZN R 1 203 203 ZN ZN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N SY8 . . . M 8 197.353 127.818 134.496 1 82.52 ? N SY8 101 U 1 
HETATM 2 C C SY8 . . . M 8 198.623 123.724 135.844 1 82.52 ? C SY8 101 U 1 
HETATM 3 O O SY8 . . . M 8 199.059 125.812 136.892 1 82.52 ? O SY8 101 U 1 
HETATM 4 C C1 SY8 . . . M 8 199.14 125.131 135.885 1 82.52 ? C1 SY8 101 U 1 
HETATM 5 C C2 SY8 . . . M 8 199.782 125.696 134.64 1 82.52 ? C2 SY8 101 U 1 
HETATM 6 C C3 SY8 . . . M 8 198.739 126.031 133.58 1 82.52 ? C3 SY8 101 U 1 
HETATM 7 C C4 SY8 . . . M 8 197.385 126.381 134.186 1 82.52 ? C4 SY8 101 U 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              11 
_model_server_stats.parse_time_ms           11 
_model_server_stats.create_model_time_ms    12 
_model_server_stats.query_time_ms           329 
_model_server_stats.encode_time_ms          12 
_model_server_stats.element_count           7 
#