data_7CB6
#
_model_server_result.job_id            -HCQqpVja6g_OuC_4qvEvQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-27 18:21:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7cb6 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    7CB6 
#
_exptl.entry_id    7CB6 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              107.868 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SILVER ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    20 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7CB6 
_cell.length_a            90.86 
_cell.length_b            133.86 
_cell.length_c            171.32 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7CB6 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2ac 2ab' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,Y,Z 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,AA,BA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SD MET 140 A MET 140 1_555 E AG AG . A AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 168 A CYS 168 1_555 F AG AG . A AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 168 A CYS 168 1_555 G AG AG . A AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc4 A ND1 HIS 185 A HIS 185 1_555 E AG AG . A AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc5 A ND1 HIS 211 A HIS 211 1_555 I AG AG . A AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc6 A O PHE 238 A PHE 238 1_555 I AG AG . A AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? 
metalc ? metalc7 A SD MET 239 A MET 239 1_555 I AG AG . A AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? 
metalc ? metalc8 A SD MET 357 A MET 357 1_555 G AG AG . A AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc9 A O MET 357 A MET 357 1_555 H AG AG . A AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 363 A CYS 363 1_555 F AG AG . A AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 363 A CYS 363 1_555 H AG AG . A AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc12 B SD MET 140 B MET 140 1_555 J AG AG . B AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 168 B CYS 168 1_555 K AG AG . B AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.841 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 168 B CYS 168 1_555 M AG AG . B AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc15 B ND1 HIS 185 B HIS 185 1_555 J AG AG . B AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc16 B ND1 HIS 211 B HIS 211 1_555 N AG AG . B AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc17 B O PHE 238 B PHE 238 1_555 N AG AG . B AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc18 B SD MET 239 B MET 239 1_555 N AG AG . B AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc19 B O MET 357 B MET 357 1_555 L AG AG . B AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc20 B SD MET 357 B MET 357 1_555 M AG AG . B AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 363 B CYS 363 1_555 K AG AG . B AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 363 B CYS 363 1_555 L AG AG . B AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? 
metalc ? metalc23 C SD MET 140 C MET 140 1_555 O AG AG . C AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 168 C CYS 168 1_555 P AG AG . C AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc25 C SG CYS 168 C CYS 168 1_555 Q AG AG . C AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc26 C ND1 HIS 185 C HIS 185 1_555 O AG AG . C AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc27 C ND1 HIS 211 C HIS 211 1_555 S AG AG . C AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc28 C SD MET 239 C MET 239 1_555 S AG AG . C AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc29 C SD MET 357 C MET 357 1_555 Q AG AG . C AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.524 ? 
metalc ? metalc30 C O MET 357 C MET 357 1_555 R AG AG . C AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc31 C SG CYS 363 C CYS 363 1_555 P AG AG . C AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc32 C SG CYS 363 C CYS 363 1_555 R AG AG . C AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc33 D SD MET 140 D MET 140 1_555 T AG AG . D AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc34 D SG CYS 168 D CYS 168 1_555 U AG AG . D AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc35 D SG CYS 168 D CYS 168 1_555 V AG AG . D AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? 
metalc ? metalc36 D ND1 HIS 185 D HIS 185 1_555 T AG AG . D AG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc37 D ND1 HIS 211 D HIS 211 1_555 X AG AG . D AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc38 D O PHE 238 D PHE 238 1_555 X AG AG . D AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc39 D SD MET 239 D MET 239 1_555 X AG AG . D AG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc40 D SD MET 357 D MET 357 1_555 V AG AG . D AG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc41 D O MET 357 D MET 357 1_555 W AG AG . D AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc42 D SG CYS 363 D CYS 363 1_555 U AG AG . D AG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc43 D SG CYS 363 D CYS 363 1_555 W AG AG . D AG 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ag 1' 
_chem_comp.formula_weight    107.868 
_chem_comp.id                AG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SILVER ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7CB6 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011006 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00747 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005837 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 AG A 1 501 471 AG AG . 
F 2 AG A 1 502 472 AG AG . 
G 2 AG A 1 503 473 AG AG . 
H 2 AG A 1 504 474 AG AG . 
I 2 AG A 1 505 475 AG AG . 
J 2 AG B 1 501 471 AG AG . 
K 2 AG B 1 502 472 AG AG . 
L 2 AG B 1 503 473 AG AG . 
M 2 AG B 1 504 474 AG AG . 
N 2 AG B 1 505 475 AG AG . 
O 2 AG C 1 501 471 AG AG . 
P 2 AG C 1 502 472 AG AG . 
Q 2 AG C 1 503 473 AG AG . 
R 2 AG C 1 504 474 AG AG . 
S 2 AG C 1 505 475 AG AG . 
T 2 AG D 1 501 471 AG AG . 
U 2 AG D 1 502 472 AG AG . 
V 2 AG D 1 503 473 AG AG . 
W 2 AG D 1 504 474 AG AG . 
X 2 AG D 1 505 475 AG AG . 
Y 3 HOH A 1 601 17 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 2 602 15 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 3 603 21 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 4 604 33 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 5 605 8 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 6 606 5 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 7 607 44 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 8 608 54 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 9 609 39 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 10 610 53 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 11 611 40 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 12 612 20 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 13 613 30 HOH HOH . 
Y 3 HOH A 14 614 51 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 1 601 36 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 2 602 4 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 3 603 12 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 4 604 29 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 5 605 43 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 6 606 46 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 7 607 6 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 8 608 18 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 9 609 42 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 10 610 27 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 11 611 11 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 12 612 7 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 13 613 22 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 14 614 9 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 15 615 37 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 16 616 1 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 17 617 2 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 18 618 34 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 19 619 10 HOH HOH . 
Z 3 HOH B 20 620 52 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 1 601 16 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 2 602 35 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 3 603 24 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 4 604 14 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 5 605 19 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 6 606 3 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 7 607 41 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 8 608 48 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 9 609 38 HOH HOH . 
AA 3 HOH C 10 610 45 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 1 601 26 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 2 602 25 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 3 603 31 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 4 604 47 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 5 605 28 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 6 606 13 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 7 607 23 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 8 608 32 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 9 609 49 HOH HOH . 
BA 3 HOH D 10 610 50 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           AG 
_atom_site.label_atom_id         AG 
_atom_site.label_comp_id         AG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         E 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -9.649 
_atom_site.Cartn_y               9.006 
_atom_site.Cartn_z               -28.195 
_atom_site.occupancy             0.84 
_atom_site.B_iso_or_equiv        60.87 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          AG 
_atom_site.auth_comp_id          AG 
_atom_site.auth_seq_id           501 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              30 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           246 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#