data_7CEB # _model_server_result.job_id WUnLOG-wJdfz1cJK0UWTiQ _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 10:44:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ceb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 7CEB # _exptl.entry_id 7CEB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7CEB _cell.length_a 116.52 _cell.length_b 251.31 _cell.length_c 63.25 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7CEB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2 2ab' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 7 _struct_asym.id K _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 131 A CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 152 A CYS 152 1_555 A SG CYS 165 A CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 466 A CYS 466 1_555 A SG CYS 473 A CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 479 A CYS 479 1_555 A SG CYS 539 A CYS 539 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 187 B CYS 187 1_555 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 241 B CYS 241 1_555 B SG CYS 281 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 381 B CYS 381 1_555 B SG CYS 395 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 415 B CYS 415 1_555 B SG CYS 442 B CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 23 C CYS 22 1_555 C SG CYS 97 C CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 120 C CYS 112 1_555 D SG CYS 152 D CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf12 D SG CYS 27 D CYS 23 1_555 D SG CYS 93 D CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 261 A ASN 261 1_555 H C1 NAG . A NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 347 A ASN 347 1_555 I C1 NAG . A NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 192 B ASN 192 1_555 L C1 NAG . B NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 249 B ASN 249 1_555 M C1 NAG . B NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 343 B ASN 343 1_555 N C1 NAG . B NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 386 B ASN 386 1_555 O C1 NAG . B NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 301 A ASP 301 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 303 A ASN 303 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 305 A ASP 305 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc4 A O TRP 307 A TRP 307 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 309 A ASP 309 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 309 A ASP 309 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 363 A ASP 363 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 365 A ASN 365 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 367 A ASP 367 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 367 A ASP 367 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.124 ? metalc ? metalc11 A O TYR 369 A TYR 369 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 371 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 371 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 418 A ASP 418 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 420 A ASP 420 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASN 422 A ASN 422 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc17 A O TYR 424 A TYR 424 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 426 A ASP 426 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 426 A ASP 426 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? metalc ? metalc20 E CA CA . A CA 1001 1_555 P O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc21 G CA CA . A CA 1003 1_555 P O HOH . A HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc22 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc23 B OG SER 132 B SER 132 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc24 B OG SER 134 B SER 134 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc25 B OE1 GLU 169 B GLU 169 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASN 224 B ASN 224 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc27 B O ASP 226 B ASP 226 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASP 226 B ASP 226 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc29 B O PRO 228 B PRO 228 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc30 B OE1 GLU 229 B GLU 229 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 259 B ASP 259 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7CEB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008582 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003979 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01581 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 CA A 1 1001 1001 CA CA . F 5 CA A 1 1002 1002 CA CA . G 5 CA A 1 1003 1003 CA CA . H 6 NAG A 1 1004 1011 NAG NAG . I 6 NAG A 1 1005 1012 NAG NAG . J 5 CA B 1 1001 1001 CA CA . K 7 MG B 1 1002 1002 MG MG . L 6 NAG B 1 1003 1011 NAG NAG . M 6 NAG B 1 1004 1012 NAG NAG . N 6 NAG B 1 1005 1013 NAG NAG . O 6 NAG B 1 1006 1014 NAG NAG . P 8 HOH A 1 1101 2 HOH HOH . P 8 HOH A 2 1102 3 HOH HOH . Q 8 HOH B 1 1101 1 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 37.175 _atom_site.Cartn_y 25.609 _atom_site.Cartn_z -13.561 _atom_site.occupancy 0.75 _atom_site.B_iso_or_equiv 83.4 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 385 _model_server_stats.encode_time_ms 50 _model_server_stats.element_count 1 #