data_7CEB # _model_server_result.job_id zga9nPUdpSFiILgBxAhgKA _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 10:44:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7ceb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":1006}' # _entry.id 7CEB # _exptl.entry_id 7CEB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 6 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7CEB _cell.length_a 116.52 _cell.length_b 251.31 _cell.length_c 63.25 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7CEB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2 2ab' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 H N N ? 6 I N N ? 6 L N N ? 6 M N N ? 6 N N N ? 6 O N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 131 A CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 152 A CYS 152 1_555 A SG CYS 165 A CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 466 A CYS 466 1_555 A SG CYS 473 A CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 479 A CYS 479 1_555 A SG CYS 539 A CYS 539 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 187 B CYS 187 1_555 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 241 B CYS 241 1_555 B SG CYS 281 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 381 B CYS 381 1_555 B SG CYS 395 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 415 B CYS 415 1_555 B SG CYS 442 B CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 23 C CYS 22 1_555 C SG CYS 97 C CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 120 C CYS 112 1_555 D SG CYS 152 D CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf12 D SG CYS 27 D CYS 23 1_555 D SG CYS 93 D CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 261 A ASN 261 1_555 H C1 NAG . A NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 347 A ASN 347 1_555 I C1 NAG . A NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 192 B ASN 192 1_555 L C1 NAG . B NAG 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 249 B ASN 249 1_555 M C1 NAG . B NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 343 B ASN 343 1_555 N C1 NAG . B NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 386 B ASN 386 1_555 O C1 NAG . B NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 301 A ASP 301 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 303 A ASN 303 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 305 A ASP 305 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc4 A O TRP 307 A TRP 307 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 309 A ASP 309 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 309 A ASP 309 1_555 E CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 363 A ASP 363 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 365 A ASN 365 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 367 A ASP 367 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 367 A ASP 367 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.124 ? metalc ? metalc11 A O TYR 369 A TYR 369 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 371 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 371 A ASP 371 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 418 A ASP 418 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 420 A ASP 420 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASN 422 A ASN 422 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc17 A O TYR 424 A TYR 424 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 426 A ASP 426 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 426 A ASP 426 1_555 G CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? metalc ? metalc20 E CA CA . A CA 1001 1_555 P O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc21 G CA CA . A CA 1003 1_555 P O HOH . A HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc22 B OD2 ASP 130 B ASP 130 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc23 B OG SER 132 B SER 132 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc24 B OG SER 134 B SER 134 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc25 B OE1 GLU 169 B GLU 169 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASN 224 B ASN 224 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc27 B O ASP 226 B ASP 226 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASP 226 B ASP 226 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc29 B O PRO 228 B PRO 228 1_555 J CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc30 B OE1 GLU 229 B GLU 229 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 259 B ASP 259 1_555 K MG MG . B MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 237 n n C1 O1 NAG sing 238 n n C1 O5 NAG sing 239 n n C1 H1 NAG sing 240 n n C2 C3 NAG sing 241 n n C2 N2 NAG sing 242 n n C2 H2 NAG sing 243 n n C3 C4 NAG sing 244 n n C3 O3 NAG sing 245 n n C3 H3 NAG sing 246 n n C4 C5 NAG sing 247 n n C4 O4 NAG sing 248 n n C4 H4 NAG sing 249 n n C5 C6 NAG sing 250 n n C5 O5 NAG sing 251 n n C5 H5 NAG sing 252 n n C6 O6 NAG sing 253 n n C6 H61 NAG sing 254 n n C6 H62 NAG sing 255 n n C7 C8 NAG sing 256 n n C7 N2 NAG sing 257 n n C7 O7 NAG doub 258 n n C8 H81 NAG sing 259 n n C8 H82 NAG sing 260 n n C8 H83 NAG sing 261 n n N2 HN2 NAG sing 262 n n O1 HO1 NAG sing 263 n n O3 HO3 NAG sing 264 n n O4 HO4 NAG sing 265 n n O6 HO6 NAG sing 266 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 7CEB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008582 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003979 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.01581 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 CA A 1 1001 1001 CA CA . F 5 CA A 1 1002 1002 CA CA . G 5 CA A 1 1003 1003 CA CA . H 6 NAG A 1 1004 1011 NAG NAG . I 6 NAG A 1 1005 1012 NAG NAG . J 5 CA B 1 1001 1001 CA CA . K 7 MG B 1 1002 1002 MG MG . L 6 NAG B 1 1003 1011 NAG NAG . M 6 NAG B 1 1004 1012 NAG NAG . N 6 NAG B 1 1005 1013 NAG NAG . O 6 NAG B 1 1006 1014 NAG NAG . P 8 HOH A 1 1101 2 HOH HOH . P 8 HOH A 2 1102 3 HOH HOH . Q 8 HOH B 1 1101 1 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . O 6 49.306 69.997 -16.588 1 90.9 ? C1 NAG 1006 B 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . O 6 48.784 70.771 -17.8 1 102.06 ? C2 NAG 1006 B 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . O 6 49.953 71.389 -18.556 1 107.88 ? C3 NAG 1006 B 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . O 6 50.801 72.244 -17.623 1 113.14 ? C4 NAG 1006 B 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . O 6 51.219 71.428 -16.398 1 106.16 ? C5 NAG 1006 B 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . O 6 51.956 72.242 -15.359 1 105.77 ? C6 NAG 1006 B 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . O 6 46.667 69.944 -18.742 1 105.12 ? C7 NAG 1006 B 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . O 6 46.039 69.041 -19.761 1 97.83 ? C8 NAG 1006 B 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . O 6 48.003 69.931 -18.693 1 107.66 ? N2 NAG 1006 B 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . O 6 49.461 72.146 -19.657 1 104.42 ? O3 NAG 1006 B 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . O 6 51.964 72.694 -18.312 1 114.77 ? O4 NAG 1006 B 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . O 6 50.062 70.877 -15.748 1 96.35 ? O5 NAG 1006 B 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . O 6 51.723 71.743 -14.05 1 103.3 ? O6 NAG 1006 B 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . O 6 45.995 70.644 -17.991 1 106.76 ? O7 NAG 1006 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 480 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 14 #