data_7CEC # _model_server_result.job_id d2976J4VYvXAqb6ROuAX7Q _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 09:38:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7cec # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 7CEC # _exptl.entry_id 7CEC _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 11 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7CEC _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7CEC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 11 K N N ? 11 L N N ? 11 M N N ? 11 V N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 10 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 10 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 10 n J NAG 1 J 1 NAG C 3405 NAG 10 n J NAG 2 J 2 NAG C 3406 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 131 A CYS 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 152 A CYS 152 1_555 A SG CYS 165 A CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 466 A CYS 466 1_555 A SG CYS 473 A CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 479 A CYS 479 1_555 A SG CYS 539 A CYS 539 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 7 B CYS 7 1_555 B SG CYS 25 B CYS 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 15 B CYS 15 1_555 B SG CYS 444 B CYS 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 18 B CYS 18 1_555 B SG CYS 44 B CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 28 B CYS 28 1_555 B SG CYS 55 B CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 187 B CYS 187 1_555 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 241 B CYS 241 1_555 B SG CYS 281 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 381 B CYS 381 1_555 B SG CYS 395 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 415 B CYS 415 1_555 B SG CYS 442 B CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 70 C CYS 2723 1_555 E SG CYS 59 E CYS 1585 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 246 C CYS 2899 1_555 C SG CYS 276 C CYS 2929 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 437 C CYS 3090 1_555 C SG CYS 462 C CYS 3115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 608 C CYS 3261 1_555 C SG CYS 639 C CYS 3292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf18 D SG CYS 73 D CYS 1785 1_555 E SG CYS 74 E CYS 1600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? disulf ? disulf19 F SG CYS 23 F CYS 22 1_555 F SG CYS 97 F CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf20 F SG CYS 120 F CYS 112 1_555 G SG CYS 152 G CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf21 G SG CYS 27 G CYS 23 1_555 G SG CYS 93 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf22 H SG CYS 23 H CYS 22 1_555 H SG CYS 98 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf23 H SG CYS 122 H CYS 112 1_555 I SG CYS 147 I CYS 147 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf24 I SG CYS 24 I CYS 23 1_555 I SG CYS 88 I CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 261 A ASN 261 1_555 N C1 NAG . A NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.42 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 347 A ASN 347 1_555 O C1 NAG . A NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 249 B ASN 249 1_555 S C1 NAG . B NAG 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 343 B ASN 343 1_555 T C1 NAG . B NAG 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 386 B ASN 386 1_555 U C1 NAG . B NAG 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale6 C ND2 ASN 604 C ASN 3257 1_555 W C1 NAG . C NAG 3402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale7 C ND2 ASN 634 C ASN 3287 1_555 J C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale8 J O4 NAG . J NAG 1 1_555 J C1 NAG . J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 301 A ASP 301 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASN 303 A ASN 303 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 305 A ASP 305 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 305 A ASP 305 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc5 A O TRP 307 A TRP 307 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 309 A ASP 309 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 309 A ASP 309 1_555 K CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 363 A ASP 363 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 365 A ASN 365 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 367 A ASP 367 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 367 A ASP 367 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc12 A O TYR 369 A TYR 369 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 371 A ASP 371 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 371 A ASP 371 1_555 L CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 418 A ASP 418 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 420 A ASP 420 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASN 422 A ASN 422 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc18 A O TYR 424 A TYR 424 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 426 A ASP 426 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.736 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 426 A ASP 426 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc21 A OG SER 441 A SER 441 1_555 M CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.622 ? metalc ? metalc22 B OG SER 132 B SER 132 1_555 Q MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc23 B OG SER 134 B SER 134 1_555 Q MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc24 B O SER 134 B SER 134 1_555 R MN MN . B MN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc25 B OD2 ASP 137 B ASP 137 1_555 R MN MN . B MN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 138 B ASP 138 1_555 R MN MN . B MN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc27 B OE1 GLU 169 B GLU 169 1_555 P MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? metalc ? metalc28 B OE2 GLU 169 B GLU 169 1_555 P MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASN 224 B ASN 224 1_555 P MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.113 ? metalc ? metalc30 B O ASP 226 B ASP 226 1_555 P MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 226 B ASP 226 1_555 P MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc32 B O PRO 228 B PRO 228 1_555 P MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc33 B OE1 GLU 229 B GLU 229 1_555 Q MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc34 B OD2 ASP 259 B ASP 259 1_555 R MN MN . B MN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc35 Q MN MN . B MN 1002 1_555 E OE1 GLU 81 E GLU 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc36 Q MN MN . B MN 1002 1_555 E OE2 GLU 81 E GLU 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc37 C OD2 ASP 140 C ASP 2793 1_555 V CA CA . C CA 3401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? metalc ? metalc38 C O LEU 157 C LEU 2810 1_555 V CA CA . C CA 3401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc39 C OE1 GLU 211 C GLU 2864 1_555 V CA CA . C CA 3401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc40 C O LEU 213 C LEU 2866 1_555 V CA CA . C CA 3401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc41 C OD1 ASN 215 C ASN 2868 1_555 V CA CA . C CA 3401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc42 C OD2 ASP 566 C ASP 3219 1_555 V CA CA . C CA 3401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7CEC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 11 CA A 1 1001 1001 CA CA . L 11 CA A 1 1002 1002 CA CA . M 11 CA A 1 1003 1003 CA CA . N 12 NAG A 1 1004 1011 NAG NAG . O 12 NAG A 1 1005 1012 NAG NAG . P 13 MN B 1 1001 1001 MN MN . Q 13 MN B 1 1002 1002 MN MN . R 13 MN B 1 1003 1003 MN MN . S 12 NAG B 1 1004 1012 NAG NAG . T 12 NAG B 1 1005 1013 NAG NAG . U 12 NAG B 1 1006 1014 NAG NAG . V 11 CA C 1 3401 3401 CA CA . W 12 NAG C 1 3402 3404 NAG NAG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 11 _atom_site.Cartn_x 195.379 _atom_site.Cartn_y 158.806 _atom_site.Cartn_z 147.203 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 123.08 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 29 _model_server_stats.parse_time_ms 61 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 394 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #