data_7D3E # _model_server_result.job_id l69v9u-jZaHbUNJbOvR7fA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 13:28:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7d3e # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":1608}' # _entry.id 7D3E # _exptl.entry_id 7D3E _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 8 _entity.src_method nat _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 N N N ? 8 O N N ? 8 Y N N ? 8 Z N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 3 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 4 ? 3 5 4 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 5 ? 3 6 5 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 6 ? 3 7 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 7 ? 3 8 7 MAN MAN C1 O1 . O6 HO6 . sing 8 ? 3 9 8 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 9 ? 3 10 7 MAN MAN C1 O1 . O3 HO3 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n E NAG 1 E 1 NAG B 276 NAG 3 n E NAG 2 E 2 NAG B 277 NAG 3 n E BMA 3 E 3 BMA B 288 BMA 3 n E MAN 4 E 4 MAN B 289 MAN 3 n E MAN 5 E 5 MAN B 295 MAN 3 n E MAN 6 E 6 MAN B 296 MAN 3 n E MAN 7 E 7 MAN B 291 MAN 3 n E MAN 8 E 8 MAN B 293 MAN 3 n E MAN 9 E 9 MAN B 294 MAN 3 n E MAN 10 E 10 MAN B 292 MAN 3 n F NAG 1 F 1 NAG D 276 NAG 3 n F NAG 2 F 2 NAG D 277 NAG 3 n F BMA 3 F 3 BMA D 288 BMA 3 n F MAN 4 F 4 MAN D 289 MAN 3 n F MAN 5 F 5 MAN D 295 MAN 3 n F MAN 6 F 6 MAN D 296 MAN 3 n F MAN 7 F 7 MAN D 291 MAN 3 n F MAN 8 F 8 MAN D 293 MAN 3 n F MAN 9 F 9 MAN D 294 MAN 3 n F MAN 10 F 10 MAN D 292 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 118 A CYS 118 1_555 A SG CYS 1165 A CYS 1165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 345 A CYS 345 1_555 A SG CYS 565 A CYS 565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 364 A CYS 364 1_555 A SG CYS 579 A CYS 579 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 167 B CYS 167 1_555 B SG CYS 234 B CYS 234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 118 C CYS 118 1_555 C SG CYS 1165 C CYS 1165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 345 C CYS 345 1_555 C SG CYS 565 C CYS 565 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 364 C CYS 364 1_555 C SG CYS 579 C CYS 579 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 167 D CYS 167 1_555 D SG CYS 234 D CYS 234 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 94 A ASN 94 1_555 K C1 NAG . A NAG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 342 A ASN 342 1_555 M C1 NAG . A NAG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 534 A ASN 534 1_555 L C1 NAG . A NAG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 84 B ASN 84 1_555 P C1 NAG . B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 109 B ASN 109 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 121 B ASN 121 1_555 Q C1 NAG . B NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale7 C ND2 ASN 94 C ASN 94 1_555 V C1 NAG . C NAG 1605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale8 C ND2 ASN 342 C ASN 342 1_555 X C1 NAG . C NAG 1607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale9 C ND2 ASN 534 C ASN 534 1_555 W C1 NAG . C NAG 1606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale10 D ND2 ASN 84 D ASN 84 1_555 AA C1 NAG . D NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale11 D ND2 ASN 109 D ASN 109 1_555 F C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale12 D ND2 ASN 121 D ASN 121 1_555 BA C1 NAG . D NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale13 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale14 E O4 NAG . E NAG 2 1_555 E C1 BMA . E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale15 E O3 BMA . E BMA 3 1_555 E C1 MAN . E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale16 E O6 BMA . E BMA 3 1_555 E C1 MAN . E MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale17 E O2 MAN . E MAN 4 1_555 E C1 MAN . E MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale18 E O2 MAN . E MAN 5 1_555 E C1 MAN . E MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale19 E O6 MAN . E MAN 7 1_555 E C1 MAN . E MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale20 E O3 MAN . E MAN 7 1_555 E C1 MAN . E MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale21 E O2 MAN . E MAN 8 1_555 E C1 MAN . E MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale22 F O4 NAG . F NAG 1 1_555 F C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale23 F O4 NAG . F NAG 2 1_555 F C1 BMA . F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale24 F O3 BMA . F BMA 3 1_555 F C1 MAN . F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale25 F O6 BMA . F BMA 3 1_555 F C1 MAN . F MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale26 F O2 MAN . F MAN 4 1_555 F C1 MAN . F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale27 F O2 MAN . F MAN 5 1_555 F C1 MAN . F MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale28 F O6 MAN . F MAN 7 1_555 F C1 MAN . F MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? covale ? covale29 F O3 MAN . F MAN 7 1_555 F C1 MAN . F MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale30 F O2 MAN . F MAN 8 1_555 F C1 MAN . F MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? metalc ? metalc1 A O ASP 109 A ASP 109 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 109 A ASP 109 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? metalc ? metalc3 A O THR 170 A THR 170 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 170 A THR 170 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc5 A O TRP 172 A TRP 172 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 174 A ASP 174 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc7 A OG SER 176 A SER 176 1_555 O NA NA . A NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc8 A O THR 332 A THR 332 1_555 N NA NA . A NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc9 A O ARG 395 A ARG 395 1_555 N NA NA . A NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 397 A ASP 397 1_555 N NA NA . A NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc11 A O VAL 399 A VAL 399 1_555 N NA NA . A NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc12 A NE2 HIS 1130 A HIS 1130 1_555 G FE HEM . A HEM 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc13 A NE2 HIS 1144 A HIS 1144 1_555 H FE HEM . A HEM 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc14 A NE2 HIS 1225 A HIS 1225 1_555 G FE HEM . A HEM 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc15 A NE2 HIS 1238 A HIS 1238 1_555 H FE HEM . A HEM 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc16 C O ASP 109 C ASP 109 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc17 C OD1 ASP 109 C ASP 109 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc18 C O THR 170 C THR 170 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc19 C OG1 THR 170 C THR 170 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc20 C O TRP 172 C TRP 172 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc21 C OD1 ASP 174 C ASP 174 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc22 C OG SER 176 C SER 176 1_555 Z NA NA . C NA 1609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc23 C O THR 332 C THR 332 1_555 Y NA NA . C NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc24 C O ARG 395 C ARG 395 1_555 Y NA NA . C NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc25 C OD1 ASP 397 C ASP 397 1_555 Y NA NA . C NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc26 C O VAL 399 C VAL 399 1_555 Y NA NA . C NA 1608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc27 C NE2 HIS 1130 C HIS 1130 1_555 R FE HEM . C HEM 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc28 C NE2 HIS 1144 C HIS 1144 1_555 S FE HEM . C HEM 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc29 C NE2 HIS 1225 C HIS 1225 1_555 R FE HEM . C HEM 1601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc30 C NE2 HIS 1238 C HIS 1238 1_555 S FE HEM . C HEM 1602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7D3E _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 HEM A 1 1601 3504 HEM HEM . H 4 HEM A 1 1602 3505 HEM HEM . I 5 NDP A 1 1603 3601 NDP NDP . J 6 FAD A 1 1604 3701 FAD FAD . K 7 NAG A 1 1605 3804 NAG NAG . L 7 NAG A 1 1606 3805 NAG NAG . M 7 NAG A 1 1607 3806 NAG NAG . N 8 NA A 1 1608 5004 NA NA . O 8 NA A 1 1609 5006 NA NA . P 7 NAG B 1 501 286 NAG NAG . Q 7 NAG B 1 502 287 NAG NAG . R 4 HEM C 1 1601 3504 HEM HEM . S 4 HEM C 1 1602 3505 HEM HEM . T 5 NDP C 1 1603 3601 NDP NDP . U 6 FAD C 1 1604 3701 FAD FAD . V 7 NAG C 1 1605 3804 NAG NAG . W 7 NAG C 1 1606 3805 NAG NAG . X 7 NAG C 1 1607 3806 NAG NAG . Y 8 NA C 1 1608 5004 NA NA . Z 8 NA C 1 1609 5006 NA NA . AA 7 NAG D 1 501 286 NAG NAG . BA 7 NAG D 1 502 287 NAG NAG . CA 9 HOH A 1 5001 5001 HOH HOH . DA 9 HOH C 1 5001 5001 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Y _atom_site.label_entity_id 8 _atom_site.Cartn_x 60.945 _atom_site.Cartn_y 104.966 _atom_site.Cartn_z 38.874 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 66.09 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1608 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 67 _model_server_stats.query_time_ms 787 _model_server_stats.encode_time_ms 17 _model_server_stats.element_count 1 #