data_7D56 # _model_server_result.job_id Y0pENEqzNO-oIKYZCjWoVQ _model_server_result.datetime_utc '2025-07-15 06:44:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7d56 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":704}' # _entry.id 7D56 # _exptl.entry_id 7D56 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 15 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 121.38 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7D56 _cell.length_a 199.577 _cell.length_b 115.343 _cell.length_c 127.844 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7D56 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,LA 1 1,2 B,C,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,MA,NA 2 1 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_656 -x+1,y,-z+1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 133.007139 0 109.144592 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 AA N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 DA N N ? 3 EA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 646 C CYS 646 1_555 D CAP BFB . C BFB 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale2 B SG CYS 646 B CYS 646 1_555 P CAP BFB . B BFB 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 C SG CYS 646 A CYS 646 1_555 Z CAP BFB . A BFB 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 153 C ASN 153 1_555 F CA CA . C CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 155 C ASP 155 1_555 F CA CA . C CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 157 C ASP 157 1_555 F CA CA . C CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 157 C ASP 157 1_555 G CA CA . C CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 157 C ASP 157 1_555 G CA CA . C CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 165 C ASP 165 1_555 F CA CA . C CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc7 A O ASP 165 C ASP 165 1_555 I CA CA . C CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 168 C ASP 168 1_555 I CA CA . C CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 168 C ASP 168 1_555 I CA CA . C CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 176 C ASP 176 1_555 F CA CA . C CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 176 C ASP 176 1_555 I CA CA . C CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 179 C ASP 179 1_555 F CA CA . C CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 179 C ASP 179 1_555 G CA CA . C CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 179 C ASP 179 1_555 G CA CA . C CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 351 C GLU 351 1_555 H CA CA . C CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc16 A OE2 GLU 353 C GLU 353 1_555 E CA CA . C CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 369 C ASP 369 1_555 H CA CA . C CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 369 C ASP 369 1_555 H CA CA . C CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc19 A O SER 370 C SER 370 1_555 H CA CA . C CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASN 373 C ASN 373 1_555 H CA CA . C CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 388 C ASP 388 1_555 G CA CA . C CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.873 ? metalc ? metalc22 A O PHE 407 C PHE 407 1_555 E CA CA . C CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc23 A O LEU 410 C LEU 410 1_555 E CA CA . C CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc24 A OE2 GLU 411 C GLU 411 1_555 E CA CA . C CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASN 153 B ASN 153 1_555 R CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 155 B ASP 155 1_555 R CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc27 B OD1 ASP 157 B ASP 157 1_555 R CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASP 157 B ASP 157 1_555 S CA CA . B CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc29 B OD2 ASP 157 B ASP 157 1_555 S CA CA . B CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 165 B ASP 165 1_555 R CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc31 B O ASP 165 B ASP 165 1_555 U CA CA . B CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.06 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASP 168 B ASP 168 1_555 U CA CA . B CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc33 B OD2 ASP 168 B ASP 168 1_555 U CA CA . B CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc34 B OD1 ASP 176 B ASP 176 1_555 R CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc35 B OD2 ASP 179 B ASP 179 1_555 R CA CA . B CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc36 B OD1 ASP 179 B ASP 179 1_555 S CA CA . B CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.402 ? metalc ? metalc37 B OD2 ASP 179 B ASP 179 1_555 S CA CA . B CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc38 B OE2 GLU 351 B GLU 351 1_555 T CA CA . B CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc39 B OE2 GLU 353 B GLU 353 1_555 Q CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc40 B OD1 ASP 369 B ASP 369 1_555 T CA CA . B CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc41 B OD2 ASP 369 B ASP 369 1_555 T CA CA . B CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc42 B O SER 370 B SER 370 1_555 T CA CA . B CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc43 B OD1 ASN 373 B ASN 373 1_555 T CA CA . B CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc44 B OD1 ASP 388 B ASP 388 1_555 S CA CA . B CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? metalc ? metalc45 B O PHE 407 B PHE 407 1_555 Q CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc46 B O LEU 410 B LEU 410 1_555 Q CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc47 B OE2 GLU 411 B GLU 411 1_555 Q CA CA . B CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc48 C OD1 ASN 153 A ASN 153 1_555 BA CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc49 C OD1 ASP 155 A ASP 155 1_555 BA CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc50 C OD1 ASP 157 A ASP 157 1_555 BA CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc51 C OD1 ASP 157 A ASP 157 1_555 CA CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc52 C OD2 ASP 157 A ASP 157 1_555 CA CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc53 C OD2 ASP 165 A ASP 165 1_555 BA CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc54 C O ASP 165 A ASP 165 1_555 EA CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? metalc ? metalc55 C OD1 ASP 168 A ASP 168 1_555 EA CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc56 C OD2 ASP 168 A ASP 168 1_555 EA CA CA . A CA 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc57 C OD1 ASP 176 A ASP 176 1_555 BA CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc58 C OD2 ASP 179 A ASP 179 1_555 BA CA CA . A CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc59 C OD1 ASP 179 A ASP 179 1_555 CA CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc60 C OD2 ASP 179 A ASP 179 1_555 CA CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc61 C OE2 GLU 351 A GLU 351 1_555 DA CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc62 C OE2 GLU 353 A GLU 353 1_555 AA CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc63 C OD1 ASP 369 A ASP 369 1_555 DA CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? metalc ? metalc64 C OD2 ASP 369 A ASP 369 1_555 DA CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc65 C O SER 370 A SER 370 1_555 DA CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc66 C OD1 ASN 373 A ASN 373 1_555 DA CA CA . A CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc67 C OD1 ASP 388 A ASP 388 1_555 CA CA CA . A CA 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? metalc ? metalc68 C O PHE 407 A PHE 407 1_555 AA CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? metalc ? metalc69 C O LEU 410 A LEU 410 1_555 AA CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc70 C OE2 GLU 411 A GLU 411 1_555 AA CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7D56 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005011 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003056 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00867 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009162 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 BFB C 1 701 800 BFB BFB . E 3 CA C 1 702 901 CA CA . F 3 CA C 1 703 902 CA CA . G 3 CA C 1 704 903 CA CA . H 3 CA C 1 705 904 CA CA . I 3 CA C 1 706 905 CA CA . J 4 CL C 1 707 9 CL CL . K 4 CL C 1 708 10 CL CL . L 4 CL C 1 709 11 CL CL . M 4 CL C 1 710 12 CL CL . N 5 EDO C 1 711 2 EDO EDO . O 5 EDO C 1 712 3 EDO EDO . P 2 BFB B 1 701 800 BFB BFB . Q 3 CA B 1 702 901 CA CA . R 3 CA B 1 703 902 CA CA . S 3 CA B 1 704 903 CA CA . T 3 CA B 1 705 904 CA CA . U 3 CA B 1 706 905 CA CA . V 4 CL B 1 707 3 CL CL . W 4 CL B 1 708 4 CL CL . X 4 CL B 1 709 5 CL CL . Y 4 CL B 1 710 7 CL CL . Z 2 BFB A 1 701 800 BFB BFB . AA 3 CA A 1 702 901 CA CA . BA 3 CA A 1 703 902 CA CA . CA 3 CA A 1 704 903 CA CA . DA 3 CA A 1 705 904 CA CA . EA 3 CA A 1 706 905 CA CA . FA 4 CL A 1 707 1 CL CL . GA 4 CL A 1 708 2 CL CL . HA 4 CL A 1 709 6 CL CL . IA 4 CL A 1 710 8 CL CL . JA 5 EDO A 1 711 1 EDO EDO . KA 6 GOL A 1 712 1 GOL GOL . LA 7 HOH C 1 801 19 HOH HOH . LA 7 HOH C 2 802 10 HOH HOH . LA 7 HOH C 3 803 7 HOH HOH . LA 7 HOH C 4 804 26 HOH HOH . LA 7 HOH C 5 805 16 HOH HOH . LA 7 HOH C 6 806 23 HOH HOH . MA 7 HOH B 1 801 25 HOH HOH . MA 7 HOH B 2 802 18 HOH HOH . MA 7 HOH B 3 803 29 HOH HOH . MA 7 HOH B 4 804 30 HOH HOH . NA 7 HOH A 1 801 24 HOH HOH . NA 7 HOH A 2 802 27 HOH HOH . NA 7 HOH A 3 803 28 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id S _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 20.588 _atom_site.Cartn_y -22.587 _atom_site.Cartn_z 45.263 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 87.71 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 704 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 38 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 356 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #