data_7DAD # _model_server_result.job_id '_so6mDYnNp6Kp035bj1Nng' _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 01:19:17' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7dad # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":501}' # _entry.id 7DAD # _exptl.entry_id 7DAD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7DAD _cell.length_a 105.163 _cell.length_b 158.506 _cell.length_c 181.605 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7DAD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 R N N ? 5 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc11 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.102 ? metalc ? metalc12 B OE2 GLU 111 B GLU 111 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc13 L O1A GDP . B GDP 501 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc16 C O THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc17 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc18 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc19 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc20 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc21 R O1G GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc22 R O1B GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc23 F OE1 GLU 331 F GLU 331 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc24 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc25 F OD1 ASN 333 F ASN 333 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc26 W O2G ACP . F ACP 401 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc27 W O2B ACP . F ACP 401 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 301 n n PG O2G GTP sing 302 n n PG O3G GTP sing 303 n n PG O3B GTP sing 304 n n O2G HOG2 GTP sing 305 n n O3G HOG3 GTP sing 306 n n O3B PB GTP sing 307 n n PB O1B GTP doub 308 n n PB O2B GTP sing 309 n n PB O3A GTP sing 310 n n O2B HOB2 GTP sing 311 n n O3A PA GTP sing 312 n n PA O1A GTP doub 313 n n PA O2A GTP sing 314 n n PA O5' GTP sing 315 n n O2A HOA2 GTP sing 316 n n O5' C5' GTP sing 317 n n C5' C4' GTP sing 318 n n C5' H5' GTP sing 319 n n C5' "H5''" GTP sing 320 n n C4' O4' GTP sing 321 n n C4' C3' GTP sing 322 n n C4' H4' GTP sing 323 n n O4' C1' GTP sing 324 n n C3' O3' GTP sing 325 n n C3' C2' GTP sing 326 n n C3' H3' GTP sing 327 n n O3' HO3' GTP sing 328 n n C2' O2' GTP sing 329 n n C2' C1' GTP sing 330 n n C2' H2' GTP sing 331 n n O2' HO2' GTP sing 332 n n C1' N9 GTP sing 333 n n C1' H1' GTP sing 334 n n N9 C8 GTP sing 335 n y N9 C4 GTP sing 336 n y C8 N7 GTP doub 337 n y C8 H8 GTP sing 338 n n N7 C5 GTP sing 339 n y C5 C6 GTP sing 340 n n C5 C4 GTP doub 341 n y C6 O6 GTP doub 342 n n C6 N1 GTP sing 343 n n N1 C2 GTP sing 344 n n N1 HN1 GTP sing 345 n n C2 N2 GTP sing 346 n n C2 N3 GTP doub 347 n n N2 HN21 GTP sing 348 n n N2 HN22 GTP sing 349 n n N3 C4 GTP sing 350 n n # _atom_sites.entry_id 7DAD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009509 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006309 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005506 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 8 CL A 1 504 504 CL CL . K 7 CA A 1 505 505 CA CA . L 9 GDP B 1 501 499 GDP GDP . M 6 MG B 1 502 500 MG MG . N 7 CA B 1 503 501 CA CA . O 10 MES B 1 504 502 MES MES . P 10 MES B 1 505 503 MES MES . Q 6 MG B 1 506 504 MG MG . R 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . S 6 MG C 1 502 502 MG MG . T 7 CA C 1 503 503 CA CA . U 5 GTP D 1 501 499 GTP GTP . V 11 EPD D 1 502 1 EPD EPD . W 12 ACP F 1 401 703 ACP ACP . X 6 MG F 1 402 1 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . U 5 26.637 -11.215 -44.999 1 165.68 ? PG GTP 501 D 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . U 5 27.121 -12.602 -44.72 1 70.02 ? O1G GTP 501 D 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . U 5 27.743 -10.5 -45.717 1 71.58 ? O2G GTP 501 D 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . U 5 25.374 -11.216 -45.826 1 80.79 ? O3G GTP 501 D 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . U 5 26.413 -10.546 -43.563 1 67.8 ? O3B GTP 501 D 1 HETATM 6 P PB GTP . . . U 5 25.083 -9.701 -43.189 1 44.29 ? PB GTP 501 D 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . U 5 25.417 -8.663 -42.134 1 76.96 ? O1B GTP 501 D 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . U 5 24.459 -9.016 -44.394 1 68.05 ? O2B GTP 501 D 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . U 5 24.129 -10.821 -42.526 1 65.35 ? O3A GTP 501 D 1 HETATM 10 P PA GTP . . . U 5 22.538 -10.616 -42.519 1 44.1 ? PA GTP 501 D 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . U 5 22.191 -9.399 -41.69 1 70.25 ? O1A GTP 501 D 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . U 5 21.998 -10.445 -43.925 1 76.41 ? O2A GTP 501 D 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . U 5 21.981 -12.017 -41.931 1 48.97 ? O5' GTP 501 D 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . U 5 22.023 -12.452 -40.596 1 40.52 ? C5' GTP 501 D 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . U 5 20.639 -12.438 -39.948 1 42.02 ? C4' GTP 501 D 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . U 5 19.93 -11.334 -40.439 1 49.66 ? O4' GTP 501 D 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . U 5 19.744 -13.635 -40.195 1 40.45 ? C3' GTP 501 D 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . U 5 19.331 -14.182 -38.965 1 46.76 ? O3' GTP 501 D 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . U 5 18.525 -13.088 -40.908 1 48.61 ? C2' GTP 501 D 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . U 5 17.344 -13.731 -40.473 1 57.05 ? O2' GTP 501 D 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . U 5 18.562 -11.637 -40.502 1 46.45 ? C1' GTP 501 D 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . U 5 17.955 -10.685 -41.448 1 46.65 ? N9 GTP 501 D 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . U 5 18.358 -10.362 -42.708 1 47.89 ? C8 GTP 501 D 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . U 5 17.533 -9.396 -43.192 1 49.58 ? N7 GTP 501 D 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . U 5 16.628 -9.084 -42.244 1 49.58 ? C5 GTP 501 D 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . U 5 15.572 -8.176 -42.205 1 51.62 ? C6 GTP 501 D 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . U 5 15.318 -7.457 -43.176 1 43.07 ? O6 GTP 501 D 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . U 5 14.812 -8.087 -41.055 1 49.53 ? N1 GTP 501 D 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . U 5 15.105 -8.895 -39.969 1 44.48 ? C2 GTP 501 D 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . U 5 14.372 -8.819 -38.87 1 41.56 ? N2 GTP 501 D 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . U 5 16.15 -9.788 -40.006 1 44.03 ? N3 GTP 501 D 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . U 5 16.897 -9.878 -41.134 1 52.24 ? C4 GTP 501 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 32 _model_server_stats.query_time_ms 291 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 32 #