data_7DAD
#
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_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 01:24:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7dad 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":503}' 
#
_entry.id    7DAD 
#
_exptl.entry_id    7DAD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7DAD 
_cell.length_a            105.163 
_cell.length_b            158.506 
_cell.length_c            181.605 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7DAD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 I N N 
? 7 K N N 
? 7 N N N 
? 7 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc10 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc11 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.102 ? 
metalc ? metalc12 B OE2 GLU 111 B GLU 111 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? 
metalc ? metalc13 L O1A GDP . B GDP 501 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc15 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc16 C O THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? 
metalc ? metalc17 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc18 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc19 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc20 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc21 R O1G GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc22 R O1B GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc23 F OE1 GLU 331 F GLU 331 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? 
metalc ? metalc24 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? 
metalc ? metalc25 F OD1 ASN 333 F ASN 333 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? 
metalc ? metalc26 W O2G ACP . F ACP 401 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc27 W O2B ACP . F ACP 401 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7DAD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009509 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006309 
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_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005506 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 CL A 1 504 504 CL CL . 
K 7 CA A 1 505 505 CA CA . 
L 9 GDP B 1 501 499 GDP GDP . 
M 6 MG B 1 502 500 MG MG . 
N 7 CA B 1 503 501 CA CA . 
O 10 MES B 1 504 502 MES MES . 
P 10 MES B 1 505 503 MES MES . 
Q 6 MG B 1 506 504 MG MG . 
R 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
S 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
T 7 CA C 1 503 503 CA CA . 
U 5 GTP D 1 501 499 GTP GTP . 
V 11 EPD D 1 502 1 EPD EPD . 
W 12 ACP F 1 401 703 ACP ACP . 
X 6 MG F 1 402 1 MG MG . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         T 
_atom_site.label_entity_id       7 
_atom_site.Cartn_x               14.567 
_atom_site.Cartn_y               55.513 
_atom_site.Cartn_z               -11.543 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        47.87 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           503 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              15 
_model_server_stats.parse_time_ms           22 
_model_server_stats.create_model_time_ms    60 
_model_server_stats.query_time_ms           284 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#