data_7DAD # _model_server_result.job_id 7dBWIMBaqNPxwzvu8bzudw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 15:10:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7dad # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":506}' # _entry.id 7DAD # _exptl.entry_id 7DAD _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7DAD _cell.length_a 105.163 _cell.length_b 158.506 _cell.length_c 181.605 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7DAD _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 H N N ? 6 M N N ? 6 Q N N ? 6 S N N ? 6 X N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc11 B OE1 GLU 111 B GLU 111 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.102 ? metalc ? metalc12 B OE2 GLU 111 B GLU 111 1_555 N CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.581 ? metalc ? metalc13 L O1A GDP . B GDP 501 1_555 M MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc16 C O THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc17 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc18 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc19 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc20 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc21 R O1G GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc22 R O1B GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc23 F OE1 GLU 331 F GLU 331 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc24 F OE2 GLU 331 F GLU 331 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc25 F OD1 ASN 333 F ASN 333 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc26 W O2G ACP . F ACP 401 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc27 W O2B ACP . F ACP 401 1_555 X MG MG . F MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7DAD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009509 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006309 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005506 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 8 CL A 1 504 504 CL CL . K 7 CA A 1 505 505 CA CA . L 9 GDP B 1 501 499 GDP GDP . M 6 MG B 1 502 500 MG MG . N 7 CA B 1 503 501 CA CA . O 10 MES B 1 504 502 MES MES . P 10 MES B 1 505 503 MES MES . Q 6 MG B 1 506 504 MG MG . R 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . S 6 MG C 1 502 502 MG MG . T 7 CA C 1 503 503 CA CA . U 5 GTP D 1 501 499 GTP GTP . V 11 EPD D 1 502 1 EPD EPD . W 12 ACP F 1 401 703 ACP ACP . X 6 MG F 1 402 1 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 39.729 _atom_site.Cartn_y 60.862 _atom_site.Cartn_z 12.999 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 68.91 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 506 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 74 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 62 _model_server_stats.query_time_ms 594 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #