data_7DBB
#
_model_server_result.job_id            Mge1uuJd-nxcPOmAZtgkgA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 07:57:33' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7dbb 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    7DBB 
#
_exptl.entry_id    7DBB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7DBB 
_cell.length_a            105 
_cell.length_b            157.573 
_cell.length_c            181.629 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7DBB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 R N N 
? 5 V N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.851 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc10 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc11 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc12 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc13 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc14 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? 
metalc ? metalc15 C O THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? 
metalc ? metalc16 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? 
metalc ? metalc17 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc18 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc19 R O1G GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? 
metalc ? metalc20 R O1B GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? 
metalc ? metalc21 U MG MG . D MG 601 1_555 V O3G GTP . D GTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc22 U MG MG . D MG 601 1_555 V O2B GTP . D GTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 225 n n 
PG O2G GTP sing 226 n n 
PG O3G GTP sing 227 n n 
PG O3B GTP sing 228 n n 
O2G HOG2 GTP sing 229 n n 
O3G HOG3 GTP sing 230 n n 
O3B PB GTP sing 231 n n 
PB O1B GTP doub 232 n n 
PB O2B GTP sing 233 n n 
PB O3A GTP sing 234 n n 
O2B HOB2 GTP sing 235 n n 
O3A PA GTP sing 236 n n 
PA O1A GTP doub 237 n n 
PA O2A GTP sing 238 n n 
PA O5' GTP sing 239 n n 
O2A HOA2 GTP sing 240 n n 
O5' C5' GTP sing 241 n n 
C5' C4' GTP sing 242 n n 
C5' H5' GTP sing 243 n n 
C5' "H5''" GTP sing 244 n n 
C4' O4' GTP sing 245 n n 
C4' C3' GTP sing 246 n n 
C4' H4' GTP sing 247 n n 
O4' C1' GTP sing 248 n n 
C3' O3' GTP sing 249 n n 
C3' C2' GTP sing 250 n n 
C3' H3' GTP sing 251 n n 
O3' HO3' GTP sing 252 n n 
C2' O2' GTP sing 253 n n 
C2' C1' GTP sing 254 n n 
C2' H2' GTP sing 255 n n 
O2' HO2' GTP sing 256 n n 
C1' N9 GTP sing 257 n n 
C1' H1' GTP sing 258 n n 
N9 C8 GTP sing 259 n y 
N9 C4 GTP sing 260 n y 
C8 N7 GTP doub 261 n y 
C8 H8 GTP sing 262 n n 
N7 C5 GTP sing 263 n y 
C5 C6 GTP sing 264 n n 
C5 C4 GTP doub 265 n y 
C6 O6 GTP doub 266 n n 
C6 N1 GTP sing 267 n n 
N1 C2 GTP sing 268 n n 
N1 HN1 GTP sing 269 n n 
C2 N2 GTP sing 270 n n 
C2 N3 GTP doub 271 n n 
N2 HN21 GTP sing 272 n n 
N2 HN22 GTP sing 273 n n 
N3 C4 GTP sing 274 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7DBB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009524 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006346 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005506 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 7 CA A 1 504 505 CA CA . 
K 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . 
L 6 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 7 CA B 1 503 503 CA CA . 
N 9 MES B 1 504 504 MES MES . 
O 9 MES B 1 505 505 MES MES . 
P 6 MG B 1 506 506 MG MG . 
Q 10 H1F B 1 507 601 H1F SSE . 
R 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . 
S 6 MG C 1 502 502 MG MG . 
T 7 CA C 1 503 503 CA CA . 
U 6 MG D 1 601 601 MG MG . 
V 5 GTP D 1 602 701 GTP GTP . 
W 11 ACP F 1 401 703 ACP ACP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . R 5 20.525 18.703 -17.006 1 29.97 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . R 5 19.542 19.243 -18.12 1 31.69 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . R 5 21.941 19.093 -17.389 1 30.95 -1 O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . R 5 20.574 17.229 -16.72 1 19.2 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . R 5 20.182 19.471 -15.567 1 30.08 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . R 5 18.888 20.539 -15.55 1 22.48 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . R 5 18.415 20.95 -16.987 1 47.99 -1 O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . R 5 19.216 21.64 -14.615 1 29.07 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . R 5 17.744 19.541 -14.972 1 40.01 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . R 5 16.218 19.949 -14.603 1 22.03 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . R 5 15.333 19.536 -15.767 1 33.63 -1 O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . R 5 16.192 21.416 -14.23 1 30.9 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . R 5 15.993 19.026 -13.272 1 31.27 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . R 5 15.233 17.89 -13.331 1 37.16 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . R 5 14.276 18.09 -12.123 1 32.06 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . R 5 13.873 19.355 -12.161 1 30.06 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . R 5 13.052 17.212 -12.21 1 29.59 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . R 5 12.733 16.86 -10.931 1 32.03 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . R 5 12.041 18.218 -12.823 1 31.15 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . R 5 10.619 17.857 -12.598 1 30.66 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . R 5 12.281 19.317 -12.197 1 32.45 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . R 5 11.874 20.435 -13.028 1 33.02 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . R 5 12.359 20.596 -14.283 1 23.73 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . R 5 11.783 21.724 -14.773 1 31.35 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . R 5 10.974 22.244 -13.85 1 22.56 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . R 5 10.066 23.493 -13.831 1 27.4 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . R 5 9.972 24.253 -14.776 1 28.19 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . R 5 9.32 23.748 -12.63 1 24.82 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . R 5 9.401 22.87 -11.493 1 26.74 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . R 5 8.647 23.12 -10.274 1 26.58 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . R 5 10.258 21.69 -11.558 1 29.99 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . R 5 11.039 21.42 -12.768 1 27.01 ? C4 GTP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              33 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    16 
_model_server_stats.query_time_ms           230 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           32 
#