data_7DBB # _model_server_result.job_id a2bX0Jzl2Pfe49riftN4FQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 00:26:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7dbb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":602}' # _entry.id 7DBB # _exptl.entry_id 7DBB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7DBB _cell.length_a 105 _cell.length_b 157.573 _cell.length_c 181.629 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7DBB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 R N N ? 5 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.851 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc11 B OE1 GLU 111 B GLU 113 1_555 M CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc12 K O1A GDP . B GDP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc14 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? metalc ? metalc15 C O THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc16 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? metalc ? metalc17 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc18 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 T CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc19 R O1G GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc20 R O1B GTP . C GTP 501 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.899 ? metalc ? metalc21 U MG MG . D MG 601 1_555 V O3G GTP . D GTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc22 U MG MG . D MG 601 1_555 V O2B GTP . D GTP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 225 n n PG O2G GTP sing 226 n n PG O3G GTP sing 227 n n PG O3B GTP sing 228 n n O2G HOG2 GTP sing 229 n n O3G HOG3 GTP sing 230 n n O3B PB GTP sing 231 n n PB O1B GTP doub 232 n n PB O2B GTP sing 233 n n PB O3A GTP sing 234 n n O2B HOB2 GTP sing 235 n n O3A PA GTP sing 236 n n PA O1A GTP doub 237 n n PA O2A GTP sing 238 n n PA O5' GTP sing 239 n n O2A HOA2 GTP sing 240 n n O5' C5' GTP sing 241 n n C5' C4' GTP sing 242 n n C5' H5' GTP sing 243 n n C5' "H5''" GTP sing 244 n n C4' O4' GTP sing 245 n n C4' C3' GTP sing 246 n n C4' H4' GTP sing 247 n n O4' C1' GTP sing 248 n n C3' O3' GTP sing 249 n n C3' C2' GTP sing 250 n n C3' H3' GTP sing 251 n n O3' HO3' GTP sing 252 n n C2' O2' GTP sing 253 n n C2' C1' GTP sing 254 n n C2' H2' GTP sing 255 n n O2' HO2' GTP sing 256 n n C1' N9 GTP sing 257 n n C1' H1' GTP sing 258 n n N9 C8 GTP sing 259 n y N9 C4 GTP sing 260 n y C8 N7 GTP doub 261 n y C8 H8 GTP sing 262 n n N7 C5 GTP sing 263 n y C5 C6 GTP sing 264 n n C5 C4 GTP doub 265 n y C6 O6 GTP doub 266 n n C6 N1 GTP sing 267 n n N1 C2 GTP sing 268 n n N1 HN1 GTP sing 269 n n C2 N2 GTP sing 270 n n C2 N3 GTP doub 271 n n N2 HN21 GTP sing 272 n n N2 HN22 GTP sing 273 n n N3 C4 GTP sing 274 n n # _atom_sites.entry_id 7DBB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009524 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006346 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005506 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 7 CA A 1 504 505 CA CA . K 8 GDP B 1 501 501 GDP GDP . L 6 MG B 1 502 502 MG MG . M 7 CA B 1 503 503 CA CA . N 9 MES B 1 504 504 MES MES . O 9 MES B 1 505 505 MES MES . P 6 MG B 1 506 506 MG MG . Q 10 H1F B 1 507 601 H1F SSE . R 5 GTP C 1 501 501 GTP GTP . S 6 MG C 1 502 502 MG MG . T 7 CA C 1 503 503 CA CA . U 6 MG D 1 601 601 MG MG . V 5 GTP D 1 602 701 GTP GTP . W 11 ACP F 1 401 703 ACP ACP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . V 5 26.756 -11.534 -45.112 1 122.35 ? PG GTP 602 D 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . V 5 27.205 -12.846 -44.484 1 54.24 ? O1G GTP 602 D 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . V 5 27.893 -10.835 -45.817 1 67.28 ? O2G GTP 602 D 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . V 5 25.603 -11.661 -46.119 1 56.67 ? O3G GTP 602 D 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . V 5 26.401 -10.607 -43.794 1 65.83 ? O3B GTP 602 D 1 HETATM 6 P PB GTP . . . V 5 24.959 -9.845 -43.729 1 71.11 ? PB GTP 602 D 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . V 5 25.127 -8.562 -42.978 1 69.96 ? O1B GTP 602 D 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . V 5 24.364 -9.597 -45.107 1 75.83 ? O2B GTP 602 D 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . V 5 24.125 -10.955 -42.878 1 55.3 ? O3A GTP 602 D 1 HETATM 10 P PA GTP . . . V 5 22.487 -11.003 -42.786 1 56.66 ? PA GTP 602 D 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . V 5 21.884 -11.7 -44.006 1 79.59 ? O1A GTP 602 D 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . V 5 21.955 -9.588 -42.667 1 56.62 ? O2A GTP 602 D 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . V 5 22.393 -11.848 -41.389 1 61.28 ? O5' GTP 602 D 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . V 5 21.848 -13.094 -41.291 1 55.46 ? C5' GTP 602 D 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . V 5 20.639 -12.899 -40.315 1 51.56 ? C4' GTP 602 D 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . V 5 19.971 -11.85 -40.713 1 44.96 ? O4' GTP 602 D 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . V 5 19.654 -14.044 -40.407 1 50.14 ? C3' GTP 602 D 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . V 5 19.498 -14.582 -39.173 1 47.41 ? O3' GTP 602 D 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . V 5 18.339 -13.393 -40.923 1 60.19 ? C2' GTP 602 D 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . V 5 17.168 -14.18 -40.413 1 63.38 ? O2' GTP 602 D 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . V 5 18.419 -12.168 -40.512 1 44.87 ? C1' GTP 602 D 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . V 5 17.806 -11.182 -41.399 1 52.19 ? N9 GTP 602 D 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . V 5 18.338 -10.94 -42.636 1 49.38 ? C8 GTP 602 D 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . V 5 17.592 -9.961 -43.229 1 45.78 ? N7 GTP 602 D 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . V 5 16.626 -9.599 -42.383 1 42.71 ? C5 GTP 602 D 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . V 5 15.489 -8.552 -42.51 1 50.96 ? C6 GTP 602 D 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . V 5 15.367 -7.887 -43.499 1 61.62 ? O6 GTP 602 D 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . V 5 14.577 -8.361 -41.402 1 51.88 ? N1 GTP 602 D 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . V 5 14.737 -9.153 -40.197 1 48.85 ? C2 GTP 602 D 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . V 5 13.8 -8.98 -39.104 1 51.66 ? N2 GTP 602 D 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . V 5 15.836 -10.158 -40.09 1 43.22 ? N3 GTP 602 D 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . V 5 16.767 -10.359 -41.231 1 45.47 ? C4 GTP 602 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 41 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 332 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 32 #