data_7DKF # _model_server_result.job_id Jz4F9mNv9ND8bgNNatiqbA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 02:35:34' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7dkf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"IC","auth_seq_id":201}' # _entry.id 7DKF # _exptl.entry_id 7DKF _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 71 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7DKF _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7DKF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 80-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 80 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 71 IC N N ? 71 OC N N ? 71 RC N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 H SG CYS 37 H1 CYS 24 1_555 H SG CYS 81 H1 CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf2 H SG CYS 53 H1 CYS 40 1_555 H SG CYS 67 H1 CYS 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf3 P SG CYS 144 Q1 CYS 144 1_555 P SG CYS 160 Q1 CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 S SG CYS 37 T1 CYS 24 1_555 S SG CYS 81 T1 CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf5 S SG CYS 53 T1 CYS 40 1_555 S SG CYS 67 T1 CYS 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf6 KA SG CYS 32 H2 CYS 33 1_555 KA SG CYS 65 H2 CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf7 KA SG CYS 42 H2 CYS 43 1_555 KA SG CYS 55 H2 CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf8 SA SG CYS 45 Q2 CYS 46 1_555 SA SG CYS 55 Q2 CYS 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 SA SG CYS 87 Q2 CYS 88 1_555 SA SG CYS 99 Q2 CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf10 VA SG CYS 17 T2 CYS 18 1_555 VA SG CYS 74 T2 CYS 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 VA SG CYS 94 T2 CYS 95 1_555 VA SG CYS 114 T2 CYS 115 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf12 FB SG CYS 58 d2 CYS 59 1_555 FB SG CYS 89 d2 CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf13 MB SG CYS 113 g2 CYS 113 1_555 MB SG CYS 125 g2 CYS 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf14 WB SG CYS 30 H3 CYS 29 1_555 WB SG CYS 65 H3 CYS 64 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? disulf ? disulf15 WB SG CYS 40 H3 CYS 39 1_555 WB SG CYS 54 H3 CYS 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? covale ? covale1 D SG CYS 121 D1 CYS 37 1_555 EC CAB HEC . D1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.843 ? covale ? covale2 D SG CYS 124 D1 CYS 40 1_555 EC CAC HEC . D1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.838 ? covale ? covale3 O SG CYS 121 P1 CYS 37 1_555 HC CAB HEC . P1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? covale ? covale4 O SG CYS 124 P1 CYS 40 1_555 HC CAC HEC . P1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.857 ? covale ? covale5 EA NH1 ARG 233 B2 ARG 266 1_555 SC O22 3PE . B2 3PE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.277 ? metalc ? metalc1 C NE2 HIS 83 C1 HIS 83 1_555 CC FE HEM . C1 HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc2 C NE2 HIS 97 C1 HIS 97 1_555 DC FE HEM . C1 HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc3 C NE2 HIS 182 C1 HIS 182 1_555 CC FE HEM . C1 HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc4 C NE2 HIS 196 C1 HIS 196 1_555 DC FE HEM . C1 HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc5 D NE2 HIS 125 D1 HIS 41 1_555 EC FE HEC . D1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc6 D SD MET 244 D1 MET 160 1_555 EC FE HEC . D1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc7 N NE2 HIS 83 O1 HIS 83 1_555 FC FE HEM . O1 HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? metalc ? metalc8 N NE2 HIS 97 O1 HIS 97 1_555 GC FE HEM . O1 HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc9 N NE2 HIS 182 O1 HIS 182 1_555 FC FE HEM . O1 HEM 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc10 N NE2 HIS 196 O1 HIS 196 1_555 GC FE HEM . O1 HEM 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc11 O NE2 HIS 125 P1 HIS 41 1_555 HC FE HEC . P1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? metalc ? metalc12 O SD MET 244 P1 MET 160 1_555 HC FE HEC . P1 HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc13 P SG CYS 139 Q1 CYS 139 1_555 IC FE1 FES . Q1 FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc14 P ND1 HIS 141 Q1 HIS 141 1_555 IC FE2 FES . Q1 FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc15 P SG CYS 158 Q1 CYS 158 1_555 IC FE1 FES . Q1 FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc16 P ND1 HIS 161 Q1 HIS 161 1_555 IC FE2 FES . Q1 FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc17 CA OG1 THR 105 92 THR 137 1_555 OC FE1 FES . 92 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? metalc ? metalc18 DA N CYS 55 A2 CYS 78 1_555 RC FE2 FES . A2 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc19 DA SG CYS 55 A2 CYS 78 1_555 RC FE2 FES . A2 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc20 DA SG CYS 69 A2 CYS 92 1_555 RC FE1 FES . A2 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc21 DA SG CYS 114 A2 CYS 137 1_555 PC FE1 SF4 . A2 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc22 DA SG CYS 156 A2 CYS 179 1_555 QC FE3 SF4 . A2 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc23 HA N CYS 80 E2 CYS 116 1_555 VC FE4 SF4 . E2 SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc24 HA N CYS 119 E2 CYS 155 1_555 UC FE2 SF4 . E2 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc25 LA NE2 HIS 68 I2 HIS 96 1_555 WC ZN ZN . I2 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc26 LA SG CYS 87 I2 CYS 115 1_555 WC ZN ZN . I2 ZN 300 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc27 PB NE2 HIS 61 A3 HIS 61 1_555 AD FE HEA . A3 HEA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.834 ? metalc ? metalc28 PB ND1 HIS 240 A3 HIS 240 1_555 CD CU CU . A3 CU 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.851 ? metalc ? metalc29 PB NE2 HIS 290 A3 HIS 290 1_555 CD CU CU . A3 CU 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc30 PB NE2 HIS 291 A3 HIS 291 1_555 CD CU CU . A3 CU 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc31 PB OD2 ASP 369 A3 ASP 369 1_555 DD MG MG . A3 MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc32 PB NE2 HIS 376 A3 HIS 376 1_555 BD FE HEA . A3 HEA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc33 PB NE2 HIS 378 A3 HIS 378 1_555 AD FE HEA . A3 HEA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? metalc ? metalc34 DD MG MG . A3 MG 604 1_555 QB OE1 GLU 198 B3 GLU 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc35 QB ND1 HIS 161 B3 HIS 161 1_555 ED CU CU . B3 CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.889 ? metalc ? metalc36 QB SG CYS 196 B3 CYS 196 1_555 ED CU CU . B3 CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc37 QB SG CYS 196 B3 CYS 196 1_555 FD CU CU . B3 CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc38 QB O GLU 198 B3 GLU 198 1_555 FD CU CU . B3 CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc39 QB SG CYS 200 B3 CYS 200 1_555 ED CU CU . B3 CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc40 QB SG CYS 200 B3 CYS 200 1_555 FD CU CU . B3 CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc41 QB ND1 HIS 204 B3 HIS 204 1_555 FD CU CU . B3 CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc42 QB SD MET 207 B3 MET 207 1_555 ED CU CU . B3 CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? metalc ? metalc43 ED CU CU . B3 CU 301 1_555 FD CU CU . B3 CU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc44 UB SG CYS 91 F3 CYS 60 1_555 GD ZN ZN . F3 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc45 UB SG CYS 93 F3 CYS 62 1_555 GD ZN ZN . F3 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc46 UB SG CYS 113 F3 CYS 82 1_555 GD ZN ZN . F3 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc47 UB SG CYS 116 F3 CYS 85 1_555 GD ZN ZN . F3 ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7DKF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CC 69 HEM C1 1 401 380 HEM HEM . DC 69 HEM C1 1 402 381 HEM HEM . EC 70 HEC D1 1 301 242 HEC HEC . FC 69 HEM O1 1 401 380 HEM HEM . GC 69 HEM O1 1 402 381 HEM HEM . HC 70 HEC P1 1 301 242 HEC HEC . IC 71 FES Q1 1 201 197 FES FES . JC 72 3PE 22 1 401 401 3PE 3PE . KC 73 CDL 42 1 501 501 CDL CDL . LC 72 3PE 42 1 502 502 3PE 3PE . MC 74 FMN 82 1 501 501 FMN FMN . NC 75 SF4 82 1 502 502 SF4 SF4 . OC 71 FES 92 1 301 301 FES FES . PC 75 SF4 A2 1 801 801 SF4 SF4 . QC 75 SF4 A2 1 802 802 SF4 SF4 . RC 71 FES A2 1 803 803 FES FES . SC 72 3PE B2 1 501 501 3PE 3PE . TC 75 SF4 D2 1 301 301 SF4 SF4 . UC 75 SF4 E2 1 301 301 SF4 SF4 . VC 75 SF4 E2 1 302 302 SF4 SF4 . WC 76 ZN I2 1 300 300 ZN ZN . XC 77 NAP R2 1 601 601 NAP NAP . YC 78 PC1 S2 1 401 401 PC1 PC1 . ZC 78 PC1 j2 1 201 201 PC1 PC1 . AD 79 HEA A3 1 601 515 HEA HEA . BD 79 HEA A3 1 602 516 HEA HEA . CD 80 CU A3 1 603 517 CU CU . DD 81 MG A3 1 604 518 MG MG . ED 80 CU B3 1 301 228 CU CU . FD 80 CU B3 1 302 229 CU CU . GD 76 ZN F3 1 101 99 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . IC 71 248.451 274.82 186.975 1 4.16 ? FE1 FES 201 Q1 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . IC 71 246.126 276.2 186.765 1 6.96 ? FE2 FES 201 Q1 1 HETATM 3 S S1 FES . . . IC 71 247.956 276.926 187.854 1 5.52 ? S1 FES 201 Q1 1 HETATM 4 S S2 FES . . . IC 71 246.522 274.107 185.843 1 5.65 ? S2 FES 201 Q1 1 # _model_server_stats.io_time_ms 162 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 336 _model_server_stats.query_time_ms 247 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 4 #