data_7DWQ
#
_model_server_result.job_id            XHUaPXkgODmD8aKlnpdiuw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-04 22:47:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7dwq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"JA","auth_seq_id":1126}' 
#
_entry.id    7DWQ 
#
_exptl.entry_id    7DWQ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              895.462 
_entity.id                          11 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CHLOROPHYLL D' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    76 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7DWQ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7DWQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    decameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      10 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 11 K N N 
? 11 L N N 
? 11 M N N 
? 11 N N N 
? 11 O N N 
? 11 P N N 
? 11 Q N N 
? 11 R N N 
? 11 S N N 
? 11 T N N 
? 11 U N N 
? 11 V N N 
? 11 W N N 
? 11 X N N 
? 11 Y N N 
? 11 Z N N 
? 11 AA N N 
? 11 BA N N 
? 11 CA N N 
? 11 DA N N 
? 11 EA N N 
? 11 FA N N 
? 11 GA N N 
? 11 HA N N 
? 11 IA N N 
? 11 JA N N 
? 11 KA N N 
? 11 LA N N 
? 11 MA N N 
? 11 NA N N 
? 11 OA N N 
? 11 PA N N 
? 11 QA N N 
? 11 RA N N 
? 11 SA N N 
? 11 TA N N 
? 11 UA N N 
? 11 VA N N 
? 11 WA N N 
? 11 XA N N 
? 11 YA N N 
? 11 IB N N 
? 11 JB N N 
? 11 KB N N 
? 11 LB N N 
? 11 MB N N 
? 11 NB N N 
? 11 OB N N 
? 11 PB N N 
? 11 QB N N 
? 11 RB N N 
? 11 SB N N 
? 11 TB N N 
? 11 UB N N 
? 11 VB N N 
? 11 WB N N 
? 11 XB N N 
? 11 YB N N 
? 11 ZB N N 
? 11 AC N N 
? 11 BC N N 
? 11 CC N N 
? 11 DC N N 
? 11 EC N N 
? 11 FC N N 
? 11 GC N N 
? 11 HC N N 
? 11 IC N N 
? 11 JC N N 
? 11 KC N N 
? 11 TC N N 
? 11 UC N N 
? 11 XC N N 
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? 11 DD N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 F SG CYS 31 F CYS 31 1_555 F SG CYS 66 F CYS 66 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
metalc ? metalc1 B OE1 GLN 124 A GLN 124 1_555 R MG CL7 . A CL7 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 576 A CYS 576 1_555 AB FE4 SF4 . A SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 585 A CYS 585 1_555 AB FE3 SF4 . A SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc4 M O1A CL7 . A CL7 1102 1_555 S MG CL7 . A CL7 1109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc5 AB FE2 SF4 . A SF4 3001 1_555 C SG CYS 562 B CYS 562 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc6 AB FE1 SF4 . A SF4 3001 1_555 C SG CYS 571 B CYS 571 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc7 C OD2 ASP 93 B ASP 93 1_555 PB MG CL7 . B CL7 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
metalc ? metalc8 D SG CYS 11 C CYS 11 1_555 SC FE1 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc9 D SG CYS 14 C CYS 14 1_555 SC FE4 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc10 D SG CYS 17 C CYS 17 1_555 SC FE2 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc11 D SG CYS 21 C CYS 21 1_555 RC FE2 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 48 C CYS 48 1_555 RC FE4 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc13 D SG CYS 51 C CYS 51 1_555 RC FE1 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc14 D SG CYS 54 C CYS 54 1_555 RC FE3 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc15 D SG CYS 58 C CYS 58 1_555 SC FE3 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? 
metalc ? metalc16 H OE2 GLU 49 L GLU 49 1_555 XC MG CL7 . L CL7 1501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
#
_chem_comp.formula           'C54 H70 Mg N4 O6' 
_chem_comp.formula_weight    895.462 
_chem_comp.id                CL7 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CHLOROPHYLL D' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O1A CGA CL7 doub 167 n n 
CGA O2A CL7 sing 168 n n 
CGA CBA CL7 sing 169 n n 
O2A C1 CL7 sing 170 n n 
C1 C2 CL7 sing 171 n n 
C2 C3 CL7 doub 172 n n 
C3 C5 CL7 sing 173 n n 
C3 C4 CL7 sing 174 e n 
C5 C6 CL7 sing 175 n n 
C6 C7 CL7 sing 176 n n 
C7 C8 CL7 sing 177 n n 
C8 C10 CL7 sing 178 n n 
C8 C9 CL7 sing 179 n n 
C10 C11 CL7 sing 180 n n 
C11 C12 CL7 sing 181 n n 
C12 C13 CL7 sing 182 n n 
C13 C15 CL7 sing 183 n n 
C13 C14 CL7 sing 184 n n 
C15 C16 CL7 sing 185 n n 
C16 C17 CL7 sing 186 n n 
C17 C18 CL7 sing 187 n n 
C18 C19 CL7 sing 188 n n 
C18 C20 CL7 sing 189 n n 
CBA CAA CL7 sing 190 n n 
CAA C2A CL7 sing 191 n n 
C2A C1A CL7 sing 192 n n 
C2A C3A CL7 sing 193 n n 
C1A CHA CL7 doub 194 n n 
C1A NA CL7 sing 195 n n 
CHA CBD CL7 sing 196 n n 
CHA C4D CL7 sing 197 n n 
CBD CGD CL7 sing 198 n n 
CBD CAD CL7 sing 199 n n 
CGD O2D CL7 sing 200 n n 
CGD O1D CL7 doub 201 n n 
O2D CED CL7 sing 202 n n 
C3A CMA CL7 sing 203 n n 
C3A C4A CL7 sing 204 n n 
C4A NA CL7 sing 205 n n 
C4A CHB CL7 doub 206 n n 
NA MG CL7 sing 207 n n 
CHB C1B CL7 sing 208 n n 
C1B NB CL7 sing 209 n y 
C1B C2B CL7 doub 210 n y 
NB MG CL7 sing 211 n n 
NB C4B CL7 sing 212 n y 
MG ND CL7 sing 213 n n 
MG NC CL7 sing 214 n n 
ND C4D CL7 sing 215 n y 
ND C1D CL7 sing 216 n y 
C4D C3D CL7 doub 217 n y 
C2B CMB CL7 sing 218 n n 
C2B C3B CL7 sing 219 n y 
C3B CAB CL7 sing 220 n n 
C3B C4B CL7 doub 221 n y 
CAB OBB CL7 doub 222 n n 
C4B CHC CL7 sing 223 n n 
CHC C1C CL7 doub 224 n n 
C1C NC CL7 sing 225 n n 
C1C C2C CL7 sing 226 n n 
NC C4C CL7 sing 227 n n 
C2C CMC CL7 sing 228 n n 
C2C C3C CL7 doub 229 n n 
C3C CAC CL7 sing 230 n n 
C3C C4C CL7 sing 231 n n 
CAC CBC CL7 sing 232 n n 
C4C CHD CL7 doub 233 n n 
CHD C1D CL7 sing 234 n n 
C1D C2D CL7 doub 235 n y 
C2D CMD CL7 sing 236 n n 
C2D C3D CL7 sing 237 n y 
C3D CAD CL7 sing 238 n n 
CAD OBD CL7 doub 239 n n 
CAB HAB CL7 sing 240 n n 
CBA HBA1 CL7 sing 241 n n 
CBA HBA2 CL7 sing 242 n n 
C1 H11C CL7 sing 243 n n 
C1 H12C CL7 sing 244 n n 
C2 H2 CL7 sing 245 n n 
C5 H51C CL7 sing 246 n n 
C5 H52C CL7 sing 247 n n 
C4 H41C CL7 sing 248 n n 
C4 H42C CL7 sing 249 n n 
C4 H43C CL7 sing 250 n n 
C6 H61C CL7 sing 251 n n 
C6 H62C CL7 sing 252 n n 
C7 H71C CL7 sing 253 n n 
C7 H72C CL7 sing 254 n n 
C8 H8 CL7 sing 255 n n 
C10 H101 CL7 sing 256 n n 
C10 H102 CL7 sing 257 n n 
C9 H91C CL7 sing 258 n n 
C9 H92C CL7 sing 259 n n 
C9 H93C CL7 sing 260 n n 
C11 H111 CL7 sing 261 n n 
C11 H112 CL7 sing 262 n n 
C12 H121 CL7 sing 263 n n 
C12 H122 CL7 sing 264 n n 
C13 H13 CL7 sing 265 n n 
C15 H151 CL7 sing 266 n n 
C15 H152 CL7 sing 267 n n 
C14 H141 CL7 sing 268 n n 
C14 H142 CL7 sing 269 n n 
C14 H143 CL7 sing 270 n n 
C16 H161 CL7 sing 271 n n 
C16 H162 CL7 sing 272 n n 
C17 H171 CL7 sing 273 n n 
C17 H172 CL7 sing 274 n n 
C18 H18 CL7 sing 275 n n 
C19 H191 CL7 sing 276 n n 
C19 H192 CL7 sing 277 n n 
C19 H193 CL7 sing 278 n n 
C20 H201 CL7 sing 279 n n 
C20 H202 CL7 sing 280 n n 
C20 H203 CL7 sing 281 n n 
CAA HAA1 CL7 sing 282 n n 
CAA HAA2 CL7 sing 283 n n 
C2A H2A CL7 sing 284 n n 
C3A H3A CL7 sing 285 n n 
CBD HBD CL7 sing 286 n n 
CED HED1 CL7 sing 287 n n 
CED HED2 CL7 sing 288 n n 
CED HED3 CL7 sing 289 n n 
CMA HMA1 CL7 sing 290 n n 
CMA HMA2 CL7 sing 291 n n 
CMA HMA3 CL7 sing 292 n n 
CHB HHB CL7 sing 293 n n 
CMB HMB1 CL7 sing 294 n n 
CMB HMB2 CL7 sing 295 n n 
CMB HMB3 CL7 sing 296 n n 
CHC HHC CL7 sing 297 n n 
CMC HMC1 CL7 sing 298 n n 
CMC HMC2 CL7 sing 299 n n 
CMC HMC3 CL7 sing 300 n n 
CAC HAC1 CL7 sing 301 n n 
CAC HAC2 CL7 sing 302 n n 
CBC HBC1 CL7 sing 303 n n 
CBC HBC2 CL7 sing 304 n n 
CBC HBC3 CL7 sing 305 n n 
CHD HHD CL7 sing 306 n n 
CMD HMD1 CL7 sing 307 n n 
CMD HMD2 CL7 sing 308 n n 
CMD HMD3 CL7 sing 309 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7DWQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
K 11 CL7 A 1 1022 1022 CL7 CL7 . 
L 11 CL7 A 1 1101 1101 CL7 CL7 . 
M 11 CL7 A 1 1102 1102 CL7 CL7 . 
N 11 CL7 A 1 1103 1103 CL7 CL7 . 
O 11 CL7 A 1 1104 1104 CL7 CL7 . 
P 11 CL7 A 1 1105 1105 CL7 CL7 . 
Q 11 CL7 A 1 1106 1106 CL7 CL7 . 
R 11 CL7 A 1 1107 1107 CL7 CL7 . 
S 11 CL7 A 1 1109 1109 CL7 CL7 . 
T 11 CL7 A 1 1110 1110 CL7 CL7 . 
U 11 CL7 A 1 1111 1111 CL7 CL7 . 
V 11 CL7 A 1 1112 1112 CL7 CL7 . 
W 11 CL7 A 1 1113 1113 CL7 CL7 . 
X 11 CL7 A 1 1114 1114 CL7 CL7 . 
Y 11 CL7 A 1 1115 1115 CL7 CL7 . 
Z 11 CL7 A 1 1116 1116 CL7 CL7 . 
AA 11 CL7 A 1 1117 1117 CL7 CL7 . 
BA 11 CL7 A 1 1118 1118 CL7 CL7 . 
CA 11 CL7 A 1 1119 1119 CL7 CL7 . 
DA 11 CL7 A 1 1120 1120 CL7 CL7 . 
EA 11 CL7 A 1 1121 1121 CL7 CL7 . 
FA 11 CL7 A 1 1122 1122 CL7 CL7 . 
GA 11 CL7 A 1 1123 1123 CL7 CL7 . 
HA 11 CL7 A 1 1124 1124 CL7 CL7 . 
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