data_7DXB
#
_model_server_result.job_id            fSc_hI6a02ompdTix9kcng 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 16:35:57' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7dxb 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":1106}' 
#
_entry.id    7DXB 
#
_exptl.entry_id    7DXB 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 I N N 
? 5 J N N 
? 5 K N N 
? 5 S N N 
? 5 T N N 
? 5 U N N 
? 5 AA N N 
? 5 BA N N 
? 5 CA N N 
? 5 HA N N 
? 5 IA N N 
? 5 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O GLU 73 A GLU 73 1_555 I CA CA . A CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 73 A GLU 73 1_555 I CA CA . A CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc3 A ND1 HIS 178 A HIS 178 1_555 H ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 182 A CYS 182 1_555 H ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 184 A CYS 184 1_555 H ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 187 A CYS 187 1_555 H ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 440 A GLU 440 1_555 K CA CA . A CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc8 A OE2 GLU 440 A GLU 440 1_555 K CA CA . A CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 443 A GLU 443 1_555 K CA CA . A CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASN 458 A ASN 458 1_555 K CA CA . A CA 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc11 A O GLU 786 A GLU 786 1_555 J CA CA . A CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? 
metalc ? metalc12 A OE1 GLU 789 A GLU 789 1_555 IA CA CA . D CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc13 A OE2 GLU 791 A GLU 791 1_555 J CA CA . A CA 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc14 A OD1 ASP 798 A ASP 798 1_555 I CA CA . A CA 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc15 J CA CA . A CA 906 1_555 B OE1 GLU 789 B GLU 789 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc16 B O GLU 73 B GLU 73 1_555 S CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLU 73 B GLU 73 1_555 S CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc18 B ND1 HIS 178 B HIS 178 1_555 R ZN ZN . B ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 182 B CYS 182 1_555 R ZN ZN . B ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 184 B CYS 184 1_555 R ZN ZN . B ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 187 B CYS 187 1_555 R ZN ZN . B ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc22 B OE1 GLU 440 B GLU 440 1_555 U CA CA . B CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc23 B OE2 GLU 440 B GLU 440 1_555 U CA CA . B CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc24 B OE2 GLU 443 B GLU 443 1_555 U CA CA . B CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc25 B OD1 ASN 458 B ASN 458 1_555 U CA CA . B CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc26 B O GLU 786 B GLU 786 1_555 T CA CA . B CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? 
metalc ? metalc27 B OE2 GLU 791 B GLU 791 1_555 T CA CA . B CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc28 B OD1 ASP 798 B ASP 798 1_555 S CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc29 T CA CA . B CA 1107 1_555 C OE1 GLU 789 C GLU 789 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? 
metalc ? metalc30 C O GLU 73 C GLU 73 1_555 AA CA CA . C CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc31 C OE1 GLU 73 C GLU 73 1_555 AA CA CA . C CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? 
metalc ? metalc32 C ND1 HIS 178 C HIS 178 1_555 Z ZN ZN . C ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc33 C SG CYS 182 C CYS 182 1_555 Z ZN ZN . C ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc34 C SG CYS 184 C CYS 184 1_555 Z ZN ZN . C ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc35 C SG CYS 187 C CYS 187 1_555 Z ZN ZN . C ZN 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc36 C OE1 GLU 440 C GLU 440 1_555 CA CA CA . C CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc37 C OE2 GLU 440 C GLU 440 1_555 CA CA CA . C CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc38 C OE2 GLU 443 C GLU 443 1_555 CA CA CA . C CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc39 C OD1 ASN 458 C ASN 458 1_555 CA CA CA . C CA 1108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? 
metalc ? metalc40 C O GLU 786 C GLU 786 1_555 BA CA CA . C CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? 
metalc ? metalc41 C OE2 GLU 791 C GLU 791 1_555 BA CA CA . C CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc42 C OD1 ASP 798 C ASP 798 1_555 AA CA CA . C CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc43 BA CA CA . C CA 1107 1_555 D OE1 GLU 789 D GLU 789 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc44 D O GLU 73 D GLU 73 1_555 HA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc45 D OE1 GLU 73 D GLU 73 1_555 HA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc46 D ND1 HIS 178 D HIS 178 1_555 GA ZN ZN . D ZN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc47 D SG CYS 182 D CYS 182 1_555 GA ZN ZN . D ZN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc48 D SG CYS 184 D CYS 184 1_555 GA ZN ZN . D ZN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc49 D SG CYS 187 D CYS 187 1_555 GA ZN ZN . D ZN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc50 D OE1 GLU 440 D GLU 440 1_555 JA CA CA . D CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc51 D OE2 GLU 440 D GLU 440 1_555 JA CA CA . D CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc52 D OE2 GLU 443 D GLU 443 1_555 JA CA CA . D CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc53 D OD1 ASN 458 D ASN 458 1_555 JA CA CA . D CA 1107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc54 D O GLU 786 D GLU 786 1_555 IA CA CA . D CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? 
metalc ? metalc55 D OE2 GLU 791 D GLU 791 1_555 IA CA CA . D CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc56 D OD1 ASP 798 D ASP 798 1_555 HA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7DXB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 POV A 1 901 1000 POV POV . 
F 3 Y01 A 1 902 1002 Y01 Y01 . 
G 3 Y01 A 1 903 1004 Y01 Y01 . 
H 4 ZN A 1 904 1005 ZN ZN . 
I 5 CA A 1 905 1007 CA CA . 
J 5 CA A 1 906 1008 CA CA . 
K 5 CA A 1 907 1009 CA CA . 
L 2 POV A 1 908 1000 POV POV . 
M 6 98R A 1 909 1101 98R DAX . 
N 6 98R B 1 1101 1101 98R DAX . 
O 2 POV B 1 1102 1000 POV POV . 
P 3 Y01 B 1 1103 1002 Y01 Y01 . 
Q 3 Y01 B 1 1104 1004 Y01 Y01 . 
R 4 ZN B 1 1105 1005 ZN ZN . 
S 5 CA B 1 1106 1007 CA CA . 
T 5 CA B 1 1107 1008 CA CA . 
U 5 CA B 1 1108 1009 CA CA . 
V 6 98R C 1 1101 1101 98R DAX . 
W 2 POV C 1 1102 1000 POV POV . 
X 3 Y01 C 1 1103 1002 Y01 Y01 . 
Y 3 Y01 C 1 1104 1004 Y01 Y01 . 
Z 4 ZN C 1 1105 1005 ZN ZN . 
AA 5 CA C 1 1106 1007 CA CA . 
BA 5 CA C 1 1107 1008 CA CA . 
CA 5 CA C 1 1108 1009 CA CA . 
DA 6 98R D 1 1101 1101 98R DAX . 
EA 3 Y01 D 1 1102 1002 Y01 Y01 . 
FA 3 Y01 D 1 1103 1004 Y01 Y01 . 
GA 4 ZN D 1 1104 1005 ZN ZN . 
HA 5 CA D 1 1105 1007 CA CA . 
IA 5 CA D 1 1106 1008 CA CA . 
JA 5 CA D 1 1107 1009 CA CA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         S 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               137.724 
_atom_site.Cartn_y               138.704 
_atom_site.Cartn_z               94.49 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        6.89 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1106 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           5 
_model_server_stats.create_model_time_ms    27 
_model_server_stats.query_time_ms           251 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           1 
#