data_7DXF # _model_server_result.job_id HqTaMyt_jqigm9NGoqwwow _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 22:33:11' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7dxf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"OA","auth_seq_id":1007}' # _entry.id 7DXF # _exptl.entry_id 7DXF _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 H N N ? 5 I N N ? 5 M N N ? 5 R N N ? 5 S N N ? 5 W N N ? 5 BA N N ? 5 CA N N ? 5 GA N N ? 5 IA N N ? 5 NA N N ? 5 OA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O GLU 144 A GLU 144 1_555 H CA CA . A CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 144 A GLU 144 1_555 H CA CA . A CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc3 A ND1 HIS 249 A HIS 249 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 253 A CYS 253 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 255 A CYS 255 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 258 A CYS 258 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 509 A GLU 509 1_555 I CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 509 A GLU 509 1_555 I CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 512 A GLU 512 1_555 I CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc10 A O GLU 878 A GLU 878 1_555 IA CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 881 A GLU 881 1_555 M CA CA . A CA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc12 A OE1 GLU 883 A GLU 883 1_555 IA CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 890 A ASP 890 1_555 H CA CA . A CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc14 M CA CA . A CA 1009 1_555 B O GLU 878 B GLU 878 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc15 M CA CA . A CA 1009 1_555 B OE1 GLU 883 B GLU 883 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc16 B O GLU 144 B GLU 144 1_555 R CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc17 B OE1 GLU 144 B GLU 144 1_555 R CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc18 B ND1 HIS 249 B HIS 249 1_555 O ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc19 B SG CYS 253 B CYS 253 1_555 O ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc20 B SG CYS 255 B CYS 255 1_555 O ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc21 B SG CYS 258 B CYS 258 1_555 O ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc22 B OE1 GLU 509 B GLU 509 1_555 S CA CA . B CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc23 B OE2 GLU 509 B GLU 509 1_555 S CA CA . B CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc24 B OE1 GLU 512 B GLU 512 1_555 S CA CA . B CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc25 B OE2 GLU 881 B GLU 881 1_555 W CA CA . B CA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 890 B ASP 890 1_555 R CA CA . B CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc27 W CA CA . B CA 1009 1_555 C O GLU 878 C GLU 878 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc28 W CA CA . B CA 1009 1_555 C OE1 GLU 883 C GLU 883 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc29 C O GLU 144 C GLU 144 1_555 BA CA CA . C CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc30 C OE1 GLU 144 C GLU 144 1_555 BA CA CA . C CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc31 C ND1 HIS 249 C HIS 249 1_555 Y ZN ZN . C ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc32 C SG CYS 253 C CYS 253 1_555 Y ZN ZN . C ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc33 C SG CYS 255 C CYS 255 1_555 Y ZN ZN . C ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc34 C SG CYS 258 C CYS 258 1_555 Y ZN ZN . C ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc35 C OE1 GLU 509 C GLU 509 1_555 CA CA CA . C CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc36 C OE2 GLU 509 C GLU 509 1_555 CA CA CA . C CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc37 C OE1 GLU 512 C GLU 512 1_555 CA CA CA . C CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc38 C OE2 GLU 881 C GLU 881 1_555 GA CA CA . C CA 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc39 C OD1 ASP 890 C ASP 890 1_555 BA CA CA . C CA 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc40 GA CA CA . C CA 1009 1_555 D O GLU 878 D GLU 878 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc41 GA CA CA . C CA 1009 1_555 D OE1 GLU 883 D GLU 883 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc42 D O GLU 144 D GLU 144 1_555 NA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 144 D GLU 144 1_555 NA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc44 D ND1 HIS 249 D HIS 249 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc45 D SG CYS 253 D CYS 253 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc46 D SG CYS 255 D CYS 255 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc47 D SG CYS 258 D CYS 258 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc48 D OE1 GLU 509 D GLU 509 1_555 OA CA CA . D CA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc49 D OE2 GLU 509 D GLU 509 1_555 OA CA CA . D CA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc50 D OE1 GLU 512 D GLU 512 1_555 OA CA CA . D CA 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.893 ? metalc ? metalc51 D OE2 GLU 881 D GLU 881 1_555 IA CA CA . D CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? metalc ? metalc52 D OD1 ASP 890 D ASP 890 1_555 NA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7DXF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 ZN A 1 1001 1001 ZN ZN . F 3 W99 A 1 1002 1004 W99 W99 . G 4 Y01 A 1 1003 1005 Y01 Y01 . H 5 CA A 1 1004 1006 CA CA . I 5 CA A 1 1005 1007 CA CA . J 6 POV A 1 1006 1011 POV POV . K 4 Y01 A 1 1007 1012 Y01 Y01 . L 7 98R A 1 1008 1101 98R DAX . M 5 CA A 1 1009 1008 CA CA . N 4 Y01 A 1 1010 1013 Y01 Y01 . O 2 ZN B 1 1001 1001 ZN ZN . P 3 W99 B 1 1002 1004 W99 W99 . Q 4 Y01 B 1 1003 1005 Y01 Y01 . R 5 CA B 1 1004 1006 CA CA . S 5 CA B 1 1005 1007 CA CA . T 6 POV B 1 1006 1011 POV POV . U 4 Y01 B 1 1007 1012 Y01 Y01 . V 7 98R B 1 1008 1101 98R DAX . W 5 CA B 1 1009 1008 CA CA . X 4 Y01 B 1 1010 1013 Y01 Y01 . Y 2 ZN C 1 1001 1001 ZN ZN . Z 3 W99 C 1 1002 1004 W99 W99 . AA 4 Y01 C 1 1003 1005 Y01 Y01 . BA 5 CA C 1 1004 1006 CA CA . CA 5 CA C 1 1005 1007 CA CA . DA 6 POV C 1 1006 1011 POV POV . EA 4 Y01 C 1 1007 1012 Y01 Y01 . FA 7 98R C 1 1008 1101 98R DAX . GA 5 CA C 1 1009 1008 CA CA . HA 4 Y01 C 1 1010 1013 Y01 Y01 . IA 5 CA D 1 1001 1008 CA CA . JA 4 Y01 D 1 1002 1013 Y01 Y01 . KA 2 ZN D 1 1003 1001 ZN ZN . LA 3 W99 D 1 1004 1004 W99 W99 . MA 4 Y01 D 1 1005 1005 Y01 Y01 . NA 5 CA D 1 1006 1006 CA CA . OA 5 CA D 1 1007 1007 CA CA . PA 6 POV D 1 1008 1011 POV POV . QA 4 Y01 D 1 1009 1012 Y01 Y01 . RA 7 98R D 1 1010 1101 98R DAX . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id OA _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 148.72 _atom_site.Cartn_y 182.95 _atom_site.Cartn_z 154.404 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 30 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1007 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 69 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 253 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #