data_7DXG
#
_model_server_result.job_id            Q38-xRNnKF6rxcRbI0wbVw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-28 19:59:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7dxg 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"OA","auth_seq_id":1006}' 
#
_entry.id    7DXG 
#
_exptl.entry_id    7DXG 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 I N N 
? 3 Q N N 
? 3 T N N 
? 3 CA N N 
? 3 FA N N 
? 3 LA N N 
? 3 OA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O GLU 144 A GLU 144 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 144 A GLU 144 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc3 A ND1 HIS 249 A HIS 249 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 255 A CYS 255 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 258 A CYS 258 1_555 E ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc6 A O GLU 878 A GLU 878 1_555 I CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.185 ? 
metalc ? metalc7 A OE1 GLU 881 A GLU 881 1_555 FA CA CA . C CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLU 883 A GLU 883 1_555 I CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc9 A OE2 GLU 883 A GLU 883 1_555 I CA CA . A CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.164 ? 
metalc ? metalc10 A OD1 ASP 890 A ASP 890 1_555 F CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc11 I CA CA . A CA 1005 1_555 D OE1 GLU 881 D GLU 881 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? 
metalc ? metalc12 B O GLU 144 B GLU 144 1_555 Q CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc13 B OE1 GLU 144 B GLU 144 1_555 Q CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc14 B ND1 HIS 249 B HIS 249 1_555 P ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 255 B CYS 255 1_555 P ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 258 B CYS 258 1_555 P ZN ZN . B ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc17 B O GLU 878 B GLU 878 1_555 T CA CA . B CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.184 ? 
metalc ? metalc18 B OE1 GLU 881 B GLU 881 1_555 OA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? 
metalc ? metalc19 B OE1 GLU 883 B GLU 883 1_555 T CA CA . B CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc20 B OE2 GLU 883 B GLU 883 1_555 T CA CA . B CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 890 B ASP 890 1_555 Q CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc22 T CA CA . B CA 1005 1_555 C OE1 GLU 881 C GLU 881 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? 
metalc ? metalc23 C O GLU 144 C GLU 144 1_555 CA CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc24 C OE1 GLU 144 C GLU 144 1_555 CA CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc25 C ND1 HIS 249 C HIS 249 1_555 BA ZN ZN . C ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc26 C SG CYS 255 C CYS 255 1_555 BA ZN ZN . C ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc27 C SG CYS 258 C CYS 258 1_555 BA ZN ZN . C ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc28 C O GLU 878 C GLU 878 1_555 FA CA CA . C CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.185 ? 
metalc ? metalc29 C OE1 GLU 883 C GLU 883 1_555 FA CA CA . C CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc30 C OE2 GLU 883 C GLU 883 1_555 FA CA CA . C CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.164 ? 
metalc ? metalc31 C OD1 ASP 890 C ASP 890 1_555 CA CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
metalc ? metalc32 D O GLU 144 D GLU 144 1_555 LA CA CA . D CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc33 D OE1 GLU 144 D GLU 144 1_555 LA CA CA . D CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc34 D ND1 HIS 249 D HIS 249 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc35 D SG CYS 255 D CYS 255 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc36 D SG CYS 258 D CYS 258 1_555 KA ZN ZN . D ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc37 D O GLU 878 D GLU 878 1_555 OA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.184 ? 
metalc ? metalc38 D OE1 GLU 883 D GLU 883 1_555 OA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc39 D OE2 GLU 883 D GLU 883 1_555 OA CA CA . D CA 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.165 ? 
metalc ? metalc40 D OD1 ASP 890 D ASP 890 1_555 LA CA CA . D CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7DXG 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ZN A 1 1001 1000 ZN ZN . 
F 3 CA A 1 1002 1001 CA CA . 
G 4 Y01 A 1 1003 1002 Y01 Y01 . 
H 5 HOR A 1 1004 1003 HOR SAR . 
I 3 CA A 1 1005 1004 CA CA . 
J 4 Y01 A 1 1006 1005 Y01 Y01 . 
K 6 POV A 1 1007 1011 POV POV . 
L 4 Y01 A 1 1008 1012 Y01 Y01 . 
M 7 98R A 1 1009 1101 98R DAX . 
N 4 Y01 A 1 1010 1013 Y01 Y01 . 
O 7 98R A 1 1011 1101 98R DAX . 
P 2 ZN B 1 1001 1000 ZN ZN . 
Q 3 CA B 1 1002 1001 CA CA . 
R 4 Y01 B 1 1003 1002 Y01 Y01 . 
S 5 HOR B 1 1004 1003 HOR SAR . 
T 3 CA B 1 1005 1004 CA CA . 
U 4 Y01 B 1 1006 1005 Y01 Y01 . 
V 6 POV B 1 1007 1011 POV POV . 
W 4 Y01 B 1 1008 1012 Y01 Y01 . 
X 7 98R B 1 1009 1101 98R DAX . 
Y 4 Y01 B 1 1010 1013 Y01 Y01 . 
Z 7 98R B 1 1011 1101 98R DAX . 
AA 4 Y01 C 1 1001 1013 Y01 Y01 . 
BA 2 ZN C 1 1002 1000 ZN ZN . 
CA 3 CA C 1 1003 1001 CA CA . 
DA 4 Y01 C 1 1004 1002 Y01 Y01 . 
EA 5 HOR C 1 1005 1003 HOR SAR . 
FA 3 CA C 1 1006 1004 CA CA . 
GA 4 Y01 C 1 1007 1005 Y01 Y01 . 
HA 6 POV C 1 1008 1011 POV POV . 
IA 4 Y01 C 1 1009 1012 Y01 Y01 . 
JA 4 Y01 D 1 1001 1013 Y01 Y01 . 
KA 2 ZN D 1 1002 1000 ZN ZN . 
LA 3 CA D 1 1003 1001 CA CA . 
MA 4 Y01 D 1 1004 1002 Y01 Y01 . 
NA 5 HOR D 1 1005 1003 HOR SAR . 
OA 3 CA D 1 1006 1004 CA CA . 
PA 4 Y01 D 1 1007 1005 Y01 Y01 . 
QA 6 POV D 1 1008 1011 POV POV . 
RA 4 Y01 D 1 1009 1012 Y01 Y01 . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         OA 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               154.503 
_atom_site.Cartn_y               149.533 
_atom_site.Cartn_z               111.205 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        127.18 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1006 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              15 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    27 
_model_server_stats.query_time_ms           272 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           1 
#