data_7E0J
#
_model_server_result.job_id            UT18JJP8F_5GSrqfWxz06Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-05 02:51:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7e0j 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    7E0J 
#
_exptl.entry_id    7E0J 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              893.489 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CHLOROPHYLL A' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    24 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7E0J 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7E0J 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 E N N 
? 5 F N N 
? 5 G N N 
? 5 L N N 
? 5 M N N 
? 5 N N N 
? 5 O N N 
? 5 P N N 
? 5 W N N 
? 5 X N N 
? 5 Y N N 
? 5 EA N N 
? 5 FA N N 
? 5 GA N N 
? 5 HA N N 
? 5 IA N N 
? 5 PA N N 
? 5 QA N N 
? 5 RA N N 
? 5 XA N N 
? 5 YA N N 
? 5 ZA N N 
? 5 AB N N 
? 5 BB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 C C ARG 26 Z ARG 26 1_555 C N TPO 27 Z TPO 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale2 C C TPO 27 Z TPO 27 1_555 C N VAL 28 Z VAL 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
metalc ? metalc1 A O PHE 40 X PHE 40 1_555 D MG CHL . X CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 82 X GLU 82 1_555 E MG CLA . X CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 136 X ILE 136 1_555 H MG CHL . X CHL 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? 
metalc ? metalc4 A OE1 GLU 156 X GLU 156 1_555 K MG CHL . X CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 156 X GLU 156 1_555 K MG CHL . X CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 197 X GLU 197 1_555 L MG CLA . X CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 200 X ASN 200 1_555 N MG CLA . X CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc8 A OE1 GLN 214 X GLN 214 1_555 O MG CLA . X CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? 
metalc ? metalc9 M MG CLA . X CLA 611 1_555 U O4 LHG . X LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc10 B O TRP 48 Y TRP 48 1_555 V MG CHL . Y CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? 
metalc ? metalc11 B OE2 GLU 90 Y GLU 90 1_555 W MG CLA . Y CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc12 B O VAL 144 Y VAL 144 1_555 Z MG CHL . Y CHL 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc13 B OE1 GLU 164 Y GLU 164 1_555 DA MG CHL . Y CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc14 B OE2 GLU 164 Y GLU 164 1_555 DA MG CHL . Y CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc15 B OE2 GLU 205 Y GLU 205 1_555 EA MG CLA . Y CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASN 208 Y ASN 208 1_555 GA MG CLA . Y CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc17 B OE1 GLN 222 Y GLN 222 1_555 HA MG CLA . Y CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc18 FA MG CLA . Y CLA 611 1_555 NA O4 LHG . Y LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc19 C O PHE 49 Z PHE 49 1_555 OA MG CHL . Z CHL 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc20 C OE2 GLU 90 Z GLU 90 1_555 PA MG CLA . Z CLA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc21 C O VAL 144 Z VAL 144 1_555 SA MG CHL . Z CHL 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc22 C OE1 GLU 164 Z GLU 164 1_555 WA MG CHL . Z CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 205 Z GLU 205 1_555 XA MG CLA . Z CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc24 C OD1 ASN 208 Z ASN 208 1_555 ZA MG CLA . Z CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc25 C OE1 GLN 222 Z GLN 222 1_555 AB MG CLA . Z CLA 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc26 YA MG CLA . Z CLA 611 1_555 GB O4 LHG . Z LHG 2630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
#
_chem_comp.formula           'C55 H72 Mg N4 O5' 
_chem_comp.formula_weight    893.489 
_chem_comp.id                CLA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CHLOROPHYLL A' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
MG NA CLA sing 214 n n 
MG NB CLA sing 215 n n 
MG NC CLA sing 216 n n 
MG ND CLA sing 217 n n 
CHA C1A CLA sing 218 n n 
CHA C4D CLA doub 219 n n 
CHA CBD CLA sing 220 n n 
CHB C4A CLA doub 221 n n 
CHB C1B CLA sing 222 n n 
CHB HHB CLA sing 223 n n 
CHC C4B CLA sing 224 n n 
CHC C1C CLA doub 225 n n 
CHC HHC CLA sing 226 n n 
CHD C4C CLA sing 227 n n 
CHD C1D CLA doub 228 n n 
CHD HHD CLA sing 229 n n 
NA C1A CLA doub 230 n n 
NA C4A CLA sing 231 n n 
C1A C2A CLA sing 232 n n 
C2A C3A CLA sing 233 n n 
C2A CAA CLA sing 234 n n 
C2A H2A CLA sing 235 n n 
C3A C4A CLA sing 236 n n 
C3A CMA CLA sing 237 n n 
C3A H3A CLA sing 238 n n 
CMA HMA1 CLA sing 239 n n 
CMA HMA2 CLA sing 240 n n 
CMA HMA3 CLA sing 241 n n 
CAA CBA CLA sing 242 n n 
CAA HAA1 CLA sing 243 n n 
CAA HAA2 CLA sing 244 n n 
CBA CGA CLA sing 245 n n 
CBA HBA1 CLA sing 246 n n 
CBA HBA2 CLA sing 247 n n 
CGA O1A CLA doub 248 n n 
CGA O2A CLA sing 249 n n 
O2A C1 CLA sing 250 n n 
NB C1B CLA sing 251 n y 
NB C4B CLA sing 252 n y 
C1B C2B CLA doub 253 n y 
C2B C3B CLA sing 254 n y 
C2B CMB CLA sing 255 n n 
C3B C4B CLA doub 256 n y 
C3B CAB CLA sing 257 n n 
CMB HMB1 CLA sing 258 n n 
CMB HMB2 CLA sing 259 n n 
CMB HMB3 CLA sing 260 n n 
CAB CBB CLA doub 261 n n 
CAB HAB CLA sing 262 n n 
CBB HBB1 CLA sing 263 n n 
CBB HBB2 CLA sing 264 n n 
NC C1C CLA sing 265 n n 
NC C4C CLA doub 266 n n 
C1C C2C CLA sing 267 n n 
C2C C3C CLA doub 268 n n 
C2C CMC CLA sing 269 n n 
C3C C4C CLA sing 270 n n 
C3C CAC CLA sing 271 n n 
CMC HMC1 CLA sing 272 n n 
CMC HMC2 CLA sing 273 n n 
CMC HMC3 CLA sing 274 n n 
CAC CBC CLA sing 275 n n 
CAC HAC1 CLA sing 276 n n 
CAC HAC2 CLA sing 277 n n 
CBC HBC1 CLA sing 278 n n 
CBC HBC2 CLA sing 279 n n 
CBC HBC3 CLA sing 280 n n 
ND C1D CLA sing 281 n n 
ND C4D CLA sing 282 n n 
C1D C2D CLA sing 283 n n 
C2D C3D CLA doub 284 n n 
C2D CMD CLA sing 285 n n 
C3D C4D CLA sing 286 n n 
C3D CAD CLA sing 287 n n 
CMD HMD1 CLA sing 288 n n 
CMD HMD2 CLA sing 289 n n 
CMD HMD3 CLA sing 290 n n 
CAD OBD CLA doub 291 n n 
CAD CBD CLA sing 292 n n 
CBD CGD CLA sing 293 n n 
CBD HBD CLA sing 294 n n 
CGD O1D CLA doub 295 n n 
CGD O2D CLA sing 296 n n 
O2D CED CLA sing 297 n n 
CED HED1 CLA sing 298 n n 
CED HED2 CLA sing 299 n n 
CED HED3 CLA sing 300 n n 
C1 C2 CLA sing 301 n n 
C1 H11 CLA sing 302 n n 
C1 H12 CLA sing 303 n n 
C2 C3 CLA doub 304 e n 
C2 H2 CLA sing 305 n n 
C3 C4 CLA sing 306 n n 
C3 C5 CLA sing 307 n n 
C4 H41 CLA sing 308 n n 
C4 H42 CLA sing 309 n n 
C4 H43 CLA sing 310 n n 
C5 C6 CLA sing 311 n n 
C5 H51 CLA sing 312 n n 
C5 H52 CLA sing 313 n n 
C6 C7 CLA sing 314 n n 
C6 H61 CLA sing 315 n n 
C6 H62 CLA sing 316 n n 
C7 C8 CLA sing 317 n n 
C7 H71 CLA sing 318 n n 
C7 H72 CLA sing 319 n n 
C8 C9 CLA sing 320 n n 
C8 C10 CLA sing 321 n n 
C8 H8 CLA sing 322 n n 
C9 H91 CLA sing 323 n n 
C9 H92 CLA sing 324 n n 
C9 H93 CLA sing 325 n n 
C10 C11 CLA sing 326 n n 
C10 H101 CLA sing 327 n n 
C10 H102 CLA sing 328 n n 
C11 C12 CLA sing 329 n n 
C11 H111 CLA sing 330 n n 
C11 H112 CLA sing 331 n n 
C12 C13 CLA sing 332 n n 
C12 H121 CLA sing 333 n n 
C12 H122 CLA sing 334 n n 
C13 C14 CLA sing 335 n n 
C13 C15 CLA sing 336 n n 
C13 H13 CLA sing 337 n n 
C14 H141 CLA sing 338 n n 
C14 H142 CLA sing 339 n n 
C14 H143 CLA sing 340 n n 
C15 C16 CLA sing 341 n n 
C15 H151 CLA sing 342 n n 
C15 H152 CLA sing 343 n n 
C16 C17 CLA sing 344 n n 
C16 H161 CLA sing 345 n n 
C16 H162 CLA sing 346 n n 
C17 C18 CLA sing 347 n n 
C17 H171 CLA sing 348 n n 
C17 H172 CLA sing 349 n n 
C18 C19 CLA sing 350 n n 
C18 C20 CLA sing 351 n n 
C18 H18 CLA sing 352 n n 
C19 H191 CLA sing 353 n n 
C19 H192 CLA sing 354 n n 
C19 H193 CLA sing 355 n n 
C20 H201 CLA sing 356 n n 
C20 H202 CLA sing 357 n n 
C20 H203 CLA sing 358 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7E0J 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 4 CHL X 1 601 601 CHL CHL . 
E 5 CLA X 1 602 602 CLA CLA . 
F 5 CLA X 1 603 603 CLA CLA . 
G 5 CLA X 1 604 604 CLA CLA . 
H 4 CHL X 1 605 605 CHL CHL . 
I 4 CHL X 1 607 607 CHL CHL . 
J 4 CHL X 1 608 608 CHL CHL . 
K 4 CHL X 1 609 609 CHL CHL . 
L 5 CLA X 1 610 610 CLA CLA . 
M 5 CLA X 1 611 611 CLA CLA . 
N 5 CLA X 1 612 612 CLA CLA . 
O 5 CLA X 1 613 613 CLA CLA . 
P 5 CLA X 1 614 614 CLA CLA . 
Q 6 LUT X 1 1620 1620 LUT LUT . 
R 6 LUT X 1 1621 1621 LUT LUT . 
S 7 XAT X 1 1622 1622 XAT XAT . 
T 8 NEX X 1 1623 1623 NEX NEX . 
U 9 LHG X 1 2630 2630 LHG LHG . 
V 4 CHL Y 1 601 601 CHL CHL . 
W 5 CLA Y 1 602 602 CLA CLA . 
X 5 CLA Y 1 603 603 CLA CLA . 
Y 5 CLA Y 1 604 604 CLA CLA . 
Z 4 CHL Y 1 605 605 CHL CHL . 
AA 4 CHL Y 1 606 606 CHL CHL . 
BA 4 CHL Y 1 607 607 CHL CHL . 
CA 4 CHL Y 1 608 608 CHL CHL . 
DA 4 CHL Y 1 609 609 CHL CHL . 
EA 5 CLA Y 1 610 610 CLA CLA . 
FA 5 CLA Y 1 611 611 CLA CLA . 
GA 5 CLA Y 1 612 612 CLA CLA . 
HA 5 CLA Y 1 613 613 CLA CLA . 
IA 5 CLA Y 1 614 614 CLA CLA . 
JA 6 LUT Y 1 1620 1620 LUT LUT . 
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