data_7EOK # _model_server_result.job_id TLkoXGmQWiW39VaEKlMFbQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 23:22:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7eok # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":111}' # _entry.id 7EOK # _exptl.entry_id 7EOK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 127.08 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7EOK _cell.length_a 93.982 _cell.length_b 37.72 _cell.length_c 56.74 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7EOK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A P G 1 A G 2 1_555 B O3' GTP . A GTP 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.562 ? metalc ? metalc1 A O2 C 2 A C 3 1_555 J MG MG . A MG 109 4_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc2 A OP2 C 6 A C 7 1_555 D MG MG . A MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc3 A OP2 U 7 A U 8 1_555 D MG MG . A MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc4 A O3' C 28 A C 29 1_555 J MG MG . A MG 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc5 A OP1 A 29 A A 30 1_555 J MG MG . A MG 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc6 A OP2 A 29 A A 30 1_555 K MG MG . A MG 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc7 A OP2 U 31 A U 32 1_555 F MG MG . A MG 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc8 A O4 U 34 A U 35 1_555 E MG MG . A MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc9 A OP2 A 35 A A 36 1_555 H MG MG . A MG 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? metalc ? metalc10 A OP2 G 36 A G 37 1_555 H MG MG . A MG 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc11 A OP2 C 37 A C 38 1_555 E MG MG . A MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc12 A OP2 C 42 A C 43 1_555 G MG MG . A MG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? metalc ? metalc13 A OP2 G 43 A G 44 1_555 G MG MG . A MG 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? metalc ? metalc14 A O2 C 47 A C 48 1_555 J MG MG . A MG 109 4_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc15 A O3' C 48 A C 49 1_555 L MG MG . A MG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc16 A O2' C 48 A C 49 1_555 L MG MG . A MG 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc17 B O3A GTP . A GTP 101 1_555 I MG MG . A MG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc18 B O1A GTP . A GTP 101 1_555 I MG MG . A MG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc19 E MG MG . A MG 104 1_555 M O HOH . A HOH 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc20 E MG MG . A MG 104 1_555 M O HOH . A HOH 214 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc21 F MG MG . A MG 105 1_555 M O HOH . A HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc22 F MG MG . A MG 105 1_555 M O HOH . A HOH 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc23 F MG MG . A MG 105 1_555 M O HOH . A HOH 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc24 F MG MG . A MG 105 1_555 M O HOH . A HOH 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc25 I MG MG . A MG 108 1_555 M O HOH . A HOH 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc26 J MG MG . A MG 109 1_555 M O HOH . A HOH 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc27 K MG MG . A MG 110 1_555 M O HOH . A HOH 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 G 1 A G 2 1_555 A N3 C 47 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 G 1 A G 2 1_555 A O2 C 47 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 G 1 A G 2 1_555 A N4 C 47 A C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 2 A C 3 1_555 A N1 G 46 A G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 2 A C 3 1_555 A O6 G 46 A G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 2 A C 3 1_555 A N2 G 46 A G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 G 3 A G 4 1_555 A N3 C 45 A C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 G 3 A G 4 1_555 A O2 C 45 A C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 G 3 A G 4 1_555 A N4 C 45 A C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N3 C 4 A C 5 1_555 A N1 G 44 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N4 C 4 A C 5 1_555 A O6 G 44 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O2 C 4 A C 5 1_555 A N2 G 44 A G 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N3 C 6 A C 7 1_555 A N1 G 43 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N4 C 6 A C 7 1_555 A O6 G 43 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O2 C 6 A C 7 1_555 A N2 G 43 A G 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog16 A O4 U 7 A U 8 1_555 A N2 G 40 A G 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog17 A N3 U 7 A U 8 1_555 A O4 U 41 A U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_16_PAIR hydrog18 A O2 U 7 A U 8 1_555 A N3 U 41 A U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog19 A N1 G 8 A G 9 1_555 A O2 C 32 A C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog20 A N2 G 8 A G 9 1_555 A N3 C 32 A C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog21 A N1 G 9 A G 10 1_555 A O2 U 39 A U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog22 A O6 G 9 A G 10 1_555 A N3 U 39 A U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 C 10 A C 11 1_555 A N1 G 38 A G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N4 C 10 A C 11 1_555 A O6 G 38 A G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O2 C 10 A C 11 1_555 A N2 G 38 A G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N1 G 11 A G 12 1_555 A N3 C 37 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N2 G 11 A G 12 1_555 A O2 C 37 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A O6 G 11 A G 12 1_555 A N4 C 37 A C 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N3 C 12 A C 13 1_555 A N1 G 36 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N4 C 12 A C 13 1_555 A O6 G 36 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A O2 C 12 A C 13 1_555 A N2 G 36 A G 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N3 U 13 A U 14 1_555 A N1 A 35 A A 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O4 U 13 A U 14 1_555 A N6 A 35 A A 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N1 G 14 A G 15 1_555 A N3 C 27 A C 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N2 G 14 A G 15 1_555 A O2 C 27 A C 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A O6 G 14 A G 15 1_555 A N4 C 27 A C 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N3 C 15 A C 16 1_555 A N1 G 26 A G 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N4 C 15 A C 16 1_555 A O6 G 26 A G 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O2 C 15 A C 16 1_555 A N2 G 26 A G 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N1 G 16 A G 17 1_555 A N3 C 25 A C 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N2 G 16 A G 17 1_555 A O2 C 25 A C 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A O6 G 16 A G 17 1_555 A N4 C 25 A C 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N3 C 17 A C 18 1_555 A N1 G 24 A G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N4 C 17 A C 18 1_555 A O6 G 24 A G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A O2 C 17 A C 18 1_555 A N2 G 24 A G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 C 18 A C 19 1_555 A N1 G 23 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N4 C 18 A C 19 1_555 A O6 G 23 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A O2 C 18 A C 19 1_555 A N2 G 23 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-U MISPAIR' hydrog49 A N3 U 31 A U 32 1_555 A O4 U 34 A U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-U MISPAIR' hydrog50 A N4 C 32 A C 33 1_555 A O4 U 39 A U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog51 A N2 G 33 A G 34 1_555 A N7 G 38 A G 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7EOK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01064 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.00804 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.026511 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.02209 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 GTP A 1 101 1 GTP GTP . C 3 J8L A 1 102 1 J8L LIG . D 4 MG A 1 103 1 MG MG . E 4 MG A 1 104 2 MG MG . F 4 MG A 1 105 3 MG MG . G 4 MG A 1 106 4 MG MG . H 4 MG A 1 107 5 MG MG . I 4 MG A 1 108 6 MG MG . J 4 MG A 1 109 7 MG MG . K 4 MG A 1 110 8 MG MG . L 4 MG A 1 111 9 MG MG . M 5 HOH A 1 201 6 HOH HOH . M 5 HOH A 2 202 12 HOH HOH . M 5 HOH A 3 203 10 HOH HOH . M 5 HOH A 4 204 18 HOH HOH . M 5 HOH A 5 205 21 HOH HOH . M 5 HOH A 6 206 4 HOH HOH . M 5 HOH A 7 207 1 HOH HOH . M 5 HOH A 8 208 3 HOH HOH . M 5 HOH A 9 209 20 HOH HOH . M 5 HOH A 10 210 16 HOH HOH . M 5 HOH A 11 211 14 HOH HOH . M 5 HOH A 12 212 15 HOH HOH . M 5 HOH A 13 213 2 HOH HOH . M 5 HOH A 14 214 11 HOH HOH . M 5 HOH A 15 215 8 HOH HOH . M 5 HOH A 16 216 13 HOH HOH . M 5 HOH A 17 217 7 HOH HOH . M 5 HOH A 18 218 17 HOH HOH . M 5 HOH A 19 219 19 HOH HOH . M 5 HOH A 20 220 9 HOH HOH . M 5 HOH A 21 221 5 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -16.023 _atom_site.Cartn_y 32.809 _atom_site.Cartn_z 30.325 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 33.97 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 111 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 267 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #