data_7F9O
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_model_server_result.job_id            uczIn5ZXncJ-B8PuCwAmaQ 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7f9o 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"OK","auth_seq_id":842}' 
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_entry.id    7F9O 
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_exptl.entry_id    7F9O 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            PHYLLOQUINONE 
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_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            7F9O 
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_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7F9O 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
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_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
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_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      55 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH,NH,OH,PH,QH,RH,SH,TH,UH,VH,WH,XH,YH,ZH,AI,BI,CI,DI,EI,FI,GI,HI,II,JI,KI,LI,MI,NI,OI,PI,QI,RI,SI,TI,UI,VI,WI,XI,YI,ZI,AJ,BJ,CJ,DJ,EJ,FJ,GJ,HJ,IJ,JJ,KJ,LJ,MJ,NJ,OJ,PJ,QJ,RJ,SJ,TJ,UJ,VJ,WJ,XJ,YJ,ZJ,AK,BK,CK,DK,EK,FK,GK,HK,IK,JK,KK,LK,MK,NK,OK,PK,QK,RK,SK,TK,UK,VK,WK,XK,YK,ZK,AL,BL,CL,DL,EL,FL,GL,HL,IL,JL,KL,LL,ML,NL,OL,PL,QL,RL,SL,TL,UL,VL,WL,XL,YL,ZL,AM,BM,CM,DM,EM,FM,GM,HM,IM,JM,KM,LM,MM,NM,OM,PM,QM,RM,SM,TM,UM,VM,WM,XM,YM,ZM,AN,BN,CN,DN,EN,FN,GN,HN,IN,JN,KN,LN,MN,NN,ON,PN,QN,RN,SN,TN,UN,VN,WN,XN,YN,ZN,AO,BO,CO,DO,EO,FO,GO,HO,IO,JO,KO,LO,MO,NO,OO,PO,QO,RO,SO,TO,UO,VO,WO,XO,YO,ZO,AP,BP,CP,DP,EP,FP,GP,HP,IP,JP,KP,LP,MP,NP,OP,PP,QP,RP,SP,TP,UP,VP,WP,XP,YP,ZP,AQ,BQ,CQ,DQ,EQ,FQ,GQ,HQ,IQ,JQ,KQ,LQ,MQ 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 45 RC N N 
? 45 UE N N 
? 45 OK N N 
? 45 SM N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 F SG CYS 85 F CYS 85 1_555 F SG CYS 140 F CYS 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 JA SG CYS 410 6 CYS 410 1_555 JA SG CYS 433 6 CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLN 77 A GLN 77 1_555 IB MG CLA . A CLA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLN 113 A GLN 113 1_555 KB MG CLA . A CLA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? 
metalc ? metalc3 A OE1 GLN 121 A GLN 121 1_555 LB MG CLA . A CLA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 495 A THR 495 1_555 KC MG CLA . A CLA 834 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 573 A CYS 573 1_555 AD FE1 SF4 . A SF4 850 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 582 A CYS 582 1_555 AD FE3 SF4 . A SF4 850 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc7 GB O1A CLA . A CLA 804 1_555 MB MG CLA . A CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? 
metalc ? metalc8 SC MG CLA . A CLA 842 1_555 UC O4 LHG . A LHG 844 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc9 AD FE4 SF4 . A SF4 850 1_555 B SG CYS 559 B CYS 559 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc10 AD FE2 SF4 . A SF4 850 1_555 B SG CYS 568 B CYS 568 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc11 B OE1 GLN 53 B GLN 53 1_555 KD MG CLA . B CLA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? 
metalc ? metalc12 B OD2 ASP 93 B ASP 93 1_555 ND MG CLA . B CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.924 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 11 C CYS 11 1_555 FF FE4 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 14 C CYS 14 1_555 FF FE3 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 17 C CYS 17 1_555 FF FE2 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 21 C CYS 21 1_555 EF FE2 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 48 C CYS 48 1_555 EF FE4 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 51 C CYS 51 1_555 EF FE1 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 54 C CYS 54 1_555 EF FE3 SF4 . C SF4 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 58 C CYS 58 1_555 FF FE1 SF4 . C SF4 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc21 I OE2 GLU 28 J GLU 28 1_555 NF MG CLA . J CLA 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? 
metalc ? metalc22 J O LEU 68 K LEU 71 1_555 UF MG CLA . K CLA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.953 ? 
metalc ? metalc23 L O TRP 50 1 TRP 41 1_555 RG MG CHL . 1 CHL 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? 
metalc ? metalc24 L OE2 GLU 89 1 GLU 80 1_555 HG MG CLA . 1 CLA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? 
metalc ? metalc25 KG MG CLA . 1 CLA 510 1_555 QG O4 LHG . 1 LHG 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? 
metalc ? metalc26 M O TRP 53 2 TRP 67 1_555 MH MG CHL . 3 CHL 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.804 ? 
metalc ? metalc27 M OE2 GLU 92 2 GLU 106 1_555 YG MG CLA . 2 CLA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.882 ? 
metalc ? metalc28 M OD2 ASP 166 2 ASP 180 1_555 HH MG CHL . 2 CHL 516 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc29 M OE2 GLU 207 2 GLU 221 1_555 VG MG CLA . 2 CLA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? 
metalc ? metalc30 BH MG CLA . 2 CLA 510 1_555 IH O5 LHG . 2 LHG 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? 
metalc ? metalc31 N O ALA 134 3 ALA 140 1_555 YH MG CLA . 3 CLA 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? 
metalc ? metalc32 O O TRP 53 5 TRP 48 1_555 PI MG CLA . 5 CLA 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? 
metalc ? metalc33 O OE1 GLN 226 5 GLN 221 1_555 JI MG CLA . 5 CLA 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc34 LA N GLY 51 8 GLY 128 1_555 YI FE2 SF4 . 8 SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc35 OA OE1 GLN 121 e GLN 121 1_555 GJ MG CLA . e CLA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.929 ? 
metalc ? metalc36 OA O THR 495 e THR 495 1_555 HK MG CLA . e CLA 835 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc37 BJ O1A CLA . e CLA 803 1_555 IJ MG CLA . e CLA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? 
metalc ? metalc38 PA OD2 ASP 93 f ASP 93 1_555 LL MG CLA . f CLA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? 
metalc ? metalc39 RM MG CLA . f CLA 843 1_555 AN O4 LHG . f LHG 852 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? 
metalc ? metalc40 ZA OE2 GLU 89 p GLU 80 1_555 DO MG CLA . p CLA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
metalc ? metalc41 AB OE2 GLU 95 q GLU 101 1_555 UO MG CLA . q CLA 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.912 ? 
metalc ? metalc42 AB O ALA 134 q ALA 140 1_555 ZO MG CLA . q CLA 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? 
metalc ? metalc43 BB OE1 GLU 101 r GLU 146 1_555 SP MG CLA . r CLA 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? 
metalc ? metalc44 CB O TRP 13 s TRP 68 1_555 MQ MG CHL . s CHL 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? 
#
_chem_comp.formula           'C31 H46 O2' 
_chem_comp.formula_weight    450.696 
_chem_comp.id                PQN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              PHYLLOQUINONE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'VITAMIN K1;2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 PQN doub 1315 n n 
C1 C2 PQN sing 1316 n n 
C1 C10 PQN sing 1317 n n 
C2 C2M PQN sing 1318 n n 
C2 C3 PQN doub 1319 n n 
C2M H2M1 PQN sing 1320 n n 
C2M H2M2 PQN sing 1321 n n 
C2M H2M3 PQN sing 1322 n n 
C3 C4 PQN sing 1323 n n 
C3 C11 PQN sing 1324 n n 
C4 O4 PQN doub 1325 n n 
C4 C5 PQN sing 1326 n n 
C5 C6 PQN doub 1327 n y 
C5 C10 PQN sing 1328 n y 
C6 C7 PQN sing 1329 n y 
C6 H6 PQN sing 1330 n n 
C7 C8 PQN doub 1331 n y 
C7 H7 PQN sing 1332 n n 
C8 C9 PQN sing 1333 n y 
C8 H8 PQN sing 1334 n n 
C9 C10 PQN doub 1335 n y 
C9 H9 PQN sing 1336 n n 
C11 C12 PQN sing 1337 n n 
C11 H111 PQN sing 1338 n n 
C11 H112 PQN sing 1339 n n 
C12 C13 PQN doub 1340 e n 
C12 H12 PQN sing 1341 n n 
C13 C14 PQN sing 1342 n n 
C13 C15 PQN sing 1343 n n 
C14 H141 PQN sing 1344 n n 
C14 H142 PQN sing 1345 n n 
C14 H143 PQN sing 1346 n n 
C15 C16 PQN sing 1347 n n 
C15 H151 PQN sing 1348 n n 
C15 H152 PQN sing 1349 n n 
C16 C17 PQN sing 1350 n n 
C16 H161 PQN sing 1351 n n 
C16 H162 PQN sing 1352 n n 
C17 C18 PQN sing 1353 n n 
C17 H171 PQN sing 1354 n n 
C17 H172 PQN sing 1355 n n 
C18 C19 PQN sing 1356 n n 
C18 C20 PQN sing 1357 n n 
C18 H18 PQN sing 1358 n n 
C19 H191 PQN sing 1359 n n 
C19 H192 PQN sing 1360 n n 
C19 H193 PQN sing 1361 n n 
C20 C21 PQN sing 1362 n n 
C20 H201 PQN sing 1363 n n 
C20 H202 PQN sing 1364 n n 
C21 C22 PQN sing 1365 n n 
C21 H211 PQN sing 1366 n n 
C21 H212 PQN sing 1367 n n 
C22 C23 PQN sing 1368 n n 
C22 H221 PQN sing 1369 n n 
C22 H222 PQN sing 1370 n n 
C23 C24 PQN sing 1371 n n 
C23 C25 PQN sing 1372 n n 
C23 H23 PQN sing 1373 n n 
C24 H241 PQN sing 1374 n n 
C24 H242 PQN sing 1375 n n 
C24 H243 PQN sing 1376 n n 
C25 C26 PQN sing 1377 n n 
C25 H251 PQN sing 1378 n n 
C25 H252 PQN sing 1379 n n 
C26 C27 PQN sing 1380 n n 
C26 H261 PQN sing 1381 n n 
C26 H262 PQN sing 1382 n n 
C27 C28 PQN sing 1383 n n 
C27 H271 PQN sing 1384 n n 
C27 H272 PQN sing 1385 n n 
C28 C29 PQN sing 1386 n n 
C28 C30 PQN sing 1387 n n 
C28 H28 PQN sing 1388 n n 
C29 H291 PQN sing 1389 n n 
C29 H292 PQN sing 1390 n n 
C29 H293 PQN sing 1391 n n 
C30 H301 PQN sing 1392 n n 
C30 H302 PQN sing 1393 n n 
C30 H303 PQN sing 1394 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7F9O 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
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QI 52 CHL 5 1 314 313 CHL CHL . 
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TI 52 CHL 5 1 317 316 CHL CHL . 
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TM 47 BCR f 1 845 844 BCR BCR . 
UM 47 BCR f 1 846 845 BCR BCR . 
VM 47 BCR f 1 847 846 BCR BCR . 
WM 47 BCR f 1 848 847 BCR BCR . 
XM 47 BCR f 1 849 848 BCR BCR . 
YM 47 BCR f 1 850 849 BCR BCR . 
ZM 49 DGD f 1 851 851 DGD DGD . 
AN 46 LHG f 1 852 852 LHG LHG . 
BN 48 SF4 g 1 101 101 SF4 SF4 . 
CN 48 SF4 g 1 102 102 SF4 SF4 . 
DN 47 BCR j 1 801 801 BCR BCR . 
EN 44 CLA j 1 802 304 CLA CLA . 
FN 47 BCR j 1 803 305 BCR BCR . 
GN 47 BCR l 1 101 101 BCR BCR . 
HN 47 BCR l 1 102 305 BCR BCR . 
IN 44 CLA m 1 101 303 CLA CLA . 
JN 44 CLA m 1 102 101 CLA CLA . 
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MN 50 LMG m 1 105 104 LMG LMG . 
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SN 47 BCR o 1 301 301 BCR BCR . 
TN 44 CLA o 1 302 302 CLA CLA . 
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VN 44 CLA o 1 304 304 CLA CLA . 
WN 47 BCR o 1 305 306 BCR BCR . 
XN 51 LUT p 1 501 501 LUT LUT . 
YN 51 LUT p 1 502 502 LUT LUT . 
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