data_7JGZ # _model_server_result.job_id TbpukueJNe-JHcd9NIVj6g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:33:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7jgz # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":512}' # _entry.id 7JGZ # _exptl.entry_id 7JGZ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 62.068 _entity.id 6 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1,2-ETHANEDIOL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7JGZ _cell.length_a 75.22 _cell.length_b 115.68 _cell.length_c 194.48 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7JGZ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 24 _symmetry.space_group_name_Hall 'I 2b 2c' _symmetry.space_group_name_H-M 'I 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 7_455 -x-1/2,y,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 -37.61 0 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id O _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 2 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 2 3 2 BMA NAG C1 O1 . O3 HO3 . sing 3 ? 2 4 1 FUC NAG C1 O1 . O6 HO6 . sing 4 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 5 ? 3 3 1 FUC NAG C1 O1 . O6 HO6 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 2 n B NAG 1 B 1 NAG A 701 NAG 2 n B NAG 2 B 2 NAG A 702 NAG 2 n B BMA 3 B 3 BMA A 703 BMA 2 n B FUC 4 B 4 FUC A 704 FUC 3 n C NAG 1 C 1 NAG A 801 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG A 802 NAG 3 n C FUC 3 C 3 FUC A 803 FUC # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 A SG CYS 73 A CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? covale ? covale1 A OG SER 194 A SER 194 1_555 D C1 MAN . A MAN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? covale ? covale2 A OG1 THR 196 A THR 196 1_555 E C1 MAN . A MAN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 236 A ASN 236 1_555 B C1 NAG . B NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 247 A ASN 247 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale5 B O4 NAG . B NAG 1 1_555 B C1 NAG . B NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale6 B O6 NAG . B NAG 1 1_555 B C1 FUC . B FUC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale7 B O3 NAG . B NAG 2 1_555 B C1 BMA . B BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale8 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale9 C O6 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 FUC . C FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 8 A GLU 8 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 9 A GLU 9 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 62 A ASP 62 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 64 A GLU 64 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 64 A GLU 64 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 64 A GLU 64 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 96 A ASP 96 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc8 A O VAL 97 A VAL 97 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 98 A ASN 98 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 99 A ASP 99 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 99 A ASP 99 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc12 A O HIS 100 A HIS 100 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc13 A OE2 GLU 115 A GLU 115 1_555 I CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.079 ? metalc ? metalc14 A OE1 GLU 115 A GLU 115 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 130 A ASP 130 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc16 A OD2 ASP 130 A ASP 130 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 132 A ASP 132 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 132 A ASP 132 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? metalc ? metalc19 A O ASN 136 A ASN 136 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 172 A ASP 172 1_555 I CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc21 A OE1 GLU 174 A GLU 174 1_555 I CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? metalc ? metalc22 A OE1 GLU 174 A GLU 174 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc23 A OE2 GLU 174 A GLU 174 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 187 A ASP 187 1_555 H CA CA . A CA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? metalc ? metalc25 A OD1 ASP 205 A ASP 205 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc26 A O VAL 206 A VAL 206 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc27 A OD2 ASP 208 A ASP 208 1_555 I CA CA . A CA 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc28 A OD1 ASP 208 A ASP 208 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc29 A O ASN 209 A ASN 209 1_555 K CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc30 A OE2 GLU 224 A GLU 224 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc31 A OD1 ASP 239 A ASP 239 1_555 K CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc32 A OD2 ASP 239 A ASP 239 1_555 K CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc33 A OD1 ASP 241 A ASP 241 1_555 J CA CA . A CA 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc34 A OD2 ASP 241 A ASP 241 1_555 K CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? metalc ? metalc35 A O SER 245 A SER 245 1_555 K CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc36 A OD1 ASP 280 A ASP 280 1_555 L CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc37 A OE1 GLU 282 A GLU 282 1_555 L CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc38 A OE1 GLU 282 A GLU 282 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc39 A OE2 GLU 282 A GLU 282 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? metalc ? metalc40 A OD2 ASP 295 A ASP 295 1_555 K CA CA . A CA 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc41 A OD1 ASP 313 A ASP 313 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc42 A O VAL 314 A VAL 314 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.534 ? metalc ? metalc43 A OD1 ASN 315 A ASN 315 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc44 A OD2 ASP 316 A ASP 316 1_555 L CA CA . A CA 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.813 ? metalc ? metalc45 A OD1 ASP 316 A ASP 316 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc46 A O ASN 317 A ASN 317 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc47 A OD1 ASP 347 A ASP 347 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? metalc ? metalc48 A OD2 ASP 347 A ASP 347 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc49 A OD1 ASP 349 A ASP 349 1_555 M CA CA . A CA 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc50 A OD2 ASP 349 A ASP 349 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc51 A O ASN 353 A ASN 353 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc52 A OD2 ASP 400 A ASP 400 1_555 N CA CA . A CA 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? # _chem_comp.formula 'C2 H6 O2' _chem_comp.formula_weight 62.068 _chem_comp.id EDO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1,2-ETHANEDIOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'ETHYLENE GLYCOL' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 EDO sing 107 n n C1 C2 EDO sing 108 n n C1 H11 EDO sing 109 n n C1 H12 EDO sing 110 n n O1 HO1 EDO sing 111 n n C2 O2 EDO sing 112 n n C2 H21 EDO sing 113 n n C2 H22 EDO sing 114 n n O2 HO2 EDO sing 115 n n # _atom_sites.entry_id 7JGZ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013294 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008645 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005142 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 MAN A 1 501 501 MAN MAN . E 4 MAN A 1 502 601 MAN MAN . F 5 CA A 1 503 2001 CA CA . G 5 CA A 1 504 2002 CA CA . H 5 CA A 1 505 2003 CA CA . I 5 CA A 1 506 2004 CA CA . J 5 CA A 1 507 2005 CA CA . K 5 CA A 1 508 2006 CA CA . L 5 CA A 1 509 2007 CA CA . M 5 CA A 1 510 2008 CA CA . N 5 CA A 1 511 2009 CA CA . O 6 EDO A 1 512 2101 EDO EDO . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 EDO . . . O 6 2.903 137.913 4.013 1 40.42 ? C1 EDO 512 A 1 HETATM 2 O O1 EDO . . . O 6 3.935 137.343 4.827 1 39.67 ? O1 EDO 512 A 1 HETATM 3 C C2 EDO . . . O 6 3.399 138.019 2.576 1 46.05 ? C2 EDO 512 A 1 HETATM 4 O O2 EDO . . . O 6 3.814 136.725 2.12 1 51.08 ? O2 EDO 512 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 25 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 322 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 4 #