data_7JL8
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_model_server_result.job_id            eEafip-nDK1gakMCggmtRQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-16 06:47:06' 
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          7jl8 
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_model_server_params.name     atom_site 
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         68.47 
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_cell.length_b            65.33 
_cell.length_c            72.001 
_cell.Z_PDB               2 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7JL8 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? trimeric 3 author_defined_assembly 1 
? trimeric 3 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,K,L,M,U,V 1 1 
D,E,F,N,O,P,Q,R,S,T,W,X,Y 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      7 
_struct_asym.id                             J 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 B O3' DT 3 C DT 3 1_555 B P 8OG 4 C 8OG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? 
covale ? covale2 B O3' 8OG 4 C 8OG 4 1_555 B P DC 5 C DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.587 ? 
covale ? covale3 E O3' DT 3 G DT 3 1_555 E P 8OG 4 G 8OG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.595 ? 
covale ? covale4 E O3' 8OG 4 G 8OG 4 1_555 E P DC 5 G DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.607 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 114 A ASP 114 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 114 A ASP 114 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 116 A GLU 116 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc4 G O2G DTP . A DTP 401 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc5 G O2B DTP . A DTP 401 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc6 G O2A DTP . A DTP 401 1_555 H CA CA . A CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? 
metalc ? metalc7 H CA CA . A CA 402 1_555 U O HOH . A HOH 514 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc8 D OD1 ASP 114 B ASP 114 1_555 O CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc9 D OD2 ASP 114 B ASP 114 1_555 O CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? 
metalc ? metalc10 D OD2 ASP 114 B ASP 114 1_555 P CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc11 D OE1 GLU 116 B GLU 116 1_555 O CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? 
metalc ? metalc12 D OE1 GLU 116 B GLU 116 1_555 P CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc13 D OE2 GLU 116 B GLU 116 1_555 P CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
metalc ? metalc14 D OD2 ASP 280 B ASP 280 1_555 P CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc15 N O2G DTP . B DTP 401 1_555 O CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.371 ? 
metalc ? metalc16 N O1B DTP . B DTP 401 1_555 O CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc17 N O2A DTP . B DTP 401 1_555 O CA CA . B CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc18 N O2A DTP . B DTP 401 1_555 P CA CA . B CA 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc19 O CA CA . B CA 402 1_555 W O HOH . B HOH 517 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc20 P CA CA . B CA 403 1_555 W O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc21 P CA CA . B CA 403 1_555 F O3' DC 13 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 8OG 4 C 8OG 4 1_555 C N3 DC 13 D DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 8OG 4 C 8OG 4 1_555 C O2 DC 13 D DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 8OG 4 C 8OG 4 1_555 C N4 DC 13 D DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N3 DC 5 C DC 5 1_555 C N1 DG 12 D DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N4 DC 5 C DC 5 1_555 C O6 DG 12 D DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B O2 DC 5 C DC 5 1_555 C N2 DG 12 D DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 DC 6 C DC 6 1_555 C N1 DG 11 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B N4 DC 6 C DC 6 1_555 C O6 DG 11 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O2 DC 6 C DC 6 1_555 C N2 DG 11 D DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N3 DT 7 C DT 7 1_555 C N1 DA 10 D DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O4 DT 7 C DT 7 1_555 C N6 DA 10 D DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog12 B N1 DA 8 C DA 8 1_555 C N3 DT 9 D DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog13 B O2 DC 9 C DC 9 1_555 C N2 DG 8 D DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N3 DC 10 C DC 10 1_555 C N1 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N4 DC 10 C DC 10 1_555 C O6 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B O2 DC 10 C DC 10 1_555 C N2 DG 7 D DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N1 DA 11 C DA 11 1_555 C N3 DT 6 D DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N6 DA 11 C DA 11 1_555 C O4 DT 6 D DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N3 DC 12 C DC 12 1_555 C N1 DG 5 D DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N4 DC 12 C DC 12 1_555 C O6 DG 5 D DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B O2 DC 12 C DC 12 1_555 C N2 DG 5 D DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E N1 8OG 4 G 8OG 4 1_555 F N3 DC 13 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N2 8OG 4 G 8OG 4 1_555 F O2 DC 13 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E O6 8OG 4 G 8OG 4 1_555 F N4 DC 13 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E N3 DC 5 G DC 5 1_555 F N1 DG 12 H DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N4 DC 5 G DC 5 1_555 F O6 DG 12 H DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E O2 DC 5 G DC 5 1_555 F N2 DG 12 H DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E N3 DC 6 G DC 6 1_555 F N1 DG 11 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N4 DC 6 G DC 6 1_555 F O6 DG 11 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E O2 DC 6 G DC 6 1_555 F N2 DG 11 H DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N3 DT 7 G DT 7 1_555 F N1 DA 10 H DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E O4 DT 7 G DT 7 1_555 F N6 DA 10 H DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N1 DA 8 G DA 8 1_555 F N3 DT 9 H DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N6 DA 8 G DA 8 1_555 F O4 DT 9 H DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E N3 DC 9 G DC 9 1_555 F N1 DG 8 H DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E N4 DC 9 G DC 9 1_555 F O6 DG 8 H DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E O2 DC 9 G DC 9 1_555 F N2 DG 8 H DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E N3 DC 10 G DC 10 1_555 F N1 DG 7 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N4 DC 10 G DC 10 1_555 F O6 DG 7 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E O2 DC 10 G DC 10 1_555 F N2 DG 7 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E N1 DA 11 G DA 11 1_555 F N3 DT 6 H DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 E N6 DA 11 G DA 11 1_555 F O4 DT 6 H DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 320 n n 
C1 C2 EDO sing 321 n n 
C1 H11 EDO sing 322 n n 
C1 H12 EDO sing 323 n n 
O1 HO1 EDO sing 324 n n 
C2 O2 EDO sing 325 n n 
C2 H21 EDO sing 326 n n 
C2 H22 EDO sing 327 n n 
O2 HO2 EDO sing 328 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7JL8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.019728 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.001063 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.001186 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.015329 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.006 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014957 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 DTP A 1 401 401 DTP DTP . 
H 5 CA A 1 402 1 CA CA . 
I 6 GOL A 1 403 3 GOL GOL . 
J 7 EDO A 1 404 4 EDO EDO . 
K 8 PEG A 1 405 5 PEG PEG . 
L 6 GOL A 1 406 6 GOL GOL . 
M 8 PEG A 1 407 9 PEG PEG . 
N 4 DTP B 1 401 401 DTP DTP . 
O 5 CA B 1 402 2 CA CA . 
P 5 CA B 1 403 3 CA CA . 
Q 6 GOL B 1 404 1 GOL GOL . 
R 6 GOL B 1 405 2 GOL GOL . 
S 6 GOL B 1 406 7 GOL GOL . 
T 8 PEG B 1 407 8 PEG PEG . 
U 9 HOH A 1 501 133 HOH HOH . 
U 9 HOH A 2 502 177 HOH HOH . 
U 9 HOH A 3 503 79 HOH HOH . 
U 9 HOH A 4 504 51 HOH HOH . 
U 9 HOH A 5 505 162 HOH HOH . 
U 9 HOH A 6 506 135 HOH HOH . 
U 9 HOH A 7 507 97 HOH HOH . 
U 9 HOH A 8 508 19 HOH HOH . 
U 9 HOH A 9 509 18 HOH HOH . 
U 9 HOH A 10 510 114 HOH HOH . 
U 9 HOH A 11 511 22 HOH HOH . 
U 9 HOH A 12 512 21 HOH HOH . 
U 9 HOH A 13 513 77 HOH HOH . 
U 9 HOH A 14 514 1 HOH HOH . 
U 9 HOH A 15 515 122 HOH HOH . 
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U 9 HOH A 17 517 32 HOH HOH . 
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