data_7JRR # _model_server_result.job_id 8PYx5_mPDi5mFWvJHISVyw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 19:29:21' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7jrr # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":104}' # _entry.id 7JRR # _exptl.entry_id 7JRR _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7JRR _cell.length_a 40.219 _cell.length_b 40.219 _cell.length_c 202.43 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7JRR _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 7_555 y,x,-z 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' GTP 1 A GTP 1 1_555 A P G 2 A G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.562 ? metalc ? metalc1 A N7 GTP 1 A GTP 1 1_555 D MN MN . A MN 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc2 A O3G GTP 1 A GTP 1 1_555 G MN MN . A MN 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc3 A OP2 G 7 A G 7 1_555 E MN MN . A MN 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc4 A OP1 A 13 A A 13 1_555 C MN MN . A MN 102 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc5 A OP2 G 39 A G 39 1_555 B MG MG . A MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc6 A OP1 G 40 A G 40 1_555 C MN MN . A MN 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc7 A OP1 A 41 A A 41 1_555 B MG MG . A MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc8 C MN MN . A MN 102 1_555 J O HOH . A HOH 208 7_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc9 D MN MN . A MN 103 1_555 J O HOH . A HOH 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc10 E MN MN . A MN 104 1_555 J O HOH . A HOH 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc11 E MN MN . A MN 104 1_555 J O HOH . A HOH 223 5_444 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc12 H MN MN . A MN 107 1_555 J O HOH . A HOH 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc13 I MG MG . A MG 108 1_555 J O HOH . A HOH 216 5_454 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc14 I MG MG . A MG 108 1_555 J O HOH . A HOH 237 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.882 ? metalc ? metalc15 I MG MG . A MG 108 1_555 J O HOH . A HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 GTP 1 A GTP 1 1_555 A N3 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 GTP 1 A GTP 1 1_555 A O2 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 GTP 1 A GTP 1 1_555 A N4 C 34 A C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 G 2 A G 2 1_555 A N3 C 33 A C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 G 2 A G 2 1_555 A O2 C 33 A C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 G 2 A G 2 1_555 A N4 C 33 A C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 A 3 A A 3 1_555 A N3 U 32 A U 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N6 A 3 A A 3 1_555 A O4 U 32 A U 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N3 C 4 A C 4 1_555 A N1 G 31 A G 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N4 C 4 A C 4 1_555 A O6 G 31 A G 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O2 C 4 A C 4 1_555 A N2 G 31 A G 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog15 A N2 G 6 A G 6 1_555 A N7 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog16 A N3 G 6 A G 6 1_555 A N6 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog17 A N2 G 7 A G 7 1_555 A N7 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog18 A N3 G 7 A G 7 1_555 A N6 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog19 A N3 A 8 A A 8 1_555 A N2 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog20 A N6 A 8 A A 8 1_555 A N3 G 27 A G 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog21 A N7 A 8 A A 8 1_555 A N2 G 27 A G 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N1 G 9 A G 9 1_555 A N3 C 23 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N2 G 9 A G 9 1_555 A O2 C 23 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O6 G 9 A G 9 1_555 A N4 C 23 A C 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 C 10 A C 10 1_555 A N1 G 22 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N4 C 10 A C 10 1_555 A O6 G 22 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O2 C 10 A C 10 1_555 A N2 G 22 A G 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N3 U 11 A U 11 1_555 A N1 A 21 A A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O4 U 11 A U 11 1_555 A N6 A 21 A A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N1 G 12 A G 12 1_555 A N3 C 20 A C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N2 G 12 A G 12 1_555 A O2 C 20 A C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A O6 G 12 A G 12 1_555 A N4 C 20 A C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 C 35 A C 35 1_555 A N1 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N4 C 35 A C 35 1_555 A O6 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O2 C 35 A C 35 1_555 A N2 G 51 A G 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N1 G 36 A G 36 1_555 A N3 C 50 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N2 G 36 A G 36 1_555 A O2 C 50 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O6 G 36 A G 36 1_555 A N4 C 50 A C 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N1 A 37 A A 37 1_555 A N3 U 49 A U 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N6 A 37 A A 37 1_555 A O4 U 49 A U 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 C 38 A C 38 1_555 A N1 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N4 C 38 A C 38 1_555 A O6 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O2 C 38 A C 38 1_555 A N2 G 48 A G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N1 G 39 A G 39 1_555 A N3 C 47 A C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N2 G 39 A G 39 1_555 A O2 C 47 A C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A O6 G 39 A G 39 1_555 A N4 C 47 A C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7JRR _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.024864 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.024864 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00494 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MG A 1 101 60 MG MG . C 3 MN A 1 102 61 MN MN . D 3 MN A 1 103 62 MN MN . E 3 MN A 1 104 63 MN MN . F 3 MN A 1 105 64 MN MN . G 3 MN A 1 106 65 MN MN . H 3 MN A 1 107 66 MN MN . I 2 MG A 1 108 67 MG MG . J 4 HOH A 1 201 43 HOH HOH . J 4 HOH A 2 202 8 HOH HOH . J 4 HOH A 3 203 30 HOH HOH . J 4 HOH A 4 204 16 HOH HOH . J 4 HOH A 5 205 23 HOH HOH . J 4 HOH A 6 206 44 HOH HOH . J 4 HOH A 7 207 29 HOH HOH . J 4 HOH A 8 208 36 HOH HOH . J 4 HOH A 9 209 35 HOH HOH . J 4 HOH A 10 210 10 HOH HOH . J 4 HOH A 11 211 4 HOH HOH . J 4 HOH A 12 212 42 HOH HOH . J 4 HOH A 13 213 26 HOH HOH . J 4 HOH A 14 214 31 HOH HOH . J 4 HOH A 15 215 11 HOH HOH . J 4 HOH A 16 216 40 HOH HOH . J 4 HOH A 17 217 15 HOH HOH . J 4 HOH A 18 218 34 HOH HOH . J 4 HOH A 19 219 6 HOH HOH . J 4 HOH A 20 220 3 HOH HOH . J 4 HOH A 21 221 1 HOH HOH . J 4 HOH A 22 222 28 HOH HOH . J 4 HOH A 23 223 2 HOH HOH . J 4 HOH A 24 224 27 HOH HOH . J 4 HOH A 25 225 19 HOH HOH . J 4 HOH A 26 226 21 HOH HOH . J 4 HOH A 27 227 46 HOH HOH . J 4 HOH A 28 228 41 HOH HOH . J 4 HOH A 29 229 39 HOH HOH . J 4 HOH A 30 230 12 HOH HOH . J 4 HOH A 31 231 18 HOH HOH . J 4 HOH A 32 232 20 HOH HOH . J 4 HOH A 33 233 7 HOH HOH . J 4 HOH A 34 234 22 HOH HOH . J 4 HOH A 35 235 13 HOH HOH . J 4 HOH A 36 236 24 HOH HOH . J 4 HOH A 37 237 33 HOH HOH . J 4 HOH A 38 238 32 HOH HOH . J 4 HOH A 39 239 9 HOH HOH . J 4 HOH A 40 240 38 HOH HOH . J 4 HOH A 41 241 5 HOH HOH . J 4 HOH A 42 242 17 HOH HOH . J 4 HOH A 43 243 45 HOH HOH . J 4 HOH A 44 244 25 HOH HOH . J 4 HOH A 45 245 14 HOH HOH . J 4 HOH A 46 246 37 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -10.492 _atom_site.Cartn_y -2.456 _atom_site.Cartn_z -34.297 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.58 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #