data_7JU4
#
_model_server_result.job_id            OxK18pOz_V0u6rDAYTDwZA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 18:21:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7ju4 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DC","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    7JU4 
#
_exptl.entry_id    7JU4 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          22 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7JU4 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7JU4 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    61-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      61 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 22 LB N N 
? 22 OB N N 
? 22 RB N N 
? 22 UB N N 
? 22 XB N N 
? 22 AC N N 
? 22 DC N N 
? 22 GC N N 
? 22 JC N N 
? 22 MC N N 
? 22 PC N N 
? 22 SC N N 
? 22 UC N N 
? 22 ZC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 G OE2 GLU 71 7 GLU 71 1_555 LB MG MG . 7 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc2 KB O1G GTP . 7 GTP 501 1_555 LB MG MG . 7 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
metalc ? metalc3 KB O3G GTP . 7 GTP 501 1_555 LB MG MG . 7 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? 
metalc ? metalc4 KB O3B GTP . 7 GTP 501 1_555 LB MG MG . 7 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? 
metalc ? metalc5 KB O1B GTP . 7 GTP 501 1_555 LB MG MG . 7 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc6 KB O3A GTP . 7 GTP 501 1_555 LB MG MG . 7 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc7 I OE2 GLU 71 9 GLU 71 1_555 OB MG MG . 9 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? 
metalc ? metalc8 I OD2 ASP 98 9 ASP 98 1_555 OB MG MG . 9 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc9 NB O1G GTP . 9 GTP 501 1_555 OB MG MG . 9 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc10 NB O1B GTP . 9 GTP 501 1_555 OB MG MG . 9 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? 
metalc ? metalc11 M OE2 GLU 71 D GLU 71 1_555 RB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc12 QB O1G GTP . D GTP 501 1_555 RB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc13 QB O3B GTP . D GTP 501 1_555 RB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc14 QB O1B GTP . D GTP 501 1_555 RB MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? 
metalc ? metalc15 Q OE2 GLU 71 H GLU 71 1_555 UB MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc16 TB O1G GTP . H GTP 501 1_555 UB MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? 
metalc ? metalc17 TB O2G GTP . H GTP 501 1_555 UB MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc18 TB O1B GTP . H GTP 501 1_555 UB MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? 
metalc ? metalc19 S OE2 GLU 71 J GLU 71 1_555 XB MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc20 WB O1G GTP . J GTP 501 1_555 XB MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc21 WB O2G GTP . J GTP 501 1_555 XB MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc22 WB O1B GTP . J GTP 501 1_555 XB MG MG . J MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc23 U OE2 GLU 71 L GLU 71 1_555 AC MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? 
metalc ? metalc24 ZB O1G GTP . L GTP 501 1_555 AC MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? 
metalc ? metalc25 ZB O2G GTP . L GTP 501 1_555 AC MG MG . L MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc26 Y OE1 GLN 11 P GLN 11 1_555 DC MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc27 CC O1G GTP . P GTP 501 1_555 DC MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc28 CC O3G GTP . P GTP 501 1_555 DC MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? 
metalc ? metalc29 CC O1B GTP . P GTP 501 1_555 DC MG MG . P MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
metalc ? metalc30 AA OE2 GLU 71 R GLU 71 1_555 GC MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? 
metalc ? metalc31 FC O1G GTP . R GTP 501 1_555 GC MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.939 ? 
metalc ? metalc32 FC O2G GTP . R GTP 501 1_555 GC MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.952 ? 
metalc ? metalc33 FC O3B GTP . R GTP 501 1_555 GC MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc34 FC O1B GTP . R GTP 501 1_555 GC MG MG . R MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? 
metalc ? metalc35 CA OG1 THR 145 T THR 145 1_555 JC MG MG . T MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc36 IC O1G GTP . T GTP 501 1_555 JC MG MG . T MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc37 IC O2G GTP . T GTP 501 1_555 JC MG MG . T MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.92 ? 
metalc ? metalc38 IC O3B GTP . T GTP 501 1_555 JC MG MG . T MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc39 IC O1B GTP . T GTP 501 1_555 JC MG MG . T MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc40 GA OE2 GLU 71 X GLU 71 1_555 MC MG MG . X MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? 
metalc ? metalc41 LC O1G GTP . X GTP 501 1_555 MC MG MG . X MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? 
metalc ? metalc42 LC O2G GTP . X GTP 501 1_555 MC MG MG . X MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc43 LC O3B GTP . X GTP 501 1_555 MC MG MG . X MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? 
metalc ? metalc44 LC O1B GTP . X GTP 501 1_555 MC MG MG . X MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc45 IA OE1 GLU 71 Z GLU 71 1_555 PC MG MG . Z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? 
metalc ? metalc46 IA OD1 ASP 98 Z ASP 98 1_555 PC MG MG . Z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? 
metalc ? metalc47 OC O2G GTP . Z GTP 501 1_555 PC MG MG . Z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc48 OC O3B GTP . Z GTP 501 1_555 PC MG MG . Z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? 
metalc ? metalc49 OC O1B GTP . Z GTP 501 1_555 PC MG MG . Z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
metalc ? metalc50 RC O1G GTP . j GTP 501 1_555 SC MG MG . j MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
metalc ? metalc51 RC O2G GTP . j GTP 501 1_555 SC MG MG . j MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc52 RC O3B GTP . j GTP 501 1_555 SC MG MG . j MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc53 RC O1B GTP . j GTP 501 1_555 SC MG MG . j MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc54 RC O3A GTP . j GTP 501 1_555 SC MG MG . j MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc55 CB OD2 ASP 98 t ASP 98 1_555 UC MG MG . t MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc56 UC MG MG . t MG 501 1_555 WC O2G GTP . y GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc57 UC MG MG . t MG 501 1_555 WC O3B GTP . y GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? 
metalc ? metalc58 UC MG MG . t MG 501 1_555 WC O1B GTP . y GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc59 UC MG MG . t MG 501 1_555 WC O1G GTP . y GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.81 ? 
metalc ? metalc60 YC O2G GTP . z GTP 501 1_555 ZC MG MG . z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc61 YC O3G GTP . z GTP 501 1_555 ZC MG MG . z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? 
metalc ? metalc62 YC O3B GTP . z GTP 501 1_555 ZC MG MG . z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc63 YC O2B GTP . z GTP 501 1_555 ZC MG MG . z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc64 YC O3A GTP . z GTP 501 1_555 ZC MG MG . z MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     7JU4 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
JB 20 GDP 6 1 501 501 GDP GDP . 
KB 21 GTP 7 1 501 501 GTP GTP . 
LB 22 MG 7 1 502 502 MG MG . 
MB 20 GDP 8 1 501 501 GDP GDP . 
NB 21 GTP 9 1 501 501 GTP GTP . 
OB 22 MG 9 1 502 502 MG MG . 
PB 20 GDP C 1 501 501 GDP GDP . 
QB 21 GTP D 1 501 501 GTP GTP . 
RB 22 MG D 1 502 502 MG MG . 
SB 20 GDP G 1 501 501 GDP GDP . 
TB 21 GTP H 1 501 501 GTP GTP . 
UB 22 MG H 1 502 502 MG MG . 
VB 20 GDP I 1 501 501 GDP GDP . 
WB 21 GTP J 1 501 501 GTP GTP . 
XB 22 MG J 1 502 502 MG MG . 
YB 20 GDP K 1 501 501 GDP GDP . 
ZB 21 GTP L 1 501 501 GTP GTP . 
AC 22 MG L 1 502 502 MG MG . 
BC 20 GDP O 1 501 501 GDP GDP . 
CC 21 GTP P 1 501 501 GTP GTP . 
DC 22 MG P 1 502 502 MG MG . 
EC 20 GDP Q 1 501 501 GDP GDP . 
FC 21 GTP R 1 501 501 GTP GTP . 
GC 22 MG R 1 502 502 MG MG . 
HC 20 GDP S 1 501 501 GDP GDP . 
IC 21 GTP T 1 501 501 GTP GTP . 
JC 22 MG T 1 502 502 MG MG . 
KC 20 GDP W 1 501 501 GDP GDP . 
LC 21 GTP X 1 501 501 GTP GTP . 
MC 22 MG X 1 502 502 MG MG . 
NC 20 GDP Y 1 501 501 GDP GDP . 
OC 21 GTP Z 1 501 501 GTP GTP . 
PC 22 MG Z 1 502 502 MG MG . 
QC 20 GDP i 1 501 501 GDP GDP . 
RC 21 GTP j 1 501 501 GTP GTP . 
SC 22 MG j 1 502 502 MG MG . 
TC 20 GDP k 1 501 501 GDP GDP . 
UC 22 MG t 1 501 502 MG MG . 
VC 23 ATP u 1 401 403 ATP ATP . 
WC 21 GTP y 1 501 501 GTP GTP . 
XC 20 GDP y 1 502 501 GDP GDP . 
YC 21 GTP z 1 501 501 GTP GTP . 
ZC 22 MG z 1 502 502 MG MG . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         DC 
_atom_site.label_entity_id       22 
_atom_site.Cartn_x               470.768 
_atom_site.Cartn_y               468.266 
_atom_site.Cartn_z               697.499 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        82.64 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          P 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              49 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    506 
_model_server_stats.query_time_ms           267 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#