data_7K04 # _model_server_result.job_id BiLvdAAc5GZ482kAoaDLVA _model_server_result.datetime_utc '2025-03-04 21:38:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 7k04 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":462}' # _entry.id 7K04 # _exptl.entry_id 7K04 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 14 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 7K04 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7K04 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details undecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 14 O N N ? 14 P N N ? 14 Q N N ? 14 R N N ? 14 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 G O3' T64 13 Y T64 9 1_555 G P DT 14 Y DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.654 ? metalc ? metalc1 A O VAL 124 E VAL 124 1_555 L CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 129 E ASP 129 1_555 L CA CA . E CA 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc3 A O PHE 159 E PHE 159 1_555 M CA CA . E CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc4 C SG CYS 115 0 CYS 115 1_555 N FE1 SF4 . 0 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 115 0 CYS 115 1_555 N FE2 SF4 . 0 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 133 0 CYS 133 1_555 N FE3 SF4 . 0 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 156 0 CYS 156 1_555 N FE2 SF4 . 0 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 289 4 CYS 289 1_555 O ZN ZN . 4 ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc9 E SG CYS 292 4 CYS 292 1_555 O ZN ZN . 4 ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc10 E SG CYS 305 4 CYS 305 1_555 O ZN ZN . 4 ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc11 E SG CYS 308 4 CYS 308 1_555 O ZN ZN . 4 ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 336 6 CYS 336 1_555 S ZN ZN . 6 ZN 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc13 F SG CYS 338 6 CYS 338 1_555 S ZN ZN . 6 ZN 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc14 F ND1 HIS 339 6 HIS 339 1_555 S ZN ZN . 6 ZN 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc15 F SG CYS 349 6 CYS 349 1_555 R ZN ZN . 6 ZN 464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc16 F SG CYS 352 6 CYS 352 1_555 R ZN ZN . 6 ZN 464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc17 F SG CYS 357 6 CYS 357 1_555 S ZN ZN . 6 ZN 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc18 F SG CYS 363 6 CYS 363 1_555 R ZN ZN . 6 ZN 464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc19 F SG CYS 366 6 CYS 366 1_555 R ZN ZN . 6 ZN 464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc20 F SG CYS 403 6 CYS 403 1_555 P ZN ZN . 6 ZN 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc21 F SG CYS 406 6 CYS 406 1_555 P ZN ZN . 6 ZN 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 429 6 CYS 429 1_555 Q ZN ZN . 6 ZN 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 432 6 CYS 432 1_555 Q ZN ZN . 6 ZN 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc24 F SG CYS 437 6 CYS 437 1_555 P ZN ZN . 6 ZN 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc25 F SG CYS 440 6 CYS 440 1_555 P ZN ZN . 6 ZN 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc26 F SG CYS 451 6 CYS 451 1_555 Q ZN ZN . 6 ZN 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc27 F SG CYS 454 6 CYS 454 1_555 Q ZN ZN . 6 ZN 463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog1 G N3 DT 1 Y DT -4 1_555 H N1 DA 29 W DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog2 G N3 DT 3 Y DT -2 1_555 H N3 DA 27 W DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 G N3 DC 4 Y DC -1 1_555 H N1 DG 26 W DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 G N4 DC 4 Y DC -1 1_555 H O6 DG 26 W DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G O2 DC 4 Y DC -1 1_555 H N2 DG 26 W DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G N3 DT 5 Y DT 0 1_555 H N1 DA 25 W DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 G O4 DT 5 Y DT 0 1_555 H N6 DA 25 W DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N3 DC 6 Y DC 1 1_555 H N1 DG 24 W DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G N4 DC 6 Y DC 1 1_555 H O6 DG 24 W DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G O2 DC 6 Y DC 1 1_555 H N2 DG 24 W DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G N1 DG 7 Y DG 2 1_555 H N3 DC 23 W DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G N2 DG 7 Y DG 2 1_555 H O2 DC 23 W DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G O6 DG 7 Y DG 2 1_555 H N4 DC 23 W DC 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G N3 DC 8 Y DC 3 1_555 H N1 DG 22 W DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G N4 DC 8 Y DC 3 1_555 H O6 DG 22 W DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G O2 DC 8 Y DC 3 1_555 H N2 DG 22 W DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G N1 DA 9 Y DA 4 1_555 H N3 DT 21 W DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G N6 DA 9 Y DA 4 1_555 H O4 DT 21 W DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G N3 DT 14 Y DT 10 1_555 H N1 DA 15 W DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G O4 DT 14 Y DT 10 1_555 H N6 DA 15 W DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N1 DG 15 Y DG 11 1_555 H N3 DC 14 W DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N2 DG 15 Y DG 11 1_555 H O2 DC 14 W DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G O6 DG 15 Y DG 11 1_555 H N4 DC 14 W DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G N1 DG 16 Y DG 12 1_555 H N3 DC 13 W DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G N2 DG 16 Y DG 12 1_555 H O2 DC 13 W DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G O6 DG 16 Y DG 12 1_555 H N4 DC 13 W DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G N1 DA 17 Y DA 13 1_555 H N3 DT 12 W DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G N6 DA 17 Y DA 13 1_555 H O4 DT 12 W DT 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G N3 DT 18 Y DT 14 1_555 H N1 DA 11 W DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G O4 DT 18 Y DT 14 1_555 H N6 DA 11 W DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N1 DG 19 Y DG 15 1_555 H N3 DC 10 W DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G N2 DG 19 Y DG 15 1_555 H O2 DC 10 W DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G O6 DG 19 Y DG 15 1_555 H N4 DC 10 W DC 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 G N3 DT 20 Y DT 16 1_555 H N1 DA 9 W DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G O4 DT 20 Y DT 16 1_555 H N6 DA 9 W DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G N3 DT 21 Y DT 17 1_555 H N1 DA 8 W DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G O4 DT 21 Y DT 17 1_555 H N6 DA 8 W DA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 G N1 DG 22 Y DG 18 1_555 H N3 DC 7 W DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 G N2 DG 22 Y DG 18 1_555 H O2 DC 7 W DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 G O6 DG 22 Y DG 18 1_555 H N4 DC 7 W DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 G N1 DA 23 Y DA 19 1_555 H N3 DT 6 W DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 G N6 DA 23 Y DA 19 1_555 H O4 DT 6 W DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 G N1 DG 24 Y DG 20 1_555 H N3 DC 5 W DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 G N2 DG 24 Y DG 20 1_555 H O2 DC 5 W DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 G O6 DG 24 Y DG 20 1_555 H N4 DC 5 W DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 G N3 DT 25 Y DT 21 1_555 H N1 DA 4 W DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 G O4 DT 25 Y DT 21 1_555 H N6 DA 4 W DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 G N3 DC 26 Y DC 22 1_555 H N1 DG 3 W DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 G N4 DC 26 Y DC 22 1_555 H O6 DG 3 W DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 G O2 DC 26 Y DC 22 1_555 H N2 DG 3 W DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 G N1 DA 27 Y DA 23 1_555 H N3 DT 2 W DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 G N6 DA 27 Y DA 23 1_555 H O4 DT 2 W DT 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 7K04 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code L 12 CA E 1 400 400 CA CA . M 12 CA E 1 401 401 CA CA . N 13 SF4 0 1 801 801 SF4 SF4 . O 14 ZN 4 1 401 401 ZN ZN . P 14 ZN 6 1 462 462 ZN ZN . Q 14 ZN 6 1 463 463 ZN ZN . R 14 ZN 6 1 464 464 ZN ZN . S 14 ZN 6 1 465 465 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id P _atom_site.label_entity_id 14 _atom_site.Cartn_x 178.024 _atom_site.Cartn_y 161.892 _atom_site.Cartn_z 201.144 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 462 _atom_site.auth_asym_id 6 _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 41 _model_server_stats.query_time_ms 275 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #