data_7K4D
#
_model_server_result.job_id            LHZZ2xZe2CjyQ98nO3QQLw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-20 01:30:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7k4d 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    7K4D 
#
_exptl.entry_id    7K4D 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              435.483 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            5-[(4-{trans-4-hydroxy-4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclohexyl}piperazin-1-yl)methyl]pyridin-2(1H)-one 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7K4D 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7K4D 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 542 A ASP 542 1_555 F CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? 
metalc ? metalc2 F CA CA . A CA 702 1_555 B OD1 ASP 542 B ASP 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
metalc ? metalc3 F CA CA . A CA 702 1_555 C OD1 ASP 542 C ASP 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? 
metalc ? metalc4 F CA CA . A CA 702 1_555 D OD1 ASP 542 D ASP 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? 
#
_chem_comp.formula           'C23 H28 F3 N3 O2' 
_chem_comp.formula_weight    435.483 
_chem_comp.id                VUM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              5-[(4-{trans-4-hydroxy-4-[3-(trifluoromethyl)phenyl]cyclohexyl}piperazin-1-yl)methyl]pyridin-2(1H)-one 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O01 C01 VUM doub 374 n n 
C01 C02 VUM sing 375 n n 
C01 N01 VUM sing 376 n n 
C02 C03 VUM doub 377 n n 
N01 C04 VUM sing 378 n n 
C03 C05 VUM sing 379 n n 
C04 C05 VUM doub 380 n n 
C05 C06 VUM sing 381 n n 
C06 N02 VUM sing 382 n n 
N02 C07 VUM sing 383 n n 
N02 C10 VUM sing 384 n n 
C07 C08 VUM sing 385 n n 
C10 C09 VUM sing 386 n n 
C08 N03 VUM sing 387 n n 
C23 C11 VUM sing 388 n n 
C23 C22 VUM sing 389 n n 
C11 N03 VUM sing 390 n n 
C11 C12 VUM sing 391 n n 
C09 N03 VUM sing 392 n n 
C12 C13 VUM sing 393 n n 
C22 C14 VUM sing 394 n n 
C13 C14 VUM sing 395 n n 
C14 O02 VUM sing 396 n n 
C14 C15 VUM sing 397 n n 
C16 C15 VUM doub 398 n y 
C16 C17 VUM sing 399 n y 
C15 C21 VUM sing 400 n y 
C17 C18 VUM doub 401 n y 
C21 C19 VUM doub 402 n y 
C18 C19 VUM sing 403 n y 
C19 C20 VUM sing 404 n n 
F03 C20 VUM sing 405 n n 
C20 F02 VUM sing 406 n n 
C20 F01 VUM sing 407 n n 
N01 H1 VUM sing 408 n n 
C02 H2 VUM sing 409 n n 
O02 H4 VUM sing 410 n n 
C03 H5 VUM sing 411 n n 
C04 H7 VUM sing 412 n n 
C06 H8 VUM sing 413 n n 
C06 H9 VUM sing 414 n n 
C07 H10 VUM sing 415 n n 
C07 H11 VUM sing 416 n n 
C08 H12 VUM sing 417 n n 
C08 H13 VUM sing 418 n n 
C09 H14 VUM sing 419 n n 
C09 H15 VUM sing 420 n n 
C10 H16 VUM sing 421 n n 
C10 H17 VUM sing 422 n n 
C11 H18 VUM sing 423 n n 
C12 H19 VUM sing 424 n n 
C12 H20 VUM sing 425 n n 
C13 H21 VUM sing 426 n n 
C13 H22 VUM sing 427 n n 
C16 H23 VUM sing 428 n n 
C17 H24 VUM sing 429 n n 
C18 H25 VUM sing 430 n n 
C21 H26 VUM sing 431 n n 
C22 H27 VUM sing 432 n n 
C22 H28 VUM sing 433 n n 
C23 H29 VUM sing 434 n n 
C23 H30 VUM sing 435 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7K4D 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 VUM A 1 701 701 VUM 3OG . 
F 3 CA A 1 702 1 CA CA . 
G 3 CA A 1 703 2 CA CA . 
H 2 VUM B 1 701 701 VUM 3OG . 
I 2 VUM C 1 701 701 VUM 3OG . 
J 2 VUM D 1 701 701 VUM 3OG . 
K 2 VUM D 1 702 701 VUM 3OG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C01 VUM . . . H 2 110.223 100.783 98.776 1 107.47 ? C01 VUM 701 B 1 
HETATM 2 N N01 VUM . . . H 2 109.432 100.594 99.901 1 107.47 ? N01 VUM 701 B 1 
HETATM 3 O O01 VUM . . . H 2 109.631 100.885 97.519 1 107.47 ? O01 VUM 701 B 1 
HETATM 4 C C02 VUM . . . H 2 111.686 100.886 98.891 1 107.47 ? C02 VUM 701 B 1 
HETATM 5 N N02 VUM . . . H 2 111.342 100.422 103.642 1 107.47 ? N02 VUM 701 B 1 
HETATM 6 O O02 VUM . . . H 2 117.137 100.794 108.492 1 107.47 ? O02 VUM 701 B 1 
HETATM 7 C C03 VUM . . . H 2 112.283 100.791 100.139 1 107.47 ? C03 VUM 701 B 1 
HETATM 8 N N03 VUM . . . H 2 112.61 100.55 106.133 1 107.47 ? N03 VUM 701 B 1 
HETATM 9 C C04 VUM . . . H 2 110.056 100.492 101.188 1 107.47 ? C04 VUM 701 B 1 
HETATM 10 C C05 VUM . . . H 2 111.478 100.595 101.307 1 107.47 ? C05 VUM 701 B 1 
HETATM 11 C C06 VUM . . . H 2 112.19 100.501 102.652 1 107.47 ? C06 VUM 701 B 1 
HETATM 12 C C07 VUM . . . H 2 111.433 99.259 104.267 1 107.47 ? C07 VUM 701 B 1 
HETATM 13 C C08 VUM . . . H 2 112.42 99.267 105.444 1 107.47 ? C08 VUM 701 B 1 
HETATM 14 C C09 VUM . . . H 2 111.544 101.498 105.843 1 107.47 ? C09 VUM 701 B 1 
HETATM 15 C C10 VUM . . . H 2 111.187 101.55 104.347 1 107.47 ? C10 VUM 701 B 1 
HETATM 16 C C11 VUM . . . H 2 113.864 101.23 105.798 1 107.47 ? C11 VUM 701 B 1 
HETATM 17 C C12 VUM . . . H 2 114.127 102.329 106.83 1 107.47 ? C12 VUM 701 B 1 
HETATM 18 C C13 VUM . . . H 2 115.351 102.171 107.735 1 107.47 ? C13 VUM 701 B 1 
HETATM 19 C C14 VUM . . . H 2 115.804 100.748 108.065 1 107.47 ? C14 VUM 701 B 1 
HETATM 20 C C15 VUM . . . H 2 114.992 100.183 109.211 1 107.47 ? C15 VUM 701 B 1 
HETATM 21 C C16 VUM . . . H 2 113.801 99.643 109.065 1 107.47 ? C16 VUM 701 B 1 
HETATM 22 C C17 VUM . . . H 2 113.067 99.097 110.278 1 107.47 ? C17 VUM 701 B 1 
HETATM 23 C C18 VUM . . . H 2 113.64 99.154 111.456 1 107.47 ? C18 VUM 701 B 1 
HETATM 24 C C19 VUM . . . H 2 115.027 99.77 111.577 1 107.47 ? C19 VUM 701 B 1 
HETATM 25 C C20 VUM . . . H 2 115.748 99.875 112.893 1 107.47 ? C20 VUM 701 B 1 
HETATM 26 C C21 VUM . . . H 2 115.656 100.246 110.554 1 107.47 ? C21 VUM 701 B 1 
HETATM 27 C C22 VUM . . . H 2 115.691 99.763 106.912 1 107.47 ? C22 VUM 701 B 1 
HETATM 28 C C23 VUM . . . H 2 115.066 100.292 105.621 1 107.47 ? C23 VUM 701 B 1 
HETATM 29 F F01 VUM . . . H 2 115.069 99.206 113.869 1 107.47 ? F01 VUM 701 B 1 
HETATM 30 F F02 VUM . . . H 2 115.848 101.199 113.158 1 107.47 ? F02 VUM 701 B 1 
HETATM 31 F F03 VUM . . . H 2 116.998 99.371 112.729 1 107.47 ? F03 VUM 701 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              163 
_model_server_stats.parse_time_ms           124 
_model_server_stats.create_model_time_ms    32 
_model_server_stats.query_time_ms           253 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           31 
#