data_7KZO
#
_model_server_result.job_id            dP23pxBIOazyyX4WWPd9xg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 17:46:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7kzo 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"LA","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    7KZO 
#
_exptl.entry_id    7KZO 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7KZO 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7KZO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    eicosameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      20 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 U N N 
? 7 Y N N 
? 7 BA N N 
? 7 EA N N 
? 7 HA N N 
? 7 LA N N 
? 7 OA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 U O1G GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc2 U O2G GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc3 U O1B GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? 
metalc ? metalc4 U O2B GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? 
metalc ? metalc5 B OG1 THR 145 A2 THR 145 1_555 X MG MG . A2 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc6 X MG MG . A2 MG 501 1_555 Y O3A GTP . A3 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? 
metalc ? metalc7 X MG MG . A2 MG 501 1_555 Y O2G GTP . A3 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? 
metalc ? metalc8 D OG1 THR 145 A4 THR 145 1_555 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? 
metalc ? metalc9 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 BA O2B GTP . A5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc10 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 BA O3A GTP . A5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.799 ? 
metalc ? metalc11 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 BA O2G GTP . A5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc12 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O1G GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc13 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O2G GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc14 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O1B GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.844 ? 
metalc ? metalc15 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O2B GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.94 ? 
metalc ? metalc16 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O3A GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.797 ? 
metalc ? metalc17 HA O2G GTP . B2 GTP 501 1_555 IA MG MG . B3 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc18 HA O1B GTP . B2 GTP 501 1_555 IA MG MG . B3 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc19 K OE1 GLU 71 B4 GLU 71 1_555 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc20 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O3A GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc21 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O1G GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc22 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O2G GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? 
metalc ? metalc23 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O3B GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc24 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O1B GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc25 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O1B GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.811 ? 
metalc ? metalc26 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O1G GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc27 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O3A GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.737 ? 
metalc ? metalc28 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O3B GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.727 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 174 n n 
PG O2G GTP sing 175 n n 
PG O3G GTP sing 176 n n 
PG O3B GTP sing 177 n n 
O2G HOG2 GTP sing 178 n n 
O3G HOG3 GTP sing 179 n n 
O3B PB GTP sing 180 n n 
PB O1B GTP doub 181 n n 
PB O2B GTP sing 182 n n 
PB O3A GTP sing 183 n n 
O2B HOB2 GTP sing 184 n n 
O3A PA GTP sing 185 n n 
PA O1A GTP doub 186 n n 
PA O2A GTP sing 187 n n 
PA O5' GTP sing 188 n n 
O2A HOA2 GTP sing 189 n n 
O5' C5' GTP sing 190 n n 
C5' C4' GTP sing 191 n n 
C5' H5' GTP sing 192 n n 
C5' "H5''" GTP sing 193 n n 
C4' O4' GTP sing 194 n n 
C4' C3' GTP sing 195 n n 
C4' H4' GTP sing 196 n n 
O4' C1' GTP sing 197 n n 
C3' O3' GTP sing 198 n n 
C3' C2' GTP sing 199 n n 
C3' H3' GTP sing 200 n n 
O3' HO3' GTP sing 201 n n 
C2' O2' GTP sing 202 n n 
C2' C1' GTP sing 203 n n 
C2' H2' GTP sing 204 n n 
O2' HO2' GTP sing 205 n n 
C1' N9 GTP sing 206 n n 
C1' H1' GTP sing 207 n n 
N9 C8 GTP sing 208 n y 
N9 C4 GTP sing 209 n y 
C8 N7 GTP doub 210 n y 
C8 H8 GTP sing 211 n n 
N7 C5 GTP sing 212 n y 
C5 C6 GTP sing 213 n n 
C5 C4 GTP doub 214 n y 
C6 O6 GTP doub 215 n n 
C6 N1 GTP sing 216 n n 
N1 C2 GTP sing 217 n n 
N1 HN1 GTP sing 218 n n 
C2 N2 GTP sing 219 n n 
C2 N3 GTP doub 220 n n 
N2 HN21 GTP sing 221 n n 
N2 HN22 GTP sing 222 n n 
N3 C4 GTP sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7KZO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
U 7 GTP A1 1 501 501 GTP GTP . 
V 8 MG A1 1 502 502 MG MG . 
W 9 GDP A1 1 503 503 GDP GDP . 
X 8 MG A2 1 501 501 MG MG . 
Y 7 GTP A3 1 501 501 GTP GTP . 
Z 9 GDP A3 1 502 502 GDP GDP . 
AA 8 MG A4 1 501 501 MG MG . 
BA 7 GTP A5 1 501 501 GTP GTP . 
CA 9 GDP A5 1 502 502 GDP GDP . 
DA 8 MG A6 1 501 501 MG MG . 
EA 7 GTP A7 1 501 501 GTP GTP . 
FA 9 GDP A7 1 502 502 GDP GDP . 
GA 9 GDP B1 1 501 501 GDP GDP . 
HA 7 GTP B2 1 501 501 GTP GTP . 
IA 8 MG B3 1 501 501 MG MG . 
JA 9 GDP B3 1 502 502 GDP GDP . 
KA 8 MG B4 1 501 501 MG MG . 
LA 7 GTP B5 1 501 501 GTP GTP . 
MA 9 GDP B5 1 502 502 GDP GDP . 
NA 8 MG B6 1 501 501 MG MG . 
OA 7 GTP B7 1 501 501 GTP GTP . 
PA 9 GDP B7 1 502 502 GDP GDP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . LA 7 232.229 214.666 229.442 1 52.2 ? PG GTP 501 B5 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . LA 7 231.439 213.668 230.262 1 52.2 ? O1G GTP 501 B5 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . LA 7 233.67 214.244 229.357 1 52.2 ? O2G GTP 501 B5 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . LA 7 232.135 216.028 230.076 1 52.2 ? O3G GTP 501 B5 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . LA 7 231.647 214.77 227.95 1 52.2 ? O3B GTP 501 B5 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . LA 7 231.819 213.581 226.885 1 52.2 ? PB GTP 501 B5 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . LA 7 233.282 213.285 226.715 1 52.2 ? O1B GTP 501 B5 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . LA 7 231.187 213.9 225.558 1 52.2 ? O2B GTP 501 B5 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . LA 7 231.088 212.33 227.563 1 52.2 ? O3A GTP 501 B5 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . LA 7 230.157 211.409 226.635 1 52.2 ? PA GTP 501 B5 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . LA 7 229.768 210.152 227.37 1 52.2 ? O1A GTP 501 B5 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . LA 7 230.886 211.089 225.356 1 52.2 ? O2A GTP 501 B5 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . LA 7 228.855 212.299 226.309 1 52.2 ? O5' GTP 501 B5 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . LA 7 227.557 211.866 226.658 1 52.2 ? C5' GTP 501 B5 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . LA 7 226.885 211.162 225.484 1 52.2 ? C4' GTP 501 B5 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . LA 7 227.826 210.361 224.814 1 52.2 ? O4' GTP 501 B5 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . LA 7 225.792 210.21 225.926 1 52.2 ? C3' GTP 501 B5 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . LA 7 224.538 210.767 225.621 1 52.2 ? O3' GTP 501 B5 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . LA 7 225.998 208.948 225.118 1 52.2 ? C2' GTP 501 B5 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . LA 7 224.874 208.718 224.308 1 52.2 ? O2' GTP 501 B5 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . LA 7 227.202 209.233 224.244 1 52.2 ? C1' GTP 501 B5 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . LA 7 228.152 208.111 224.259 1 52.2 ? N9 GTP 501 B5 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . LA 7 229.106 207.892 225.215 1 52.2 ? C8 GTP 501 B5 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . LA 7 229.807 206.791 224.875 1 52.2 ? N7 GTP 501 B5 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . LA 7 229.334 206.324 223.703 1 52.2 ? C5 GTP 501 B5 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . LA 7 229.697 205.242 222.922 1 52.2 ? C6 GTP 501 B5 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . LA 7 230.61 204.507 223.278 1 52.2 ? O6 GTP 501 B5 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . LA 7 229.031 204.987 221.748 1 52.2 ? N1 GTP 501 B5 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . LA 7 228.006 205.813 221.358 1 52.2 ? C2 GTP 501 B5 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . LA 7 227.365 205.565 220.224 1 52.2 ? N2 GTP 501 B5 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . LA 7 227.647 206.892 222.138 1 52.2 ? N3 GTP 501 B5 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . LA 7 228.299 207.146 223.296 1 52.2 ? C4 GTP 501 B5 1 
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