data_7KZO
#
_model_server_result.job_id            6zG4Iu-Oi8pk7wDu7jVngw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 02:53:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          7kzo 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"PA","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    7KZO 
#
_exptl.entry_id    7KZO 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              443.201 
_entity.id                          9 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            7KZO 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 7KZO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    eicosameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      20 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 9 W N N 
? 9 Z N N 
? 9 CA N N 
? 9 FA N N 
? 9 GA N N 
? 9 JA N N 
? 9 MA N N 
? 9 PA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 U O1G GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc2 U O2G GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? 
metalc ? metalc3 U O1B GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? 
metalc ? metalc4 U O2B GTP . A1 GTP 501 1_555 V MG MG . A1 MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? 
metalc ? metalc5 B OG1 THR 145 A2 THR 145 1_555 X MG MG . A2 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc6 X MG MG . A2 MG 501 1_555 Y O3A GTP . A3 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.905 ? 
metalc ? metalc7 X MG MG . A2 MG 501 1_555 Y O2G GTP . A3 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? 
metalc ? metalc8 D OG1 THR 145 A4 THR 145 1_555 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? 
metalc ? metalc9 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 BA O2B GTP . A5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc10 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 BA O3A GTP . A5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.799 ? 
metalc ? metalc11 AA MG MG . A4 MG 501 1_555 BA O2G GTP . A5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc12 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O1G GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc13 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O2G GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc14 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O1B GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.844 ? 
metalc ? metalc15 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O2B GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.94 ? 
metalc ? metalc16 DA MG MG . A6 MG 501 1_555 EA O3A GTP . A7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.797 ? 
metalc ? metalc17 HA O2G GTP . B2 GTP 501 1_555 IA MG MG . B3 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc18 HA O1B GTP . B2 GTP 501 1_555 IA MG MG . B3 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc19 K OE1 GLU 71 B4 GLU 71 1_555 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? 
metalc ? metalc20 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O3A GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc21 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O1G GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc22 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O2G GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? 
metalc ? metalc23 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O3B GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? 
metalc ? metalc24 KA MG MG . B4 MG 501 1_555 LA O1B GTP . B5 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc25 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O1B GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.811 ? 
metalc ? metalc26 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O1G GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
metalc ? metalc27 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O3A GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.737 ? 
metalc ? metalc28 NA MG MG . B6 MG 501 1_555 OA O3B GTP . B7 GTP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.727 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    443.201 
_chem_comp.id                GDP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              'rna linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B GDP doub 83 n n 
PB O2B GDP sing 84 n n 
PB O3B GDP sing 85 n n 
PB O3A GDP sing 86 n n 
O2B HOB2 GDP sing 87 n n 
O3B HOB3 GDP sing 88 n n 
O3A PA GDP sing 89 n n 
PA O1A GDP doub 90 n n 
PA O2A GDP sing 91 n n 
PA O5' GDP sing 92 n n 
O2A HOA2 GDP sing 93 n n 
O5' C5' GDP sing 94 n n 
C5' C4' GDP sing 95 n n 
C5' H5' GDP sing 96 n n 
C5' "H5''" GDP sing 97 n n 
C4' O4' GDP sing 98 n n 
C4' C3' GDP sing 99 n n 
C4' H4' GDP sing 100 n n 
O4' C1' GDP sing 101 n n 
C3' O3' GDP sing 102 n n 
C3' C2' GDP sing 103 n n 
C3' H3' GDP sing 104 n n 
O3' HO3' GDP sing 105 n n 
C2' O2' GDP sing 106 n n 
C2' C1' GDP sing 107 n n 
C2' H2' GDP sing 108 n n 
O2' HO2' GDP sing 109 n n 
C1' N9 GDP sing 110 n n 
C1' H1' GDP sing 111 n n 
N9 C8 GDP sing 112 n y 
N9 C4 GDP sing 113 n y 
C8 N7 GDP doub 114 n y 
C8 H8 GDP sing 115 n n 
N7 C5 GDP sing 116 n y 
C5 C6 GDP sing 117 n n 
C5 C4 GDP doub 118 n y 
C6 O6 GDP doub 119 n n 
C6 N1 GDP sing 120 n n 
N1 C2 GDP sing 121 n n 
N1 HN1 GDP sing 122 n n 
C2 N2 GDP sing 123 n n 
C2 N3 GDP doub 124 n n 
N2 HN21 GDP sing 125 n n 
N2 HN22 GDP sing 126 n n 
N3 C4 GDP sing 127 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     7KZO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
U 7 GTP A1 1 501 501 GTP GTP . 
V 8 MG A1 1 502 502 MG MG . 
W 9 GDP A1 1 503 503 GDP GDP . 
X 8 MG A2 1 501 501 MG MG . 
Y 7 GTP A3 1 501 501 GTP GTP . 
Z 9 GDP A3 1 502 502 GDP GDP . 
AA 8 MG A4 1 501 501 MG MG . 
BA 7 GTP A5 1 501 501 GTP GTP . 
CA 9 GDP A5 1 502 502 GDP GDP . 
DA 8 MG A6 1 501 501 MG MG . 
EA 7 GTP A7 1 501 501 GTP GTP . 
FA 9 GDP A7 1 502 502 GDP GDP . 
GA 9 GDP B1 1 501 501 GDP GDP . 
HA 7 GTP B2 1 501 501 GTP GTP . 
IA 8 MG B3 1 501 501 MG MG . 
JA 9 GDP B3 1 502 502 GDP GDP . 
KA 8 MG B4 1 501 501 MG MG . 
LA 7 GTP B5 1 501 501 GTP GTP . 
MA 9 GDP B5 1 502 502 GDP GDP . 
NA 8 MG B6 1 501 501 MG MG . 
OA 7 GTP B7 1 501 501 GTP GTP . 
PA 9 GDP B7 1 502 502 GDP GDP . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PB GDP . . . PA 9 229.74 214.701 351.662 1 86.87 ? PB GDP 502 B7 1 
HETATM 2 O O1B GDP . . . PA 9 229.829 216.098 351.103 1 86.87 ? O1B GDP 502 B7 1 
HETATM 3 O O2B GDP . . . PA 9 230.886 213.873 351.147 1 86.87 ? O2B GDP 502 B7 1 
HETATM 4 O O3B GDP . . . PA 9 229.8 214.753 353.168 1 86.87 ? O3B GDP 502 B7 1 
HETATM 5 O O3A GDP . . . PA 9 228.364 214.036 351.177 1 86.87 ? O3A GDP 502 B7 1 
HETATM 6 P PA GDP . . . PA 9 227.495 213.145 352.189 1 86.87 ? PA GDP 502 B7 1 
HETATM 7 O O1A GDP . . . PA 9 228.226 211.866 352.511 1 86.87 ? O1A GDP 502 B7 1 
HETATM 8 O O2A GDP . . . PA 9 227.149 213.898 353.445 1 86.87 ? O2A GDP 502 B7 1 
HETATM 9 O O5' GDP . . . PA 9 226.178 212.839 351.328 1 86.87 ? O5' GDP 502 B7 1 
HETATM 10 C C5' GDP . . . PA 9 224.911 212.599 351.933 1 86.87 ? C5' GDP 502 B7 1 
HETATM 11 C C4' GDP . . . PA 9 224.019 212.171 350.786 1 86.87 ? C4' GDP 502 B7 1 
HETATM 12 O O4' GDP . . . PA 9 224.916 211.423 349.982 1 86.87 ? O4' GDP 502 B7 1 
HETATM 13 C C3' GDP . . . PA 9 222.948 211.205 351.251 1 86.87 ? C3' GDP 502 B7 1 
HETATM 14 O O3' GDP . . . PA 9 221.658 211.665 350.84 1 86.87 ? O3' GDP 502 B7 1 
HETATM 15 C C2' GDP . . . PA 9 223.267 209.873 350.597 1 86.87 ? C2' GDP 502 B7 1 
HETATM 16 O O2' GDP . . . PA 9 222.119 209.386 349.897 1 86.87 ? O2' GDP 502 B7 1 
HETATM 17 C C1' GDP . . . PA 9 224.397 210.152 349.624 1 86.87 ? C1' GDP 502 B7 1 
HETATM 18 N N9 GDP . . . PA 9 225.489 209.175 349.821 1 86.87 ? N9 GDP 502 B7 1 
HETATM 19 C C8 GDP . . . PA 9 226.317 209.181 350.878 1 86.87 ? C8 GDP 502 B7 1 
HETATM 20 N N7 GDP . . . PA 9 227.236 208.19 350.785 1 86.87 ? N7 GDP 502 B7 1 
HETATM 21 C C5 GDP . . . PA 9 227.016 207.549 349.626 1 86.87 ? C5 GDP 502 B7 1 
HETATM 22 C C6 GDP . . . PA 9 227.634 206.411 348.912 1 86.87 ? C6 GDP 502 B7 1 
HETATM 23 O O6 GDP . . . PA 9 228.609 205.803 349.4 1 86.87 ? O6 GDP 502 B7 1 
HETATM 24 N N1 GDP . . . PA 9 227.113 206.053 347.734 1 86.87 ? N1 GDP 502 B7 1 
HETATM 25 C C2 GDP . . . PA 9 226.06 206.692 347.194 1 86.87 ? C2 GDP 502 B7 1 
HETATM 26 N N2 GDP . . . PA 9 225.593 206.268 345.997 1 86.87 ? N2 GDP 502 B7 1 
HETATM 27 N N3 GDP . . . PA 9 225.445 207.743 347.791 1 86.87 ? N3 GDP 502 B7 1 
HETATM 28 C C4 GDP . . . PA 9 225.87 208.208 348.987 1 86.87 ? C4 GDP 502 B7 1 
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